圆二色性
圓二色性（, 缩写：CD）是涉及圆偏振光的二色性，即左旋光的和右旋光的差分吸收。 左旋圆（LHC）的和右旋圆（RHC）的偏振光表示一个光子的两种可能的自旋角动量状态，因此圆形二色性也被称为自旋角动量的二色性。这种现象在19世纪上半叶被让-巴蒂斯特·毕奥(Jean-Baptiste Biot)，奥古斯丁·菲涅耳(Augustin Fresnel)和（Aime Cotton）发现。它在光学活性手性分子的吸收带中被显示。CD光谱学在许多不同领…
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保守序列
的序列比对。 这些序列是蛋白质中氨基酸120-180残基。灰色高亮的残基在所有序列中高度保守。在蛋白质序列下方标注为 保守序列 ()，保守突变(:)，半保守突变 (.)，或者非保守突变( )。]] 保守序列（）在生物学中是指在核酸序列（如RNA及DNA序列）、蛋白质序列、蛋白质结构或多聚糖序列内相似或相同的序列，这种情况可以发生在各物种间（种间同源序列）或由相同生物产生的不同分子（种内同源序列）间。对于物种间保守的情况，这意味着尽管物种…
二級結構
的立體圖。]] 二級結構（）在生物化學及結構生物學中，是指一個生物大分子，如蛋白質及核酸（DNA或RNA），局部區段的三維通式。然而它並不描述任何特定的原子位置（在三級結構中描述）。 二級結構是由生物大分子在原子分辨率結構中所观察到的氫鍵來定義的。蛋白質的二級結構通常是以主鏈中氨基之間的氫鍵模式來定義〈与主链－侧链间以及侧链－侧链间的氢键无关〉，亦即DSSP的定義。而核酸的二級結構是以鹼基之間的氫鍵來定義。 在二级结构中，特定的氫鍵模式…
Rosetta@home
Rosetta@home是一个基于伯克利开放式网络计算平台（BOINC）的分布式计算项目，由华盛顿大学贝克实验室开发和维护，用于蛋白质结构预测、蛋白质-蛋白质对接和新的蛋白质设计的研究。截至2015年2月12日，全球共有5万多台计算机是这一项目的活跃志愿者，平均每秒浮點運算次數达87万亿（87.688 teraFLOPS）。Rosetta@Home还开发了一款电子游戏Foldit，目的是通过众包途径来实现上述研究目标。尽管这个项目很大程…
H-P晶格模型
H-P晶格模型(疏水极性蛋白质折叠模型)是一种高度简化的模型，用于估计三维空间中的蛋白质折叠后的能量高低。该模型认为氨基酸残基之间的疏水相互作用是蛋白质天然折叠的驱动力。 氨基酸可被分为疏水氨基酸(H) 或极性氨基酸(P)，蛋白质序列的折叠被定义为 2D 或 3D晶格中的自避行走。 HP 模型通过为相邻的非共价结合的 H 残基之间的相互作用分配权重来模拟疏水效应, 并假设处于其天然状态的蛋白质具有最小的能量。 随机搜索算法通常用于解决 …
Folding@home
Folding@home（簡稱FAH或F@h）是一个研究蛋白质折叠、误折、聚合及由此引起的相关疾病的分布式计算工程。由斯坦福大学化學系的潘德实验室（Pande Lab）主持，於2000年10月1日正式啟動。這包括蛋白質折疊的過程和蛋白質的運動，並且依賴於在志願者的個人計算機上運行的模擬。Folding@home 目前位於宾夕法尼亚大学，由維杰·潘德(Vijay Pande)的前學生Greg Bowman領導。 Folding@home現…
X射线晶体学
X射線晶體學（）是一門利用X射線來研究晶體中原子排列的學科。更準確地說，利用電子對X射線的繞射作用，X射線晶體學可以獲得晶體中電子密度的分佈情況，再從中分析獲得关于原子位置和化学键的資訊，即晶體結構。 由于包括盐类、金属、矿物、半导体, 冰，催化剂，吸附剂在内的许多物质都可以形成晶体，X射线晶体学已经是许多学科的基本技术。这项技术最初主要被用于测量原子大小、化学键的类型和键长，以及其他的许多物质，尤其是矿物和合金。後來，X射线晶体学也揭…
埃德曼降解法
埃德曼降解（，或埃德曼分解），也根据所使用试剂而被称为“PTC法”或“PTH法”，是肽链或蛋白质中N-端氨基酸序列分析方法之一。由菲尔·埃德曼（Pehr Edman）首先创立。 机理 用异硫氰酸苯酯（Phenylisothiocyanate, 缩写：PITC）与待分析多肽的N-端氨基在碱性条件下反应，生成苯硫脲（PTC）的衍生物，於酸性條件之下生成五元环，肽链N-端被选择性地切断，得到N-端氨基酸残基的噻唑啉酮苯胺衍生物。接着用有机溶剂…
铁硫蛋白
铁硫蛋白（，或称为铁硫蛋白质）是一类蛋白质，其特征是其中存在着铁-硫簇，铁-硫簇中含有与硫连接着的二、三或四个铁中心，并可处于各种变化的氧化态上。铁-硫簇存在于多种金属蛋白之中，例如铁氧还蛋白、氢化酶、辅酶Q-细胞色素c氧化酶、琥珀酸脱氢酶，和固氮酶等。铁硫蛋白是粒線體中执行氧化磷酸化過程的重要成员，像電子傳遞鏈中的第一蛋白複合體（Complex I）及第二蛋白複合體（Complex II）都含有鐵硫簇。此外，像是順烏頭酸酶和SAM依賴…
蛋白三聚體
在生物化学中，蛋白三聚體（protein trimer）是由三个通常以非共价键结合的大分子 （例如蛋白质或核酸） 形成的大分子复合物。蛋白质三聚体通常由蛋白质四级结构的组装而成。多肽单元上疏水区和亲水区之间的非共价相互作用有助于稳定四级结构。由于蛋白质三聚体由多个多肽亚基组成，因此它被认为是一种低聚物 。 它由三個相同蛋白質形成的三聚體稱為，如、真核生物的DNA夾（由三個組成）；由三個相異蛋白質形成的三聚體則稱為異源三聚體，如古菌的DN…
蛋白异构体
编码的异构体。|420x420px]] 蛋白异构体（）或蛋白异形体，又称蛋白变异体（Protein variant。 虽然大多数蛋白异构体功能相同或近似，但某些异构体具有独特的功能。一组蛋白质异构体可以通过单个基因的选择性剪接、可变启动子的使用或其他转录后修饰形成，但通常不包括翻译后修饰。（参阅）通过RNA剪接机制，mRNA能够选择基因的不同蛋白质编码片段（外显子），甚至从RNA中选择外显子的不同部分，从而形成不同的mRNA序列。每个独…
蛋白質資料庫
蛋白質資料庫（，简称PDB）是一個專門收錄蛋白質及核酸的三維結構資料的数据庫。由Worldwide Protein Data Bank监管。PDB可以经由网络免费访问，是结构生物学研究中的重要资源。为了确保PDB资料的完备与权威，各个主要的科学杂志、基金组织会要求科学家将自己的研究成果提交给PDB。在PDB的基础上，还发展出来若干依据不同原则对PDB结构数据进行分类的数据库，例如GO将PDB中的数据按基因进行了分类。這些資料和數據一般是…
蛋白二聚体
的（GALT）二聚体和UDP-半乳糖形成的复合物。]] 在生物化學中，二聚體（dimer）為由兩個分子組合而成的高分子配合物，常以非共價鍵鍵結。像是蛋白質或是核酸皆為高分子。蛋白二聚體（protein dimer）则是由两个蛋白质单体形成的大分子复合物或多聚体，通常为非共价结合；蛋白二聚体属一種蛋白質四級結構。 同源二聚體（homodimer）或同二聚体，可由兩個相同的分子組合而成（此過程稱為同源二聚作用 homodimerizatio…
蛋白质折叠
蛋白质折叠（）是蛋白质获得其功能性结构和构象的物理过程。通过这一物理过程，蛋白质从无规则卷曲折叠成特定的功能性三维结构。在从mRNA序列翻译成线性的氨基酸链时，蛋白质都是以去折叠多肽或无规则卷曲的形式存在。 蛋白質的基本單位為胺基酸，而蛋白質的一級結構指的就是其胺基酸序列。蛋白質會由所含胺基酸残基的親水性、疏水性、帶正電、帶負電等特性通过残基间的相互作用而摺疊成一立體的三级結構。 根据克里斯琴·B·安芬森（1972年的諾貝爾化學獎得主）…
环醇假说
，主要是因为它消除了肽键的共振稳定作用。这种反应是关于蛋白质的Cyclol假设的基础。]] 环醇假说（cyclol hypothesis），為第一个折叠的球状蛋白质结构模型概念 ，这是在20世纪30年代基于三个假设提出的。首先，该假设假设两个肽键由Cyclol反应交联而成（图1），这些交联键是共价的肽的同系物之间的氢键，而非“共价键”。这些反应已被发现存在于麦角肽和其他化合物中。第二，该假设提出在某些条件下，氨基酸会自然地在最大数量上进…
分子建模数据库
{{infobox biodatabase |title = MMDB |logo = |description =三维结构和大分子相互作用 |scope = |organism = |center = 美国国家生物技术信息中心 |laboratory = |author = 托马斯·马德伊（Thomas Madej） |citation = Madej & al. (2012年) 参阅 蛋白质结构 参考文献 外部链接 https://…
蛋白質設計
蛋白质设计是指对新的蛋白质分子进行合理的设计，以期赋予其新颖的活性、行为或特定用途，并借此深入探究蛋白质功能的基本原理。蛋白质的设计可以从零开始（称为从头设计，de novo design），也可以通过对已知蛋白质结构及其序列进行计算性的变异（称为蛋白质再设计）来实现。 合理的蛋白质设计方法旨在预测能够折叠成特定结构的一系列蛋白质序列。这些预测出的序列随后可通过多肽合成、定点诱变或人工基因合成等实验方法进行验证。 合理的蛋白质设计可追溯…
泛素
泛素（）又称泛素蛋白、泛蛋白，是一种存在于大多数真核细胞中高度保守的热稳定小分子基因表达调控蛋白；因广泛存在于真核细胞中而得名。 它于1975年由吉迪恩·格鲁斯坦（Gideon Goldstein）发现，并在1970年代末和1980年代进一步定性。人类基因组中有四个泛素基因： UBB、UBC、UBA52 和 RPS27A。 泛素使用泛素连接酶与其他蛋白质进行酶促偶联，其特性因这种泛素化而改变。根据泛素键的数量和类型，泛素化靶蛋白与其他蛋…
翻译后修饰
的轉譯後修飾之過程圖]] 翻译后修饰（英語：Post-translational modification，縮寫PTM；又稱後轉譯修飾）是指蛋白質在翻译後的化學修飾。蛋白質擁有不同功能且影響生物體許多的功能，而往往要經過修飾才具有相應的功能，此階段即為轉譯後修飾，包含甲基化、磷酸化和乙醯化等。對於大部份的蛋白質來說，這是蛋白質生物合成的較後步驟。PTM是細胞信號傳導中的重要組成部分。 蛋白質，或是多肽，是多條或一條胺基酸的鏈。當合成蛋白…
负氧离子洞
（黑色）的负氧离子洞利用酶主链酰胺（蓝色）的氢键稳定底物（红色）过渡状态上的负电荷积聚。]] 负氧离子洞（）指的是酶的活性部分中能够稳定去质子化的氧或醇盐上的过渡态负电荷的空穴。通常由共轭的酰胺骨架或带正电荷的残基组成。 稳定的过渡态可以降低反应所需的活化能，从而促进催化作用。例如，胰凝乳蛋白酶的蛋白酶含有负氧离子洞，以稳定蛋白质水解过程中形成的四面体中间阴离子，并保护底物中带负电的氧气不受水分子的影响。 另外，负氧离子洞也可以促进底物…