环状DNA
环状DNA是形成闭环并且没有末端的DNA。例子包括： 质粒 - 移动遗传元件 cccDNA - 由细胞核内的一些病毒形成 圆形细菌染色体 线粒体DNA（mtDNA） * 叶绿体DNA（cpDNA）和其他质体
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核酸热力学
核酸熱力學是指溫度影響雙鏈DNA（dsDNA）的核酸結構。DNA变性（DNA denaturation）又稱DNA融化（DNA melting）是DNA雙螺旋解開成為兩條單股長鏈的過程。在過程中，使兩股長鏈上的鹼基相連的氫鍵會斷裂。 DNA的變性可以是溫度升高而產生的作用，也可能是其他化學物質如尿素的誘導。使DNA解開的融化溫度（Tm）是依DNA鏈的長度，以及特定核苷酸序列的組成形式而定。 基礎概念 雜交 雜交，又稱雜合，是建立在兩個以…
外显子
外显子（）是真核生物基因的一部分，它在剪接后仍会被保存下来，并可在蛋白质生物合成过程中被基因表达为蛋白质。而内含子则会在剪接过程中被除去。 “外显子”一词指基因中的DNA序列和RNA转录本中的对应序列。全部外显子共同构成了外显子组（exome）。并非所有外显子都编码蛋白质：一些外显子位于非编码RNA中，另一些则构成信使RNA的非翻译区（UTR）。 历史 “外显子”（exon）一词是“表达区域”（expressed region）的缩写，…
基因表达调控
基因表达调控（，亦称基因调控）是细胞一系列可以增加或减少特定基因产物（蛋白质或RNA）生成的机制。基因表达的任何步骤都可以进行调节。细胞可以视情况通过基因调控表达蛋白质，从而增加生物体适应环境的能力。在多细胞生物中，基因调控驱动胚胎的细胞分化和形态发生，使同一基因组产生具有不同表达谱的细胞类型，这也是演化发育生物学的核心议题。 1951年，芭芭拉·麦克林托克在玉米种皮颜色形成中发现激活子（Ac）和解离子（Ds）两个遗传位点之间的相互作用…
全基因組定序
全基因組定序（whole genome sequencing，WGS）或基因组测序（genome sequencing），是利用高通量测序技术，检测并获得细胞或组织中全部基因组（常为染色体中DNA）序列的方法，亦即將一個生物的基因組完整（或接近完整）定序的流程。全基因組定序用于研究未知基因组的序列、不同个体基因组的差异等。 自1990年代起，陸續有生物的基因組被完整定序，最早被定序完成的生物為流感嗜血桿菌（1995年），1996年首次有…
Z-DNA
Z-DNA又稱Z型DNA，是DNA雙螺旋結構的一種形式，具有左旋型態的雙股螺旋（與常見的B-DNA相反），並呈現鋸齒形狀。Z-DNA為三種具生物活性的DNA雙螺旋結構之一，另兩種為A-DNA與B-DNA。 歷史 Z-DNA為首先於1979年被解出晶體結構的DNA型態，研究者為麻省理工大學的Alexander Rich等人。B型及Z型相互結合時的結晶則解於2005年，使科學家了解Z-DNA在細胞中的潛在角色，當一段Z-DNA形成時，其兩端…
XDNA
xDNA是一种经过特殊修改后的DNA分子，一共有8种，原有的四种碱基，以及在原有的四种碱基上增加苯环，形成新的四种碱基：xA, xC, xG，和xT. A和xT配对，C和xG配对，G和xC配对，T和xA配对。通过这种方法，增加了DNA双链的间距，从而使DNA分子双链的氢键断裂温度提高。 研究xDNA是为了更好的了解自然DNA分子。而且，新DNA分子还自带荧光，这有助于研究DNA的突变以及其他一些生物系统。 参考来源
GC含量
.]] GC含量（GC-content，guanine-cytosine content）是分子生物学和遗传学的术语，指研究对象（例如放线菌）的全基因组（DNA 或 RNA 分子）或其片段中，含氮碱基鸟嘌呤（G）或胞嘧啶（C）任何一个所占的百分比。一种生物的基因組或特定DNA、RNA片段有特定的GC含量。 在DNA链中G和C是以三个氢键相连，而T和A则是两个氢键相连的。氢键的多少体现连接的能量，氢键多的不容易被打断。 在双链DNA中，腺…
D環
時的情形，模板鏈DNA和RNA結合。爲簡化圖形，DNA雙鏈結構在該圖中略去。]] D環（D-loop），或稱置換環（displacement loop）在分子生物學中是指一個雙鏈DNA的兩條單鏈互相分離，並被另外一條（第三條）核酸鏈隔開的結構。第三條核酸鏈與與之配對的核酸鏈具有互補的鹼基序列。D環區域形成了結構。正如插圖所示，因爲這種結構類似於大寫的「D」（被置換的那條DNA鏈像「）」而新形成的雙鏈像「|」）而得名「D環」。 在不少過程…
DNA運算
DNA计算（DNA computing，或譯DNA運算）是一个新出現的交叉學門領域，利用DNA、生物化学以及分子生物学原理，而非传统上以硅為基礎的电子计算技術。该领域涉及DNA计算的理论、实验和应用。虽然该领域最初始于 1994 年Len Adleman的计算应用演示，但现在已扩展到存储技术开发等其他几个方面、纳米级成像模式、合成控制器与反应网络、等。 历史 DNA运算最先由南加州大学的伦纳德·阿德曼在1994年实现。Adleman演示…
DNA结合位点
DNA结合位点（）是存在于DNA上的与其它分子相绑定的各类结合位点。 DNA结合位点与其它结合位点的区别在于： 它们是DNA序列（如一个基因组）中的一部分； 它们被DNA结合蛋白所绑定。 DNA结合位点常常与一类被称为转录因子的特殊蛋白相联系起来，并因此联系到转录调控。针对特定的一个转录因子的DNA结合位点总和常被命名为该转录因子的顺反组。DNA结合位点也包括了其它蛋白的靶点，如限制性核酸内切酶、位点特异性重组酶（见位点专一重组）及甲基…
Cre-Lox重组
Cre-Lox重组是一种用于在细胞DNA的特定位点上进行删除、插入、转座和倒位操作的位点特异性重组酶技术，其特点在于可以让DNA修改对指定的特定细胞群进行，或是使修改过程由特定的外部刺激所触发。此技术对真核和原核细胞都适用。特别地，对研究由各种复杂细胞和神经通路复合而形成认知行为的大脑的神经生物学家而言，这种技术已被证明是相当实用的。 这个重组体系由单个酶组成，即可以让一对被称为Lox序列的短目标序列进行重组的Cre重组酶，除此之外不需…
CccDNA
cccDNA即共价闭合环状DNA (covalently closed circular DNA)是一种有三级结构的双链环状DNA分子，最早是在噬菌体中发现的，而在自然界中被DNA病毒（如多瘤病毒科）感染的其它细胞中也有发现。 产生 cccDNA在一些病毒侵染宿主细胞核时产生并在随后永久的存在于核内，其前体是一种线型的双链DNA，通过DNA连接酶作用闭环而形成cccDNA。大部分情况下这些病毒的DNA只有在这样的状态下才能进行转录。cc…
DNA微陣列
DNA微陣列（DNA microarray）又稱DNA陣列或DNA芯片，比較常用的名字是基因芯片（gene chip）。是一塊帶有DNA微阵列（microarray）的特殊玻璃片或矽晶圓片，在數平方公分之面積上佈放數千或數萬個核酸探針；檢體中的DNA、cDNA、RNA等與探針結合後，藉由-{zh-cn:荧光;zh-tw:螢光}-或電流等方式偵測。經由一次測驗，即可提供大量基因序列相關資訊。它是基因组学和遗传学研究的工具。研究人員應用基因…
遗传标记
遗传标记（）是已知在染色体上位置的一种基因或DNA序列，可被用于鉴定生物个体或物种。其可被描述为可观测变异（可因位于基因组基因座中的突变或改变而产生）。遗传标记可能是一段短的DNA序列，例如单个碱基对改变的周围序列（单核苷酸多态性，SNP）或一段长序列，例如小卫星序列。 参考文献 引用 书籍 参见 * 分子标记
DNA超螺旋
DNA超螺旋（DNA supercoiling）是指DNA双螺旋链在某些情况下扭转时产生的更高级别的三维卷曲结构。当末端固定或呈环状的DNA双螺旋链发生扭转时，扭转应力无法通过旋转末端来释放，便会产生超螺旋现象。 DNA的超螺旋是一种普遍存在的现象，它存在于所有类型的细胞中，包括细菌（Prokaryotes）、古菌（Archaea）和真核生物（Eukaryotes）这三大生命域。此外，超螺旋结构也深刻影响着DNA的复制和转录等关键生物学…
DNA疫苗
DNA疫苗是一种将特定抗原编码之DNA序列转染到免疫物种细胞上的疫苗。 DNA疫苗的工作原理是注射含有编码所需免疫反应的抗原的DNA序列的基因工程质粒，因此细胞直接产生抗原，从而引起保护性免疫反应。 参见 运载体 基因治療 RNA疫苗 参考文献 延伸阅读 *
DNA旋转酶
DNA旋转酶(DNA Gyrase)，经常简称为旋转酶，是一种II类的拓扑异构酶（Type II Topoisomerase）（EC编号5.99.1.3），它的酶作用底物为ccc型环状DNA（Covalently Closed Circular DNA），作用是加入负超螺旋（Negative Supercoil）或松弛正超螺旋（Positive Supercoil）。旋转酶可以让DNA形成一个环状的结构（拓扑学上来说是一个正超螺旋的环环…
第51號照片
的固態晶體X光繞射圖片。]] 照片51（）是1952年由羅莎琳·富蘭克林所拍攝的一張脱氧核糖核酸（DNA）X光繞射圖片，是解出DNA結構的關鍵證據。 此照片拍攝於倫敦國王學院，當時富蘭克林為約翰·藍道爾團隊成員。她的同事莫里斯·威爾金斯將這張圖帶給詹姆斯·沃森觀看，沃森意識到此圖的關鍵性，進而推導出DNA的雙螺旋結構。1953年，一系列闡明DNA結構的文章發表於《自然》期刊。在此系列的文章中，照片51號首次公開於富蘭克林與雷蒙·葛斯林所…
非編碼DNA
非編碼DNA（non-coding DNA，ncDNA）谑称“垃圾DNA”，是指不包含製造蛋白質的指令，或是只能製造出無轉譯能力RNA的DNA序列。此類DNA在真核生物的基因組中佔有大多數。有很长的一段时间科学家认为非编码DNA没有作用，因此这些重复的DNA片段曾被冠以「垃圾DNA」的称号。随着时间的推移，科学家对垃圾DNA的认识逐渐深入，慢慢地发现很多垃圾DNA有其独特的作用，它们在基因剪切等方面起重要的作用。 近年的證據顯示，非編碼…