SAM格式

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• 鲍勃·汉德萨克
• 亚历克·韦索克
• 蒂姆·芬内尔
• 阮珏
• 尼尔斯·霍默
• 加博尔·马思

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• 千人基因组计划。SAM这一名称是参与这一项目的犹他大学教授加博尔·马思决定的。他在现在的SAM格式开发出来以前就开发出了一种同名的结构文件，不过当时他开发的SAM格式更接近于BLAST算法的输出结果。现在SAM格式已成为学界与工业界都广泛接受的生物信息学格式之一，经过数次修正之后，目前的SAM格式甚至也可以储存没有比对到基因组上的序列信息。SAM格式不仅可以储存中的短长度序列的比对信息，也可以储存长至128MB的长序列的比对信息。

SAM格式压缩后以二进制格式表示产生的文件称为BAM格式（）。

格式
SAM格式由头部（header）和比对（alignment section）两部分组成，可以使用软件进行分析和编辑。如果存在头部部分，它必须位于比对部分之前。头部部分以'@'符号开头，以区别于比对部分。比对部分有11个必需字段以及可变数量的可选字段。

参见
*FASTQ格式
*BED格式

参考资料