貝葉氏譜系分析（Bayesian inference of phylogeny）是根據已知的先驗機率推導後驗機率的似然函數，進而去預測最可能的系譜樹。隨著電腦計算速度的演進以及马尔科夫-蒙特卡洛法的演進，貝葉氏譜系分析越來越受重視和應用。贝叶斯推断時常應用於分子系統發生學以及系統分類學。
分析軟體列表
下表列出最常用的系譜分析軟體，有些不只使用貝葉氏譜系分析。
應用
貝葉氏譜系分析在分子系統發生學上具有相當廣泛的應用，包含：
（molecular clock analysis）得出的系譜樹。圓餅圖表示的是利用貝葉氏二元MCMC分析（BBM）所推斷的祖源。]]
- 系統發生學預測
- 預測及評估未明祖源
*祖徵演化
- 祖源地域推論
- 分子測年分析
- 物種多樣化和滅絕的動力學模型
- 傳染病擴散模型
參考文獻
外部連結
- [http://mrbayes.sourceforge.net/ MrBayes official website]
- [http://beast.bio.ed.ac.uk/ BEAST official website]
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