水稻基因組
水稻基因組（英語：Rice genome）是水稻（Oryza sativa）的基因組。共組成12個染色體。大約含有4億3千萬個DNA鹼基對（以氫鍵相結合的兩個含氮鹼基），其中的一些鹼基對，組成了約38000個基因，這個數字約是人類基因-{}-數目的1.7倍。 來自11個國家的團隊，在國際水稻基因組定序計劃中調查水稻與一些栽培亞種的基因組DNA序列，在2005年8月發表了初步的結果。 參見 稻 國際水稻基因組定序計劃
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共 22 篇文章
药物基因组学
药物基因组学（），又称基因组药物学或基因组药理学，是研究基因组在药物反应中的作用。药物基因组学分析个体的遗传构成如何影响他/她对药物的反应。通过将基因表达或单核苷酸多态性与药代动力学（药物的，分布，代谢，和）和药物效应动力学以及药物受体靶效应相关联，处理后天获得性的与先天性的遗传变异对药物反应的影响。 药物基因组学根据患者的基因型来保证最大疗效的同时将不良反应降到最低，用于探索合理的方法来优化药物治疗方案。这样的方法许诺“精密医学”（p…
基因组进化
基因组进化 是 基因组 的结构（序列）或大小随时间变化过程。 基因组进化的研究涉及多个领域，如基因组的结构分析，基因组寄生虫的研究，基因和古代基因组重复，多倍体和比较基因组学。由于原核生物和真核生物的基因序列是稳定增加的，故基因组进化是一个不断变化和发展的领域，况且这些基因序列可以从科学界和广大公众中获取。 历史 自从20世纪70年代末人类第一次获得基因组序列以来， 科学家就一直在使用比较基因组学来研究各种基因组之间的差异和相似性。基因…
基因組
不显示。）]] 基因组（genome）又称基因体，在生物学中，是指某一特定细胞内或病毒粒内的一套完整单体具有的遗传信息的总和（全部DNA分子或RNA分子）。基因组包括基因（编码区）和非編碼区（ncDNA 或 ncRNA），以及粒線體DNA、葉綠體DNA。非病毒通常以全长DNA的碱基对数目表示其大小。 1920年，德国汉堡大学植物学教授汉斯·温克勒（Hans Winkler）首次使用基因组这一名词。 更详细地说，一个生物体（非病毒）的基因…
全基因組定序
全基因組定序（whole genome sequencing，WGS）或基因组测序（genome sequencing），是利用高通量测序技术，检测并获得细胞或组织中全部基因组（常为染色体中DNA）序列的方法，亦即將一個生物的基因組完整（或接近完整）定序的流程。全基因組定序用于研究未知基因组的序列、不同个体基因组的差异等。 自1990年代起，陸續有生物的基因組被完整定序，最早被定序完成的生物為流感嗜血桿菌（1995年），1996年首次有…
BED (文件格式)
BED（，字面意思是“（基因组）浏览器可延展数据”）是一种基因组学中用于表示、标记基因组区域位置信息中的文件格式，于人类基因组计划中首次出现。BED文件是目前基因组学事实上的标准格式之一。 格式 引入BED格式的人类基因组计划并未详细规范BED文件格式，因此一般较通用中的描述文件。2021年，（GA4GH）发布了首份BED文件格式的规范文件。 BED文件最少需要有3个分别表示区域染色体序号、起始位置，以及终止位置的列，根据不同需求可增加…
表观基因组学
表观基因组学（）是對細胞遺傳物質（稱為表觀基因組）上所有表观遗传修飾的研究。這個領域類似於基因組學和蛋白质组学，即研究細胞的基因组和蛋白质组的學科。 表觀遺傳修飾是細胞DNA或組蛋白的可逆修飾，它會影響基因表達，而不會改變DNA序列。表觀基因組的維持是一個持續的過程，它透過參與DNA修復等關鍵生物學機制，在真核生物基因組的穩定性中發揮重要作用。 植物性黃酮類化合物被認為能夠抑制導致癌症的表觀基因組標記。DNA甲基化和組蛋白修飾是兩種最具…
系统基因组学
系统基因组学（）泛指在系统发生学分析中运用基因组尺度的序列分析数据的研究方法。随着2010年代下半高通量测序平台的飞速发展以及简化测序策略的开发，在较短时间内获得成百上千的基因座数据已经成许多生物研究领域的常规，而相应的系统发生分析工具的开发使研究者可以比对不同个体的整个或部分基因组，无需拘囿于单个或少数基因，从而更为准确客观地推断不同分类元或群落层级的生物演化历史。 参考资料
基因组编辑
基因组编辑（）又称基因组工程、基因编辑，是基因工程的一种，指在活体基因组中进行DNA插入、删除、修改或替换的一项技术。基因组编辑与早期的不同处是在：后者在宿主的基因组中进行随机插入基因物质，而前者则是在特定位置插入基因片段。透過可編程核酸酶進行基因操作所涉及的基本機制，是由限制酶內切核酸酶（FokI 和 Cas）識別目標基因組位點並結合效應DNA結合域（DBD）、目標DNA中的双股DNA断裂（DSB），並透過同源定向重組（HDR）或非同…
亞硫酸鹽定序
亚硫酸盐定序（英语：bisulfite sequencing）是一种利用亚硫酸盐处理，测定DNA甲基化情形的方法。DNA甲基化是最早被发现的表观遗传标记，也是被研究最为深入的表观遗传改变。原理在于亚硫酸盐可使DNA上的胞嘧啶（C）转变为尿嘧啶（U），同时已受甲基化的5-甲基胞嘧啶則不受影响。如此一來，就可以使实验者得知DNA序列上甲基化的情形(Figure 2)。 对动物而言，DNA甲基化主要是指对CpG位点中胞嘧啶的五号碳上增加一个甲…
结构基因组学 (基因组)
结构基因组学（）是基因组学的一个分支。其研究范围包括基因组作图与基因组测序。 著名工程如人类基因组计划等。 基因组作图 基因组作图（），也称染色体作图。是将染色体中基因的位置线性系统地排列出来。根据技术不同，分为遗传连锁图谱与物理图谱。 遗传连锁图谱 遗传连锁图谱（）使用遗传多态性标记为位点，用遗传学距离为图距作图。 遗传多态性标记指重复序列；遗传学距离指两个位点之间在减数分裂中进行交换或重组的百分率（1%被称作1cM）。 物理图谱 物…
多重退火循环扩增法
多重退火循环扩增法 (，缩写MALBAC) 是一种准线性的全基因组扩增方法。与非线性或指数的传统DNA扩增方法不同（在每个循环中，复制的DNA可以作为后续循环的模板），MALBAC利用特殊引物使扩增子具有互补末端以形成环状，防止DNA被指数复制。这导致仅扩增原始基因组DNA，因此减少了扩增偏差。 MALBAC“用于鸟枪法生成有重疊、涵盖大部分基因组的扩增子”。为了进行下一代测序，MALBAC完成后再进行常规PCR进一步扩增。 技术平台 …
个人基因组学
个人基因组学()或消费者基因学()是基因组学的一个分支，涉及个人基因组的测序、分析和解读。基因分型阶段采用不同的技术，包括单核苷酸多态性（SNP）分析芯片（通常占基因组的 0.02%）或部分或全基因組定序。一旦知道基因型，就可以将个体的变异与已发表的文献进行比较，以确定性状表达的可能性、祖先推断和疾病风险。 自动化高通量测序仪提高了测序速度，降低了测序成本，使得自2015年以来，以不到$1000美元的价格向消费者提供包括解读在内的全基因…
日本DNA数据库
日本DNA数据库（、，缩写：DDBJ）是日本国立遗传学研究所（静冈县三岛市）建造的DNA核酸序列的序列数据库。它也是（INSDC）的成员。 它每天与欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）的欧洲分子生物学实验室，和美国国家生物技术信息中心（NCBI）的GenBank交换数据。因此，这三大国际数据库在任何给定时间包含相同的数据。 DDBJ于1986年在国立遗传学研究所开始了数据库的运作，并且仍然是亚洲唯一的核苷酸序列数据库。尽管DDBJ主要…
拷贝数变异
造成了拷贝数变异。染色体上现在有该DNA片段的两个拷贝，而不是一个。]] 拷贝数变异（英语：Copy number variation, CNV）是一种基因组现象，指基因组中的某些片段发生重复，且这些重复片段的拷贝数量在不同个体之间存在差异。拷贝数变异是一种结构变异，具体而言，它是一种影响相当数量碱基对的重复或缺失事件.。 人类整个基因组中约有三分之二可能由重复序列构成，而其中约有4.8%至9.5%的基因组区域可归类为拷贝数变异。在哺乳…
N50、L50和相关统计学
在计算生物学中，N50和L50是Contigs(重叠群)或脚手架长度的统计值。N50的计算方式类似于平均值或中位数，但是对长Contigs的权重更大。这种方法广泛运用于序列组装中，特别是在参考组装草稿内的Contigs长度中。这种度量常被用来描述基因组装配(有时还有其他装配)的“完整性”。但它的本质是告诉你一些关于Contigs长度分布的信息。 定义 N50 N50根据连续性定义装配质量。按照序列长度的顺序排列你的集合中的所有Conti…
甲基化DNA免疫沉淀
甲基化DNA免疫沉淀（，简称为MeDIP或mDIP）在分子生物学中是一种大规模（全染色体或全基因组）纯化技术，被用于富集甲基化的DNA序列。该技术包括了通过抗5-甲基胞嘧啶（5mC）的抗体分离出甲基化的DNA片段。该技术由迈克尔·韦伯及其同事所阐述并为切实可行的甲基组水平鉴定工作铺平了道路，这是因为经纯化的甲基化DNA片段可输入到各种高通量DNA检测方法之中，这些方法包括高分辨率DNA微阵列（MeDIP-芯片）或下一代测序（MeDIP-…
泛基因组
. Genomes obtained from Tettelin et al. (2005).Each circle corresponds to one genome and each radius represent a gene family. At the bottom and at right are localized the core genome families. Some families in the core h…
GTF文件
GTF（，字面意思是基因转移格式）是一种基因组学中用于标记基因在基因组中位置并同时提供一些基本注释信息的文件。GTF文件可与第二版本完全互相兼容。Ensembl、，以及等项目都提供常见模式生物基因组的GTF注释文件。 参见 人类基因组计划 BED_(文件格式) 参考资料
结构基因组学
中的一个蛋白质结构的例子。]] 結構基因組學是一門用结构生物学方法研究整个生物体、整个细胞或整个基因组中所有的蛋白質和相关蛋白質复合物的三维結構的学科。主要利用實驗方式（X射線晶體学、核磁共振波谱法和电子显微学）来测定蛋白质结构，同时结合同源建模（homology modelling）这一計算方式来推测蛋白质结构。和傳統結構生物學不同的是，利用結構基因組學所測定的蛋白質結構通常是功能未知的蛋白質。這令科學家創立了結構生物信息學，利用三維…