基因共表达网络
基因共表达网络是一种无向图，每个节点代表基因，如果二者存在明显的共表达关系，就用一个边连接两个节点。 对不同的样本或者不同的实验条件建立基因表达谱后，可以通过查看不同样本间产生相似表达模式的基因对建立基因共表达网络。原因是，两个共表达基因在不同的样本中应以相同模式变化。共同表达的基因是由同一转录控制程序控制、功能相关、同一通路或蛋白结构的组成部分，所以基因共表达网络具有生物学意义。 基因共表达网络不指定共表达关系的方向和类型。然而在基因…
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共 7 篇文章
Folding@home
Folding@home（簡稱FAH或F@h）是一个研究蛋白质折叠、误折、聚合及由此引起的相关疾病的分布式计算工程。由斯坦福大学化學系的潘德实验室（Pande Lab）主持，於2000年10月1日正式啟動。這包括蛋白質折疊的過程和蛋白質的運動，並且依賴於在志願者的個人計算機上運行的模擬。Folding@home 目前位於宾夕法尼亚大学，由維杰·潘德(Vijay Pande)的前學生Greg Bowman領導。 Folding@home現…
生物信息学
X染色體圖譜]] 生物信息學（）利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学的问题。生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据，其研究工具是计算机，研究方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟）。目前主要的研究方向有：序列比对、序列組裝、基因识别、基因重组、蛋白质结构预测、基因表达、蛋白质反应的预测，以及建立进化模型。 生物学技术往往生成大量的嘈杂数据。与数据挖掘类似…
Foldit
Foldit是一个实验性的蛋白质折叠电子游戏，結合了眾包與分布式計算的思想。由华盛顿大学的计算机科学和工程学系和生物化学学系（同一批人中，很多人也參與创建Rosetta@home）聯合共同開發。 Foldit提供一系列教程，讓用户試著操縱简单的類蛋白质構造，並定期更新以真實蛋白質結構為基礎的謎題。該程序讓用户在工具辅助解謎，就能够得出實際的蛋白质模型。每當結構被变动，一个“分数”会根据折叠的完善程度给出。Foldit用户可以创立加入小组…
萊文斯坦距離
莱文斯坦距离（）是编辑距离的一种。指两个字串之間，由一个转成另一个所需的最少编辑操作次数。 允许的编辑操作包括： 将一个字符替换成另一个字符 插入一个字符 刪除一个字符 俄羅斯科學家弗拉基米尔·莱文斯坦在1965年提出這個概念。 定义 如果分别用 |a| 和 |b| 表示 a, b 两个字符串的长度，那么它们的列文斯坦距离为 \operatorname{lev}_{a,b}(|a|,|b|)，它符合： :\qquad\operatorn…
瓦片阵列
瓦片阵列（，亦称为覆瓦阵列）是微阵列芯片中的一种子类型。类似于传统微阵列，瓦片阵列通过将标记的DNA或RNA靶分子杂交到固定在固体表面上的探针而发挥作用。 瓦片阵列与传统微阵列之间的不同之处在于探针的性质：瓦片阵列的探针并不是对散列在整个基因组中的已知或预测基因的序列进行探测，而是对连续区域内存在的已知序列进行密集地探测。这有助于表征已测序但功能却知之甚少的区域。瓦片阵列可用于：辅助转录物组作图、发现DNA/蛋白质相互作用（ChIP-c…
计算生物学
计算生物学（）是生物学的一个分支。根据美国国家卫生研究所（NIH）的定义，它是指开发和应用数据分析及理论的方法、数学建模和计算机仿真技术，用于生物学、行为学和社会群体系统的研究的一门学科。该领域被广泛定义，包括计算机科学，应用数学，动画，统计学，生物化学，化学，生物物理学，分子生物学，遗传学，基因组学，生态学，进化，解剖学，神经科学和科学可视化的基础。 计算生物学与不同，生物计算是计算机科学和计算机工程的子领域，使用生物工程和生物学建造…