基因预测
基因預測（）或称基因发现（），是生物信息学的一个重要分支，使用生物学实验或计算机等手段识别DNA序列上的具有生物学特征的片段。基因识别的对象主要是蛋白质编码基因，也包括其他具有一定生物学功能的因子，如RNA基因和调控因子。基因识别是基因组研究的基础。 在早期，基因识别的主要手段是基于活的细胞或生物的实验。通过对若干种不同基因的同源重组的速率的统计分析，我们能够获知它们在染色体上的顺序。若进行大量类似的分析，我们可以确定各个基因的大致位置…
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多重序列比對
，以多個生物個體的酸性核醣體蛋白P0（acidic ribosomal protein P0；L10E）的前90個位置所作的多重序列比對。]] 多重序列比對（Multiple sequence alignment；MSA）是對三個以上的生物學序列（biological sequence），如蛋白質序列、DNA序列或RNA序列所作的序列比對。一般來說，是輸入一組假定擁有演化關係的序列。從MSA的結果可推導出序列的同源性，而種系發生關係也可…
NoeClone
NoeClone 是一個跨平台的商業生物信息學軟件，结合了所有主要的生物信息學分析工具，并提供一個计算机平台的虚拟克隆方式。 主要特点 序列比對和序列觀看 质粒绘图 Motif搜索和開放讀碼框（ORF） 凝胶电泳模拟装置 限制性內切酶分析 PCR引物設計 高通量克隆 支持最先进的TOPO克隆与Gateway克隆 相关条目 NoePrimer 外部連結 [http://www.noegen.com/ NoeGen官方網站] *[http:…
NoePrimer
NoePrimer 是一款跨平台引物设计软件，可以把复杂的引物设计过程简单化，满足复杂而专业化的设计需要。NoePrimer为引物设计提供了简单的，直观的，图形化的模板和引物序列展示。它不但能进行常规PCR引物，杂交探针和测序引物的设计，同时，它还能进行多重PCR引物分析以及高通量的引物搜索和查找功能。 主要特点 图形化展示PCR产物，发夹结构，引物二聚体和错配 支持多重PCR的引物分析 高通量的多序列引物搜索功能 跟踪引物，可以轻易的…
Peak calling
Peak calling是一种用于鉴定经染色质免疫沉淀-测序或MeDIP-测序实验后所得到的比对读段富集在基因组哪些区域中的一种计算方法。当免疫沉淀的蛋白质是一种转录因子时，那么DNA的富集区域就是这种它的转录因子结合位点（TFBS）。主流的Peak calling软件有MACS等。 Peak calling可应用于转录组/外显组测序，亦可用于对MeRIP-测序或m6A-测序的RNA表观基因组测序数据进行分析；利用如exomePeak等…
系統發生樹
系统发育樹（），有時簡稱為系統樹，又稱種系發生樹、親緣關係樹，或演化樹（），是一種表示生物类群、個體、基因或其他对象之間演化關係假说的樹狀圖。研究演化歷史及親緣關係，並發展相應推斷方法和模型的學科稱為系統發生學（）。在生物学中，系统发育学与系统分類學密切相关，其方法和成果广泛应用于流行病學、生態學等领域。 組成 根 系统发育树可分为“有根树”与“无根树”两类。 有根树（）包含一个明确的根；在该树所表示的范围内，根节点代表所有末端单元的最…
Pfam
蛋白质家族数据库（，为Protein family〔蛋白质家族〕的混成词），是一個蛋白質家族資料庫。此資料庫會利用隱馬爾可夫模型進行多重序列比對以及加上蛋白腳註。目前Pfam資料庫內容透過IntroPro網站提供。 特色 Pfam 中所登錄的每一個蛋白質家族可以： 查詢多重序列比對 查看蛋白質主要結構 檢視物種演化樹 連結其他資料庫 查看已知的蛋白質結構 Pfam內的蛋白質家族描述由維基百科使用者管理。 Pfam的最新版本為「Pfam …
全基因組定序
全基因組定序（whole genome sequencing，WGS）或基因组测序（genome sequencing），是利用高通量测序技术，检测并获得细胞或组织中全部基因组（常为染色体中DNA）序列的方法，亦即將一個生物的基因組完整（或接近完整）定序的流程。全基因組定序用于研究未知基因组的序列、不同个体基因组的差异等。 自1990年代起，陸續有生物的基因組被完整定序，最早被定序完成的生物為流感嗜血桿菌（1995年），1996年首次有…
T-Coffee
T-Coffee (中文直翻:茶與咖啡) (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) (以樹形基礎的一致性做多重序列比對) 是利用漸進似演算法來作多重序列比對的軟體 。 它利用兩兩序列比對所產生的資訊來進行多重序列比對。 在最新的版本 (3D-Coffee) 中，亦可結合結構的資訊來作多重序列比對。 此外，該軟體可以評估比對結果的品質及找出在比…
Rosetta@home
Rosetta@home是一个基于伯克利开放式网络计算平台（BOINC）的分布式计算项目，由华盛顿大学贝克实验室开发和维护，用于蛋白质结构预测、蛋白质-蛋白质对接和新的蛋白质设计的研究。截至2015年2月12日，全球共有5万多台计算机是这一项目的活跃志愿者，平均每秒浮點運算次數达87万亿（87.688 teraFLOPS）。Rosetta@Home还开发了一款电子游戏Foldit，目的是通过众包途径来实现上述研究目标。尽管这个项目很大程…
Folding@home
Folding@home（簡稱FAH或F@h）是一个研究蛋白质折叠、误折、聚合及由此引起的相关疾病的分布式计算工程。由斯坦福大学化學系的潘德实验室（Pande Lab）主持，於2000年10月1日正式啟動。這包括蛋白質折疊的過程和蛋白質的運動，並且依賴於在志願者的個人計算機上運行的模擬。Folding@home 目前位於宾夕法尼亚大学，由維杰·潘德(Vijay Pande)的前學生Greg Bowman領導。 Folding@home現…
DNA结合位点
DNA结合位点（）是存在于DNA上的与其它分子相绑定的各类结合位点。 DNA结合位点与其它结合位点的区别在于： 它们是DNA序列（如一个基因组）中的一部分； 它们被DNA结合蛋白所绑定。 DNA结合位点常常与一类被称为转录因子的特殊蛋白相联系起来，并因此联系到转录调控。针对特定的一个转录因子的DNA结合位点总和常被命名为该转录因子的顺反组。DNA结合位点也包括了其它蛋白的靶点，如限制性核酸内切酶、位点特异性重组酶（见位点专一重组）及甲基…
DNA条形码
DNA条形码（）是一种利用基因组内的DNA片段来鉴定生物物种的技术。动物物种的鉴定采用线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因(cytochrome c oxidase I, COI)作为通用DNA条形码序列；生命条形码联盟(CBOL)植物工作组推荐叶绿体基因组的rbcL和matK片段作为植物鉴定的DNA条形码；生命条形码联盟真菌工作组推荐核糖体DNA内转录间隔区基因(nuclear ribosomal internal transcribed…
DIY生物学
雷恩一所咖啡厅內，2020年]] DIY生物学（，简称DIYbiological或DIYbio）是一种涉及生物技术的社会运动。参与该运动的个人、社群和小型组织会尝试使用与传统研究机构相同的方法研究生物学和生命科学，但大部分参与者通常只接受有限的学术或企业研究培训，就对其他很少或未接受接受过正式培训的参与者进行指导和监督。参与DIY生物学的人可能有不同目的，包括业余爱好、社群学习、为开放科学创新作出非营利性贡献，或者开展业务赚取利润等。 …
系统生物学
系统生物学（），是一个使用整体论（而非还原论）的方式， 整合不同学科、层次的信息，以研究、分析、理解（即多组学整合分析）生物系统如何行使功能的学术领域。系统生物学通过研究各个生物系统内部所有组成成分间，各分子层面上的相互关系和相互作用（例如，与细胞信号传送、代谢通路、细胞器、细胞、生理系统与生物等相关的基因和蛋白网络），期望最终能够建立整个系统的可理解模型，以及为有机体绘制完整图谱。系统生物学使用计算机模拟，数学分析的方法来构建复杂生物…
Arlequin
Arlequin是一種自由的種群遺傳學綜合數據分析軟件，提供GUI介面，以讓一般用戶也可以作生物群体间的多種測試及計算，例如：（Fixation index，亦作F-statistics。 Arlequin由日内瓦大学遗传学与生物统计学实验室开发。現時本軟體的最新版本為3.5.2.2，於2015年8月22日以zip壓縮及安裝檔的形式發放 }} 外部連結 [http://cmpg.unibe.ch/software/arlequin3/ …
生物信息学
X染色體圖譜]] 生物信息學（）利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学的问题。生物信息学的研究材料和结果就是各种各样的生物学数据，其研究工具是计算机，研究方法包括对生物学数据的搜索（收集和筛选）、处理（编辑、整理、管理和显示）及利用（计算、模拟）。目前主要的研究方向有：序列比对、序列組裝、基因识别、基因重组、蛋白质结构预测、基因表达、蛋白质反应的预测，以及建立进化模型。 生物学技术往往生成大量的嘈杂数据。与数据挖掘类似…
分子建模
作成的脯胺酸分子模型。]] 分子建模（英語：Molecular modelling）或稱分子模擬，是指利用理論方法與計算技術，模擬出化學分子的外觀或性質，屬於計算化學與計算生物學領域的研究對象。並且是化學與生物學上，如結構生物學等學門所應用的研究方法。 分类 分子建模中最理想化即为量子力学（quantum mechanics，QM），包括从头算（ab initio）、密度泛函理论（density functional theory）等，…
蛋白质家族
结构域的结构表示。]] 蛋白质家族（）是一组与演化相关的蛋白质。在许多情况下，蛋白质家族具有相应的基因家族，其中每个基因编码具有1:1关系的相应蛋白质。蛋白质家族的成员从同一祖先演化而来（见同源），具有相似的氨基酸序列、三维结构及生物学功能。 蛋白质家族的相似性中，最重要的是序列相似性（通常是氨基酸序列），因为它是同源的最严格指标，因此是共同祖先的最清晰的指标。使用序列比对方法评估一组序列之间的相似性的重要性存在相当完善的框架。不共享共…
生物朋克
生物朋克（英文：Biopunk，Biotechnology和Punk的结合词），在主题和风格上受到赛博朋克的影响，但側重於生物技術而不是信息技術，與合成生物學有關。是科幻小说的分支之一，以生物技術或基因工程為主題，通常有社会秩序受破坏的情节。 代表作品 小說 科學怪人 莫洛博士島 发条女孩 血音乐 電影 再造戰士;}- 變種異煞;}- 毀滅戰士 極地戰嚎;}- D-9異形禁區;}- 人工進化;}- 超体;}- 緝魂 維斯珀 電視劇 末世…