长链非编码RNA数据库
长链非编码RNA数据库，又称长链间隔区非编码RNA數據庫、lncRNA數據庫，是收集了非编码RNA及其相关表达模式的数据库。长链非编码RNA是当前生物学和医学研究的前沿领域和热点。 例子 参考资料
标签：#生物信息學
共 52 篇文章
SAM格式
{{Infobox file format | name = SAM file format | icon = | iconcaption = | icon_size = | screenshot = | screenshot_size = | caption = |_noextcode = | extension = |_nomimecode = | mime = | type_code = | uniform_type = | co…
接触序
蛋白质的接触序(contact order,CO)是蛋白质天然状态三级结构中氨基酸间接触位置的量度。它计算方法为折叠蛋白质中形成天然接触的残基之间的平均序列距离除以蛋白质的总长度。较高的接触序表示较长的折叠时间, 并且低接触阶数已被建议作为潜在下坡折叠或在没有自由能垒的情况下发生的蛋白质折叠的预测指标。CO模型的提出表明蛋白质的折叠速率主要由它的天然态结构 (native state) 所决定。一般来说, α螺旋蛋白要比β蛋白折叠得快，…
序列比對
序列比對指將兩個或多個序列排列在一起，標明其相似之處。序列中可以插入間隔（通常用短橫線“-”表示）。對應的相同或相似的符號（在核酸中是A, T(或U), C, G，在蛋白質中是氨基酸殘基的單字母表示）排列在同一列上。 tcctctgcctctgccatcat---caaccccaaagt |||| ||| ||||| ||||| |||||||||||| tcctgtgcatctgcaatcatgggcaaccccaaagt 这一方法常…
贝叶斯法
貝葉氏譜系分析（Bayesian inference of phylogeny）是根據已知的先驗機率推導後驗機率的似然函數，進而去預測最可能的系譜樹。隨著電腦計算速度的演進以及马尔科夫-蒙特卡洛法的演進，貝葉氏譜系分析越來越受重視和應用。贝叶斯推断時常應用於分子系統發生學以及系統分類學。 分析軟體列表 下表列出最常用的系譜分析軟體，有些不只使用貝葉氏譜系分析。 應用 貝葉氏譜系分析在分子系統發生學上具有相當廣泛的應用，包含： （mole…
Ensembl
{{infobox biodatabase |title = The Ensembl genome database project. |logo = |description = Ensembl |scope = |organism = |center = |laboratory = |author = |pmid = Hubbard, et al. (2002)。在存在10年之后，Ensembl的目标仍然是为遗传学家，分子生物学家和…
FASTA格式
在生物信息学中，FASTA格式是一种用于记录核酸序列或肽序列的文本格式，其中的核酸或氨基酸均以单个字母编码呈现。该格式同时还允许在序列之前定义名称和编写注释。这一格式最初由软件包定义，但现今已是生物信息学领域的一项标准。 FASTA简明的格式降低了序列操纵和分析的难度，令序列可被文本处理工具和诸如Python、Ruby和Perl等脚本语言处理。 格式 FASTA格式中的一条完整序列，包含开头的单行描述行和多行序列数据。描述行行首前置半角…
共有序列
在分子生物学和生物信息学中，共有序列是最常见的核酸或者氨基酸残基的计算规则，序列比对中的每个序列中存在，代表多个相关序列被比较，计算相似的。当考虑序列依赖酶，例如RNA聚合酶时，这些訊息十分重要。 参考文献
開放閱讀框
以紫色突出显示，而终止密码子以红色突出显示。]] 開放閱讀框（英語：Open reading frame；縮寫：ORF；其他譯名：開放閱讀框架、開放讀架等）是指在給定的閱讀框架中，不包含终止密碼子的一串序列。這段序列是生物個體的基因組中，可能作為蛋白質編碼序列的部分。基因中的ORF包含並位於開始編碼與終止編碼之間。由於一段DNA或RNA序列有多種不同讀取方式，因此可能同時存在許多不同的開放閱讀框架。有一些電腦程式可分析出最有可能编码蛋白…
计算生物学
计算生物学（）是生物学的一个分支。根据美国国家卫生研究所（NIH）的定义，它是指开发和应用数据分析及理论的方法、数学建模和计算机仿真技术，用于生物学、行为学和社会群体系统的研究的一门学科。该领域被广泛定义，包括计算机科学，应用数学，动画，统计学，生物化学，化学，生物物理学，分子生物学，遗传学，基因组学，生态学，进化，解剖学，神经科学和科学可视化的基础。 计算生物学与不同，生物计算是计算机科学和计算机工程的子领域，使用生物工程和生物学建造…
CASP
蛋白质结构预测技术的关键测试（Critical Assessment of protein Structure Prediction，CASP）是自1994年以来每两年进行一次的全球范围内的蛋白质结构预测竞赛，目的是更好预测和破解蛋白质三维结构。CASP为參賽者提供了一个测试其研發的蛋白质结构预测方法的机会。 参考文献 外部链接 [http://predictioncenter.org/casproll/index.cgi CASP R…
Entrez
Entrez全局查詢跨數據庫搜索系統是一個引擎。它能讓使用者能一次搜尋NCBI網站上的許多不同的健康科學數據庫。該數據庫能快速搜尋蛋白質的一級結構、高級結構，以及相關的參考資料。Entrez系統同時還提供基因的序列信息以及染色體定位。另外，可以從Entrez系統上獲取一些教材。其名稱「Entrez」（源自法語，意思爲「進來吧！」）旨在表現該數據庫歡迎公眾搜尋NLM（國家醫學圖書館）的內容的熱情。 數據庫 Entrez會在下列數據庫中進行…