ZooBank
的分類處理歷程，並針對其生物分類作為提供]] ZooBank是一個開放取用網站，由國際動物命名法委員會管理，作為動物命名的正式登記處所。任何的分類作為（如發表新分類或物種名稱，以及變更其名稱）必須要在ZooBank登錄，才能獲得《國際動物命名規約》的「正式」承認。 對於登錄至ZooBank的分類項目，會採用作為其通用唯一辨識碼。 ZooBank最初的資料原型來自於《》，而這些資料則是從**'（現由湯森路透持有）內的科學文獻彙編而成。 歷…
标签：#生物學資料庫
共 56 篇文章
基因本体
基因本体（，缩写：GO，或称基因本体论），是一项重要的生物信息学举措，系统地对所有物种基因以及及基因产物属性进行注释的方法和过程。它的目标是第一：维护和开发基因以及基因产物属性的受控词汇；第二：基因及其产物，同化和传播注释数据；第三：提供方便的工具访问数据；第四：实现在实验数据的基础上，使用GO进行程式解析，例如基因富集组分分析。它主要包括三个分支：細胞組件、分子功能和生物過程。GO是更大规模分类工作的一部分，即，也是OBO铸造厂的初始…
PubChem
PubChem（直译：公共化学数据库）是一个化学分子及其活性的数据库。该系统由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护，该中心是美国国立卫生研究院（NIH）下属的国家医学图书馆的一部分。您可以通过网络用户界面免费访问PubChem。数百万种化合物结构和描述数据集可以通过文件传输协议（FTP）免费下载PubChem包含多种物质描述以及原子数少于100个、键数少于1,000个的小分子。超过80家数据库供应商为内容不断增长的PubChem数据…
KEGG
京都基因与基因组百科全书（，缩写：KEGG；）是一套日本於1995年制定的人類基因組計劃，此為關於基因、基因组、蛋白质、酶促反应以及生物化学物质的网络数据库。其途径数据库之中记录的是细胞之中的分子相互作用、代谢途径以及具体生物所特有的变化形式。 但是它有一個缺點『無法由網頁介面作進一步的計算，例如建立複雜的調控網，或是找出反應之間可能的交互作用』。 介绍 KEGG数据库项目由京都大学化学研究所教授在1995年於日本人類基因組計劃首次提出…
原核生物标准命名列表
原核生物标准命名列表（，缩写：LPSN）是一个在线生物学数据库，用于保存原核生物的命名和分类信息， 该数据库遵循的分类相关要求和规定。 1997年至2013年6月，该数据库的运营负责人是让·保罗·厄泽比 2013年7月到2020年1月，其运营负责人为艾丹·C·帕特 并且自2022年起，LPSN与模式（菌株）基因组服务器（Type〔Strain〕Genome Server，TYGS）互连，后者是DSMZ用于基于基因组进行精确分类的高通量平…
ChEMBL
ChEMBL或ChEMBLdb（欧洲分子生物学实验室化学数据库）是具有類藥物特性生物活性分子的化學數據庫。 由英國南劍橋郡歐洲分子生物學實驗室（EMBL）的歐洲生物信息學研究所（EBI）維護。 該數據庫由一家名為Inpharmatica Ltd.的生物技術公司開發，被稱為StARlite；後來被收購。隨後在EMBL-EBI由John Overington領導ChEMBL小組成立。 範圍和訪問 ChEMBL數據庫包含針對藥物靶點的化合物生…
MycoBank
MycoBank是一個線上資料庫，記錄著各種真菌的學名與形態描述。其是由荷蘭烏特勒支的皇家科学院真菌生物多样性研究中心負責營運管理。 每種被描述的新種真菌，在經由命名專家檢視，和確認符合國際藻類、真菌、植物命名法規後，會被給予一組MycoBank的編號，然後該新種才可發表。在發表的文獻中命名者引用該物種的編號，使其編號公開於資料庫中。此資料庫有助於查詢哪些名稱已被合法發表以及其發表年份。 MycoBank也有和Index Fungoru…
EBird
eBird是一個鳥類的線上數據庫，提供科學家、研究人員和業餘學家有關（包括目擊、遷徙、數量等）的數據。最初僅限收集於西半球的足跡，2008年擴大到新西蘭，2010年擴大至全球範圍。eBird曾被描述為是一個讓業餘愛好者收集生物多樣性數據並使用於科學使用的例子。 eBird是群眾外包的一個例子，它被譽為是科學民主化，將公眾視為科學家，允許公眾瀏覽並使用他們自己與他人集體數據的例子。 歷史和目的 康奈尔大学的鳥類學實驗室和奥杜邦学会受到賈克…
ChemSpider
Chemspider（直译：化学蜘蛛）是一个可在线免费访问的化学数据库，该数据库归英国皇家化学学会所有。它试运行于2007年3月，并于一年后的2008年3月正式发布。 ChemSpider数据库记录了超过两千万的分子，与其他传统化学数据库不同的地方在于，它通过WiChempedia（维基化学百科）收录维基百科中的化合物记录。ChemSpider于2009年5月被英国皇家化学会收购。它包含来自270多个数据源的超过1亿个分子的信息，每个分…
23andMe
23andMe是位于美国加利福尼亚州山景城的一家基因技术公司，其名称源于人类的23对染色体。23andMe推出的基于唾液的个人基因组检测曾被《时代》杂志评为2008年的年度发明，正式拉開全球消費級基因檢測產業的序幕。 2013年，在美国食品药品监督管理局（）要求下，23andMe曾暂停提供健康相关的检测报告，而只提供溯源基因检测报告。2015年10月，在获得FDA认可后，23andMe开始重新提供健康报告。 自2014年起，23andM…
G蛋白偶联受体数据库
GPCRdb数据库是G蛋白偶联受体（GPCR）的主要数据存储库。它整合了各种用于GPCR分析的网页工具和图表，并存储了通过PDB（蛋白質資料庫）发布的所有GPCR晶体结构的注释信息，拥有最大的受体突变体和参考序列比对集合。用户可在GPCRdb主页上使用一系列工具，通过网页浏览器分析结构、序列相似性、受体关系、同源模型、药物趋势、遗传变异和配體靶点谱。图表则以蛇形图和螺旋盒图的形式展示受体序列及其关系（系统发育树）。 参见 G蛋白偶联受体…
Guide to Pharmacology
IUPHAR/BPS藥理學指南（），或称藥理學指南（、GtoPdb）是開放訪問的藥理學知識庫，由國際基礎藥理學與臨床藥理學聯合會（IUPHAR）及（BPS）聯合開發。旨在提供所有藥理學靶標的簡明概述，所有人均可訪問。 數據庫鏈接 藥理學指南包括指向其他相關資源的鏈接。許多資源與之保持相互鏈接。 Mouse Genome Informatics Ensembl UniProt Entrez PubChem ChemSpider ChEMB…
GenBank
基因银行（，另译基因库、基因数据库）是一个开放获取的，对所有公开可利用的核苷酸序列与其翻译的蛋白质进行收集并注释。 此数据库是（INSDC）的一部分，由美国国家生物技术信息中心（NCBI）主管，NCBI为美国国立卫生研究院的下属机构。GenBank和它的合作者从全球各个实验室接收了超过百万种生物的数据。 成立三十年来，GenBank数据库成为了最重要的也是最有影响力的生物全领域数据库，其数据正被全球数以百万计的研究人员获取与引用。Gen…
人類孟德爾遺傳學
人類孟德爾遺傳學（，缩写MIM）是一個數據庫將現時所知的遺傳病分類，並且連接相關的人類基因組中的基因。這個數據庫出版了名為《孟德爾遺傳定律說明》，最新的版本是第12版。它亦有網上版本，稱為人類孟德爾遺傳在线（，簡稱OMIM）。 OMIM™及Online Mendelian Inheritance in Man™是約翰·霍普金斯大學的商標。 收集過程 這個數據庫的資料是由維克托·麥庫西克醫生的帶領下，在約翰·霍普金斯大學所收集及處理，並由…
BacDive
细菌多样性数据库（），其混成词简称为*BacDive*，是全球最大的标准化细菌和古菌菌株级信息数据库。 BacDive是一个综合资源，包含有关细菌和古菌菌株的多种数据，包括生物分类学、形态学、生理学、采样和环境数据以及序列信息。该数据库建立在来自培养物保藏中心的精选数据基础上。2025年，BacDive包含99,392个菌株的信息，其中包括21,168个模式菌株。该数据库由莱布尼茨研究所DSMZ—德国微生物与细胞培养物保藏中心有限公司托…
ARKive
ARKive是一个以宣传生态保护为主题的公益网站，分门别类地收集有大量不同物种在野外被拍摄到的图片和视频资料，可以供访问者免费观看。网站致力于所谓“通过来自野生生物影像的力量以促进对世界上各种受威胁物种的保护”（"promoting the conservation of the world's threatened species, through the power of wildlife imagery"）的使命，搜集有大量野生动…
Plazi
Plazi是一家以支持和促进数字生物分类学文献的长期、公开访问为目的的国际非营利性组织，总部位于瑞士。Plazi是生物多样性文献库（Biodiversity Literature Repository）的共同创立者。该组织使用TreatmentBank服务，将分类学出版物的数据转化为XML格式的FAIR数据，并在Zenodo上建立并维护可供公开访问的生物多样性文献库（Biodiversity Literature Repository）…
ENCODE
{{Infobox biodatabase | title = ENCODE | logo = | description = 全基因组数据库 | scope = | organism = | center = 斯坦福大学 | laboratory = | author = Brian J Raney，旨在找出人类基因组中所有功能组件。 这是既完成人类基因组计划后国家人类基因组研究所开始的最重要的项目之一。 所有在该项目中产生的数据都会…
BioModels
[http://www.ebi.ac.uk/biomodels BioModels Database] 是一个完全免费的，用来存储描述生化反应的数学模型的数据库。同时也提供很多其他功能，例如反应模拟、提取子模型等。 什么是BioModels Database BioModels Database是一个免费的生物模型在线数据库。数据库中主要存储数量型生物化学模型。所有的模型都是在相关的科学文章中发表过的并且经过了同行评审。 所有BioMo…
維基物種
维基物种（）是维基媒体基金会建立的一个开放、自由的物种目录。它涵盖了动物、植物、真菌、细菌、古菌、原生生物、病毒以及所有地球上的各种生命。 维基物种的口号是： 歷史 維基物種在2004年9月14日啟用，並在2007年5月20日達到100,000條物種條目。至2025年5月已有910,000條物種條目。 協調了有興趣參與項目的幾個人的努力，並在2004年初夏天聯繫了潛在的支持者。對數據庫進行了評估，並與管理人員進行了聯繫，其中一些人已經同…