基因共表达网络
基因共表达网络是一种无向图，每个节点代表基因，如果二者存在明显的共表达关系，就用一个边连接两个节点。 对不同的样本或者不同的实验条件建立基因表达谱后，可以通过查看不同样本间产生相似表达模式的基因对建立基因共表达网络。原因是，两个共表达基因在不同的样本中应以相同模式变化。共同表达的基因是由同一转录控制程序控制、功能相关、同一通路或蛋白结构的组成部分，所以基因共表达网络具有生物学意义。 基因共表达网络不指定共表达关系的方向和类型。然而在基因…
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共 19 篇文章
保守序列
的序列比对。 这些序列是蛋白质中氨基酸120-180残基。灰色高亮的残基在所有序列中高度保守。在蛋白质序列下方标注为 保守序列 ()，保守突变(:)，半保守突变 (.)，或者非保守突变( )。]] 保守序列（）在生物学中是指在核酸序列（如RNA及DNA序列）、蛋白质序列、蛋白质结构或多聚糖序列内相似或相同的序列，这种情况可以发生在各物种间（种间同源序列）或由相同生物产生的不同分子（种内同源序列）间。对于物种间保守的情况，这意味着尽管物种…
加权相关网络分析
加权相关网络分析也称为加权基因共表达网络分析，是一种广泛使用的数据挖掘方法，它用两两变量间相关系数研究生物网络。它适用于高维度数据集，在基因組學领域应用的最为广泛。 此分析假定基因网络服从无尺度分布，定义基因共表达相关矩阵，计算生成邻接矩阵，然后计算各个节点的相异系数，建立分层聚类树。此树不同分支代表不同的基因模块，模块内基因有较高的共表达水平，从中可以鉴定出枢纽基因。可通过基因网络与表型之间联系，最终找到表型的靶点基因、基因网络。此分…
GenBank
基因银行（，另译基因库、基因数据库）是一个开放获取的，对所有公开可利用的核苷酸序列与其翻译的蛋白质进行收集并注释。 此数据库是（INSDC）的一部分，由美国国家生物技术信息中心（NCBI）主管，NCBI为美国国立卫生研究院的下属机构。GenBank和它的合作者从全球各个实验室接收了超过百万种生物的数据。 成立三十年来，GenBank数据库成为了最重要的也是最有影响力的生物全领域数据库，其数据正被全球数以百万计的研究人员获取与引用。Gen…
DNA微陣列
DNA微陣列（DNA microarray）又稱DNA陣列或DNA芯片，比較常用的名字是基因芯片（gene chip）。是一塊帶有DNA微阵列（microarray）的特殊玻璃片或矽晶圓片，在數平方公分之面積上佈放數千或數萬個核酸探針；檢體中的DNA、cDNA、RNA等與探針結合後，藉由-{zh-cn:荧光;zh-tw:螢光}-或電流等方式偵測。經由一次測驗，即可提供大量基因序列相關資訊。它是基因组学和遗传学研究的工具。研究人員應用基因…
CaBIG
caBIG（cancer Biomedical Informatics Grid，癌症生物医学信息网格）是一个开放源码，可自由访问的系统，建立caBIG的目的是是使癌症研究人员之间有一个安全的数据交换信息网络。这一项目最初由美国国家癌症研究所（美国国立卫生研究院的一部分）倡议，并由其属下的生物医学信息学和信息技术中心（CBIIT）提供支持与维护。 项目起源 2004年美国国家癌症研究所（NCI）启动了caBIG（癌症生物医学信息网格）计…
生物医学信息学
生物医学信息学是一门范围宽泛的学科，致力于在生物学研究、生物医学科学、医学以及医疗保健领域的工作实践当中，对于计算机科学、信息科学、信息学、认知科学以及人机交互的研究与应用。其他的许多领域，包括生物信息学、转化研究信息学、临床研究信息学、临床信息学、公共卫生信息学以及医学信息学在内，通常都属于是生物医学信息学的兄弟领域或者生物医学信息学之中的子领域。 参考文献 外部链接 [http://www.amia.org/ American Me…
最大簡約法
最大簡約法（）是一種常使用於系統發生學計算的方式，可用來根據分子序列的變異程度，來分析生物之間的演化關係，進而建構出演化樹。 「簡約」一般有「經濟的」或「儉省的」之義，但在生物學中，「簡約法」是屬於無母數統計的一種統計方法以估計親緣關係。以最大簡約法建構的親緣關係樹是以演化過程具有最少次變化為前提，表示現存資料在過去的演化過程應由最少次步驟所形成。這項概念由Walter M. Fitch在1971年所提出。. 雖然演化過程並非必定由最少…
酶学委员会编号
酶学委员会编号或酶编号（），简称EC编号或EC号（），是一种基于酶催化化学反应而制定数字分类方案。作为酶命名法'酶学委员会命名法（）系统，同時會為各種酶給予一個建議的名稱，且每个EC编号都与相应酶催化反应的推荐名称相关联。 EC编号并非针对不同种类的酶，而是针对酶催化的反应。如果不同的酶（例如来自不同生物体的酶）催化相同的反应，则它们会获得相同的EC编号。此外，通过趋同进化，完全不同的可以催化相同的反应（这些有时被称为）因此会被分配相同…
蛋白质结构预测
蛋白质结构预测（）是指从蛋白质的氨基酸序列中预测蛋白质的三维结构。也就是说，从蛋白質一級結構预测它的折叠和二级、三级、四级结构。结构预测与蛋白质设计的反问题有着根本的不同。蛋白质结构预测是生物信息学与理论化学所追求的最重要目标之一；它在医学上（例如，在药物设计）和在生物技术上（例如，新的酶的设计）都是非常重要的。每隔两年，当前蛋白质结构预测技术的性能在蛋白质结构预测技术的关键测试（CASP）实验中被评测。蛋白质结构预测的网络服务器连续的…
計算神經科學
計算神經科學，亦稱理論神經科學或數學神經科學，是神經科學的分支，為一門跨領域學科，包含神經科學、認知科學、資訊工程、電腦科學、物理學及數學等。主要特點是透過數學模型與理論分析，將人腦抽象化，嘗試理解神經系統調控神經的原則，像是神經系統的、構造、生理、認知功能。 理論上，計算神經科學是理論神經科學的子領域，該領域旨在用電腦程式模擬的方式來驗證與解決數學模型。 但由於大多數的數學模型若建立在符合生物學的情況下，會變得過於複雜，無法進行分析。…
系统发生比较方法
系统发育比较方法（Phylogenetic comparative methods，简称 PCM或 PCMs）是一类在统计分析中明确利用生物谱系之间的系统发育关系，以检验演化假说的方法体系，是现代演化生物学的重要组成部分。 应用方向 PCM 依研究目的大致可分为两大方向： 性状随时间的演化过程：利用数学模型（如布朗运动、奥恩斯坦-乌伦贝克过程、Early Burst等）推断性状的、方向性、选择强度或祖先状态，并检验不同性状间的演化关联与…
欧洲生物信息研究所
欧洲生物信息研究所（，缩写：EBI），全称欧洲分子生物学实验室-欧洲生物信息研究所（，缩写：EMBL-EBI），是一个政府间组织（IGO），作为欧洲分子生物学实验室（EMBL）的一部分，专注于生物信息学领域的研究和服务。它位于剑桥附近的，拥有超过600名员工。 欧洲生物信息研究所为科学界提供免费生物信息资源、促进基础研究、提供培训和传播行业尖端技术。欧洲生物信息研究所管理和维护着多个大型生物信息公共数据库， 跨基因组学，蛋白质组学，化学…
形态测量学
已灭绝鸟类的大小与人类（高为1.75米）的比较。图中A为长城鸟属，B为孔子鸟属，C为始孔子鸟属。]] 齿状突起轮廓的主成分分析]] 形态测量学（）是指对大小、形状等形态（form）的定量分析，其名称源于希腊语的μορϕή（morphe，意为“形态”）与-μετρία（metria，意为“测量”）。形态测量学在对生物体的分析中十分常用，可用于分析化石记录、变异对形状的影响、形态的发育变化、不同生态因素与形状之间的协方差，以及估计形状的数量…
生物晶片
生物晶片（）是利用微電子技術，在基材上放置可與檢體產生特異性生化反應的生物材料，且能被高靈敏偵測系統定量反應訊號的微型裝置。 生物晶片運用微電子學、微流體學、分子生物學、生物技術、基因檢測、分析化學等原理進行設計，並以矽晶圓、玻璃或高分子為基材，配合微機電自動化、或其他精密加工技術，所製作之高科技元件，有如半導體晶片一般能快速進行繁複運算；生物晶片具有快速、精確、低成本之生物分析檢驗能力。在分子生物學，生物晶片基本上是小型化的實驗室，可…
FASTQ格式
FASTQ格式是一种保存生物序列（通常为核酸序列）及其测序质量得分信息的文本格式。序列与质量得分皆由单个ASCII字符表示。 该格式最初由维尔康姆基金会桑格研究所开发，旨在将FASTA格式序列及其质量数据整合在一起。而目前，FASTQ格式已经成为了保存高通量测序结果的事实标准。 格式 FASTQ文件中，一个序列通常由四行组成： 第一行以@开头，之后为序列的标识符以及描述信息（与FASTA格式的描述行类似） 第二行为序列信息 第三行以+开…
生物電磁場
生物電磁場可以指： 英文中可稱bioelectromagnetics，也可以稱為生物場為 Biofield。 （以下是相關論文：[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4654789/ Biofield Science and Healing: History, Terminology, and Concepts] ） Key Words: Biofield, bioelectroma…
距离矩阵
在数学中, 一个距离矩阵是一个各項元素為点之间距离的矩阵（二维数组）。因此给定N个欧几里得空间中的点，其距离矩阵就是一个非负实数作为元素的N×N的对称矩阵距离矩阵和邻接矩阵概念相似，其区别在于后者仅包含元素（点）之间是否有連邊，并没有包含元素（点）之间的连通的距离的訊息。因此，距离矩阵可以看成是邻接矩阵的加权形式。 举例来说，我们分析如下二维点a至f。在这里，我们把点所在像素之间的欧几里得度量作为距离度量。 其距离矩阵为： 距离矩阵的这…
序列分析
序列分析是指通过一定的方法确定DNA上核苷酸排列的顺序，包括序列比对。序列分析是分子生物学的重要技术之一。 参考条目 序列比对 外部链接 [https://web.archive.org/web/20090318212612/http://www.123genomics.com/files/analysis.html Sequence analysis] - 123 Genomics * [https://web.archive.org…