细胞信号传送
在生物学中，细胞信号传送（）又称細胞訊息傳導、細胞傳訊，是指细胞与自身、其他细胞及环境相互作用的过程。细胞信号传送是所有原核生物和真核生物细胞生命的基本特性。 通常，信号传送过程涉及三个组成部分：信号、受体和效应器（動器）。 在生物学中，信号大多是化学性质的，但也可以是压力、电压、温度或光等物理线索。化学信号是能够结合并激活特定受体的分子。这些分子，也称为配体，具有化学多样性，包括离子、脂质（例如类固醇、前列腺素）、肽类（例如胰岛素、A…
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基因共表达网络
基因共表达网络是一种无向图，每个节点代表基因，如果二者存在明显的共表达关系，就用一个边连接两个节点。 对不同的样本或者不同的实验条件建立基因表达谱后，可以通过查看不同样本间产生相似表达模式的基因对建立基因共表达网络。原因是，两个共表达基因在不同的样本中应以相同模式变化。共同表达的基因是由同一转录控制程序控制、功能相关、同一通路或蛋白结构的组成部分，所以基因共表达网络具有生物学意义。 基因共表达网络不指定共表达关系的方向和类型。然而在基因…
KEGG
京都基因与基因组百科全书（，缩写：KEGG；）是一套日本於1995年制定的人類基因組計劃，此為關於基因、基因组、蛋白质、酶促反应以及生物化学物质的网络数据库。其途径数据库之中记录的是细胞之中的分子相互作用、代谢途径以及具体生物所特有的变化形式。 但是它有一個缺點『無法由網頁介面作進一步的計算，例如建立複雜的調控網，或是找出反應之間可能的交互作用』。 介绍 KEGG数据库项目由京都大学化学研究所教授在1995年於日本人類基因組計劃首次提出…
系统生物学
系统生物学（），是一个使用整体论（而非还原论）的方式， 整合不同学科、层次的信息，以研究、分析、理解（即多组学整合分析）生物系统如何行使功能的学术领域。系统生物学通过研究各个生物系统内部所有组成成分间，各分子层面上的相互关系和相互作用（例如，与细胞信号传送、代谢通路、细胞器、细胞、生理系统与生物等相关的基因和蛋白网络），期望最终能够建立整个系统的可理解模型，以及为有机体绘制完整图谱。系统生物学使用计算机模拟，数学分析的方法来构建复杂生物…
BioModels
[http://www.ebi.ac.uk/biomodels BioModels Database] 是一个完全免费的，用来存储描述生化反应的数学模型的数据库。同时也提供很多其他功能，例如反应模拟、提取子模型等。 什么是BioModels Database BioModels Database是一个免费的生物模型在线数据库。数据库中主要存储数量型生物化学模型。所有的模型都是在相关的科学文章中发表过的并且经过了同行评审。 所有BioMo…
合成生物学
合成生物學（）是將生物科學應用到日常生活中的一種嶄新方式。英國倫敦的皇家科學院（Royal Society）認為：合成生物學結合了其他領域的知識與工具，涉及的領域包括系統生物學、基因工程、機械工程、機電工程、資訊理論、物理學、納米技術及電腦模擬等等。 目前，合成生物學已在多個行業落實應用，例如農業、能源、製造業及醫學等等。 历史 合成生物學家試圖創造出一種以脱氧核醣核酸編寫的語言。為了達此目的，需要設計脱氧核醣核酸片段，而這些脱氧核醣核…
代谢物组学
，显示从DNA到表現型的信息流。 与每个阶段相关的是相应的系统生物学工具，从基因组学到代谢物组学。]] 代谢物组学（）是涉及代谢产物、小分子底物、中间体和细胞代谢产物的化学过程的科学研究。具体而言，代谢物组学是“对特定的细胞过程遗留下的特殊化学指纹的系统研究”，即对其它们的小分子代谢产物的整体研究。代谢物组(Metabolome)定义为在一个生物细胞，组织，器官或生物体中所有的代谢产物的集合，它们是细胞过程的最终产物。因此，当信使RNA…
系统生物学研究所
系统生物学研究所（）是一家位于美国华盛顿州西雅图的非盈利研究机构，简称：ISB。ISB专注于系统生物学，研究生物系统各部分之间的关系及相互作用，并提倡采用跨学科的方法进行生物学研究。 File:ISB大门.jpg|thumb|ISB大门 File:ISB立牌.jpg|thumb|ISB立牌 File:ISB大厅.jpg|thumb|ISB大厅 目标 ISB在其网站上定义了四个重点领域： P4医学：即预测性、预防性、个性化和参与性医学，它…
代谢物组
、转录组、蛋白质组、和代谢物组（脂质组、糖组）之间关系的一般模式。]] 代谢物组（）是指在一个生物样品中发现的完整的一套小分子化学物质。所述生物样品可以是一个细胞，一个细胞器，一个器官，一个组织，一个组织提取物，一个生物流体或整个生物体。在给定的代谢物组发现的小分子的化学物质可能既包括内源性代谢物，它们是由生物体天然产生的（如氨基酸，有机酸，核酸，脂肪酸，胺，糖，维生素，辅因子，颜料，抗生素等），又包括外源化学物质（如药物，环境污染物，…
系统生物学标记语言
系统生物学标记语言（，簡稱SBML）是机器可读的、基于XML的置标语言，用于描述生化反应等网络的计算模型。SBML可以描述代谢网络、细胞信号通路、调节网络、以及在系统生物学研究范畴中的其它系统。 历史 2000年，在[http://www.jst.go.jp/ 日本科学技术振兴机构(JST)] 的资助下，Hiroaki Kitano和John C. Doyle发起组建了一个研究小组试图为系统生物学的计算模型发展更佳的基础性软件。Hami…
個體化醫學
個體化醫學（Personalized medicine），也稱為精準醫學，也称個性化醫療、个人化医疗，是一種針對病患的個別情形，進行医疗卫生個別化的醫學模式，包括醫學決策、治療、實務以及藥品都是針對病患，依照其治療的反應或疾病的風險所規劃的。有時也會用精準醫學（precision medicine）或P4醫學（P4 medicine）來說明此一概念，不過有些作者或組織會區分這些詞之間的差異，不過這些年此詞語開始普遍使用，主要是因為新診斷…
酵母菌雙雜合系統
酵母菌雙雜合系統，英文為Yeast two-hybrid system，亦簡稱Two-hybrid screening，是一種研究蛋白質交互作用 或蛋白質和DNA交互作用的實驗技術。 此系統的基本原理是報導基因上游的啟動區域與轉錄因子結合後，使下游的報導基因表現。在酵母菌雙雜合系統中將轉錄因子設計為結合區(Binding domain, BD)和活化區(Active domain, AD)，結合區可與基因上游的啟動區域結合，活化區負責活…
人类生态系统
。]] 人类生态系统是人類世中由人类主导的生态系统，一些概念模型认为它是一种复杂的控制论系统，这些模型越来越多地被生态人类学家等学者用来研究人类社区的生态方面，从而将诸如经济、社会政治组织、心理因素以及与环境相关的物理因素等多种因素与环境之间的关系整合在一起。 人类生态系统包含三个主要的组成概念：人类环境单元（一个人或一群人）、环境、各组分之间以及组分内部的相互作用和交流。整体环境包括三个概念上截然不同但相互关联的环境：自然环境、人工环…