GenBank

基因银行(,另译基因库基因数据库)是一个开放获取的,对所有公开可利用的核苷酸序列与其翻译的蛋白质进行收集并注释。

此数据库是(INSDC)的一部分,由美国国家生物技术信息中心(NCBI)主管,NCBI为美国国立卫生研究院的下属机构。GenBank和它的合作者从全球各个实验室接收了超过百万种生物的数据。

成立三十年来,GenBank数据库成为了最重要的也是最有影响力的生物全领域数据库,其数据正被全球数以百万计的研究人员获取与引用。GenBank中的数据量正以每18个月翻一番的速度持续指數增長,在2013年2月的版本194中,數據庫包含有1.62億個序列,含有1500億個核苷酸堿基。

历史
1979年,洛斯阿拉莫斯国家实验室(LANL)[http://www.t10.lanl.gov/ 理论生物学和生物物理学小组] 的等人建立了洛斯阿拉莫斯序列数据库,最终成为了公共的 GenBank数据库的前身。1982年,由美国国立卫生研究院、美国国家科学基金会、美国能源部和国防部共同出资,LANL与BBN科技公司合作,成立了GenBank。到1983年底,已有超过2,000个序列被存储在GenBank。

在20世纪80年代中期,斯坦福大学的Intelligenetics bioinformatics公司与LANL合作经营着GenBank项目。作为最早的互联网生物信息学社区项目,GenBank计划为生物学家打造一个开放获取的/Bionet消息社群。1989到1992年,GenBank被转移到新成立的美国国家生物技术信息中心。

(EMBL)在1986/1987年出版的《核苷酸序列》第一至第七卷]]

发展
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在GenBank的版本162.0(2007年8月)的发行说明中道出:“从1982年到现在,GenBank中的碱基数每隔18个月翻一番。”

,GenBank的版本196.0已有165,740,164个基因座,152,599,230,112个碱基,165,740,164个报导序列
! 物种
! 碱基对
|-
|智人 Homo sapiens
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|-
|小家鼠 Mus musculus
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|-
|褐鼠 Rattus norvegicus
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|-
|家牛 Bos taurus
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|-
|玉米 Zea mays
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|-
|野豬 Sus scrofa
|align="right"|
|-
|斑馬魚 Danio rerio
|align="right"|
|-
| Strongylocentrotus purpuratus
|align="right"|
|-
|普通獼猴 Macaca mulatta
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|-
|水稻 Oryza sativa Japonica Group
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|烟草 Nicotiana tabacum
|align="right"|
|-
|非洲爪蟾 Xenopus (Silurana) tropicalis
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|黑腹果蝇 Drosophila melanogaster
|align="right"|
|-
|黑猩猩 Pan troglodytes
|align="right"|
|-
|拟南芥 Arabidopsis thaliana
|align="right"|
|-
|家犬 Canis lupus familiaris
|align="right"|
|-
|酿酒葡萄 Vitis vinifera
|align="right"|
|-
|原雞 Gallus gallus
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|-
|大豆 Glycine max
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|-
|普通小麦 Triticum aestivum
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|}

参阅

  • Ensembl
  • (HPRD)
  • 序列分析
  • 通用蛋白质资源库(UniProt)
  • 已测序真核生物基因组列表
  • 已测序古菌基因组列表
  • — 参考序列数据库
  • Geneious — 包括GenBank提交工具

*
*开放标准

参考文献
*

外部链接
*[https://web.archive.org/web/20091204062527/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=nucleotide GenBank]
*[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/28302128 血红蛋白β序列记录示例]
*[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/ BankIt]
*[https://web.archive.org/web/19970615053855/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Sequin/index.html Sequin] — 由NCBI开发的独立软件工具,用于向GenBank序列数据库提交和更新条目。
*[http://emboss.sourceforge.net EMBOSS] — 免费的开源分子生物学软件
*[https://web.archive.org/web/20070918023254/http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=handbook.section.GenBank_ASM GenBank、RefSeq、TPA和UniProt:名称代表什么?]

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