三磷酸尿苷
三磷酸尿苷（）是一種嘧啶核苷酸，由鹼基、尿嘧啶與核糖組成，另外還接有一個三磷酸於5'位置。UTP主要是作為RNA合成（轉錄）時的原料。 在代谢中的作用 UTP可用作能量來源，功能類似ATP，但較ATP少見。 在半乳糖的降解代谢中，UTP與葡萄糖-1-磷酸形成UDP-葡萄糖，進而使得半乳糖-1-磷酸轉變成為UDP-半乳糖，经过差向异构化又形成UDP-葡萄糖。 在乳糖的合成代谢中，半乳糖-1-磷酸可与UTP形成UDP-半乳糖，进而与葡萄糖连…
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RNA剪接
RNA剪接（，又稱拼接），是一种基因調控(gene regulation)，在分子生物學中，主要是指細胞核內基因資訊在轉錄過程中或是在轉錄過後的一种修飾，即將內含子移除及合併外顯子——內含子與外顯子的名稱是通用於編碼基因的DNA及其轉錄後的RNA——是真核生物的前mRNA變成mRNA的過程之一。剪接過程是剪接體內核糖核酸（RNA）核苷酸之間的一連串生化反應，並由剪接體內小核核糖蛋白（snRNP）中的snRNA負責催化並作用。此外，也有一…
SIN3B
成对两亲性螺旋蛋白SIN3B（）化学式为：C5908H9212O1772N1660S38，是一个由人类基因SIN3B编码的蛋白质。 互作 SIN3B与HDAC1、Zinc finger and BTB domain-containing protein 16、SUDS3以及IKZF1等蛋白有相互作用。 另见 Transcription coregulator 参考文献 延伸阅读 外部链接
转录组
转录组（transcriptome）又称转录物组，广义上，指在相同环境（或生理条件）下的一套基因组（一个细胞、一群细胞、组织或生物体中）所能转录出的所有RNA的总和，包括信使RNA（mRNA）、核糖体RNA（rRNA）、转运RNA（tRNA）及非编码RNA。 转录组，狭义上，则特指细胞所能转录出的所有信使RNA（mRNA）。 范围 這個術語可用於記錄總集在給定的有機體，或對特定子集的成績單呈現在特定的細胞類型。與基因組不同的是：不考虑突…
RNA測序
短读测序法，对双链cDNA进行测序。 In silico：最后，将这些序列与参考基因组序列进行比对，从而重建并确定哪些基因组区域发生了转录。此类数据可用于注释表达基因的位置、其相对表达水平以及各种可变剪接变体。]] RNA测序（RNA sequencing，RNA-seq）或核糖核酸测序，是指分析特定RNA片段的碱基序列，也就是腺嘌呤（A）、尿嘧啶（U）、胞嘧啶（C）、鸟嘌呤（G）的排列方式。 全转录物组测序（whole transcr…
基因表現
的表达，首先需要将遗传信息从DNA上转录至mRNA，然后再通过tRNA翻译成蛋白质]] 基因表現（）又称-{zh-hans:基因表现;zh-hant:基因表達}-，是用基因中的信息来合成基因产物的过程。产物通常是蛋白质，但对于非蛋白质编码基因，如tRNA和小核RNA（snRNA），产物则是RNA。所有已知生物都通过基因表达来生成生命所需的高分子物质。 1級到3級的變化]] 基因表現的过程可概分为：DNA转录、RNA剪接、RNA转译、蛋白…
基因轉應
基因轉應（Transvection）是兩同源染色體互相配對後，一個染色體上某基因的調控序列（如強化子）促進或抑制另一染色體上該基因表現的現象，最早於1950年代由美國遺傳學家愛德華·路易斯在黑腹果蝇基因组的基因發現，隨後果蠅的許多其他基因也被發現有此現象，且後續研究在老鼠、人類、植物、真菌、線蟲與昆蟲中均發現了基因轉應，顯示其可能為廣泛存在於真核生物的機制。基因轉應也能發生在非同源染色體之間，只要兩者具有一小段同源序列而能互相配對即可。…
基因表达调控
基因表达调控（，亦称基因调控）是细胞一系列可以增加或减少特定基因产物（蛋白质或RNA）生成的机制。基因表达的任何步骤都可以进行调节。细胞可以视情况通过基因调控表达蛋白质，从而增加生物体适应环境的能力。在多细胞生物中，基因调控驱动胚胎的细胞分化和形态发生，使同一基因组产生具有不同表达谱的细胞类型，这也是演化发育生物学的核心议题。 1951年，芭芭拉·麦克林托克在玉米种皮颜色形成中发现激活子（Ac）和解离子（Ds）两个遗传位点之间的相互作用…
同源框蛋白質NANOG
NANOG（讀法：nanOg）是一种对未分化的胚胎干细胞（ESC）自我更新至关重要的转录因子。人体的NANOG蛋白质由NANOG基因编码。 结构 人类NANOG蛋白质是一种长305氨基酸残基，化学式为：C1503H2303O485N415S21的蛋白质，拥有一个长约60氨基酸残基的DNA结合同源域（homeodomain, HD）以及一个无规则的N端。NANOG的同源结构域由三个α螺旋以及一些连结这些α螺旋的环结构组成。尽管Nanog蛋…
中心法則
分子生物學的中心法则（，又譯分子生物學的中心教条），首先由佛朗西斯·克里克於1958年提出，並於1970年在《自然》上的一篇文章中重申： 中心法则經常為人誤解，尤其與遺傳信息“由DNA到RNA到蛋白質”的標準流程相混淆。有些與標準流程不同的信息流被誤以為是中心法则的例外，其實朊毒体是中心法则現時已知的唯一例外。 遺傳信息的標準流程大致可以这样描述：「DNA製造RNA，RNA製造蛋白質，蛋白質反過來協助前兩項流程，並協助DNA自我複製」，…
中介體
中介體（Mediator）舊稱DRIP或TRAP，是真核生物細胞核中啟動基因轉錄所需的蛋白質複合體，於1990年由美國生物學家罗杰·科恩伯格發現。中介體可與RNA聚合酶Ⅱ的C端結構域和轉錄因子結合，結合在基因的強化子和啟動子之間，組成轉錄前起始複合體。RNA轉錄起始後中介體和轉錄因子不會馬上自啟動子脫離，而會維持在該處以繼續結合新的RNA聚合酶Ⅱ，開啟新一輪的轉錄，除組成的核心蛋白外，中介體還會與一些週期蛋白依賴性激酶（CDK）結合，形…
STAT6
信号转导及转录激活蛋白6（，STAT6），化学式为：C4202H6632O1235N1140S35，是一种由人类基因STAT6 编码的转录因子。 相互作用 STAT3能与下列蛋白質发生交互作用： EP300,CREB-binding protein,NFKB1,Nuclear receptor coactivator 1,IRF4和SND1。 另见 白细胞介素-4 参考文献 延伸阅读 外部链接
SIN3A
成对两亲性螺旋蛋白SIN3A（）化学式为：C6419H10097O1950N1817S39，是一个由人类基因SIN3A编码的蛋白质。 功能 SIN3A是一种转录调控蛋白，包含有成对两亲性螺旋结构域（paired amphipathic helix，PAH），对蛋白质互作非常重要。 互作 SIN3A与下列蛋白有相互作用： CABIN1 HBP1, Histone deacetylase 2, Host cell factor C1, IK…
SECIS元件
SECIS元件全稱為硒半胱氨酸插入序列（SElenoCysteine Insertion Sequence），是生物mRNA中一個長約60nt的RNA元件，次級結構為一莖環 ，此元件會使核糖體轉譯時不將UGA當作終止密碼子，而將其作為編碼特殊胺基酸硒半胱氨酸的密碼子，因此為編碼硒蛋白的mRNA所需。三域生物皆有SECIS元件，雖皆為莖環結構，但彼此序列差異很大（不過的SECIS元件序列和真核生物的較為接近），細菌的SECIS元件通常緊跟…
RNA聚合酶Ⅱ
RNA聚合酶Ⅱ（，亦被称为RNAPⅡ或PolⅡ）是一个多种蛋白质复合体。它是在真核生物细胞核中发现的三种RNAP酶之一。 RNA聚合酶Ⅱ是一个550 kDa的12个亚基复合物，是研究最多的RNA聚合酶类型。 它需要多种转录因子才能与上游基因启动子结合并开始转录。 发现 的RNA聚合酶Ⅱ包含有12个亚基。]] 早期的研究表明至少有两种RNAP：一种在核仁中合成rRNA，另一种在核质中合成其他RNA，核一部分但在核仁外。 被纯化的酶通常有1…
RNA聚合酶
RNA聚合酶（RNA polymerase，RNAP，RNApol）又称RNA多聚酶、核糖核酸聚合酶，是以一条DNA链或RNA链为模板，三磷酸核糖核苷为底物，催化合成RNA的酶。 RNA聚合酶分为：DNA指导的／依赖性RNA聚合酶（DNA-directed/dependent RNA polymerase，DdRp）、RNA指导的／依赖性RNA聚合酶（RNA-directed/dependent RNA polymerase，RdRp）…
RNA干扰
递送设计的shRNA和在哺乳动物细胞中的RNA干扰的机制。]] RNA干擾（RNA interference，缩写为RNAi）是指一种分子生物学上由双链RNA诱发的基因沉默现象，其机制是通过阻碍特定基因的转录或翻译来抑制基因表达。当细胞中导入与内源性mRNA编码区同源的双链RNA时，该mRNA发生降解而导致基因表达沉默。与其它基因沉默现象不同的是，在植物和線蟲中，RNAi具有传递性，可在细胞之间传播，此現象被稱作全身性RNA干擾（sys…
DNA结合位点
DNA结合位点（）是存在于DNA上的与其它分子相绑定的各类结合位点。 DNA结合位点与其它结合位点的区别在于： 它们是DNA序列（如一个基因组）中的一部分； 它们被DNA结合蛋白所绑定。 DNA结合位点常常与一类被称为转录因子的特殊蛋白相联系起来，并因此联系到转录调控。针对特定的一个转录因子的DNA结合位点总和常被命名为该转录因子的顺反组。DNA结合位点也包括了其它蛋白的靶点，如限制性核酸内切酶、位点特异性重组酶（见位点专一重组）及甲基…
CTCF
转录阻抑物CTCF，也被称为11锌指蛋白或CCCTC结合因子，是由人类CTCF基因编码的转录因子。CTCF参与多个细胞进程，包括转录调控、绝缘子活性调控、V(D)J重组、染色质结构调控等。 发现 CTCF最早被认为在鸡体内抑制c-myc基因表达。CTCF蛋白和以CCCTC为核心序列的三个规则间隔重复蛋白相结合，故得名CCCTC结合因子。 功能 CTCF的主要功能是调控染色质的3D结构。此外，CTCF还能充当常染色质和异染色质的边界。 D…
CCAAT增强子结合蛋白
与DNA结合。PDB条目]] CCAAT增强子结合蛋白，简称C/EBP，是一个由六个成员组成的转录因子家族，从C/EBPα到C/EBPζ命名。它们通过与其启动子的相互作用促进某些基因的表达。一旦与DNA结合，C/EBP就可以招募所谓的共激活因子（例如CBP），进而可以打开染色质结构或招募基础转录因子。 功能 C/EBP蛋白与CCAAT（胞嘧啶-胞嘧啶-腺苷-腺苷-胸苷）盒基序相互作用，该基序存在于几个基因启动子中。它们的特点是在C端具有…