加权相关网络分析

加权相关网络分析也称为加权基因共表达网络分析,是一种广泛使用的数据挖掘方法,它用两两变量间相关系数研究生物网络。它适用于高维度数据集,在基因組學领域应用的最为广泛。

此分析假定基因网络服从无尺度分布,定义基因共表达相关矩阵,计算生成邻接矩阵,然后计算各个节点的相异系数,建立分层聚类树。此树不同分支代表不同的基因模块,模块内基因有较高的共表达水平,从中可以鉴定出枢纽基因。可通过基因网络与表型之间联系,最终找到表型的靶点基因、基因网络。此分析还可以用于研究共表达模块之间的关系、比较不同网络的网络拓扑学(差异网络分析)。加权基因共表达网络分析可以进行数据提炼(与斜交因子分析相关)、聚类分析(模糊聚类)、特征选择方法(比如,进行基因筛选)、综合互补(基因组)数据的框架(根据数量变量之间的加权相关性)和探索性数据分析。、单细胞RNA测序数据

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