序列組裝
序列組裝（）是生物資訊學中的一種分析方法。此方法通過序列比對和序列合併等演算，將短片段的DNA建構成為較長的連續序列。此技術的創立，是因為被測序的核酸分子通常長度都遠大於目前存在的DNA測序技術。而此分析能試圖從有限長度的DNA測序結果，重建出原本被測序分子的樣貌。 序列組裝最常被使用在高通量測序資料的分析上（例如基因組霰彈槍定序，或者RNA轉錄體測序）。這一類的測序技術會產生大量的測序片段（read，複數reads），而這些片段的長度…
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霰彈槍定序法
霰彈槍定序法（Shotgun sequencing，又称鸟枪法）是一种广泛使用的为长DNA测序的方法，比傳統的定序法快速，但精確度較差。曾經使用於塞雷拉基因組（Celera Genomics）公司所主持的人類基因組計畫。 霰彈槍測序法的思想是將基因組打斷為數百萬個DNA片段，然後用一定的演算法將片斷的序列信息重新整合在一起，從而得到整個基因組序列。為了提高這一方法的效率，1980年代，測序和片斷信息整合達到了自動化。這一方法雖然已被用於…
生物統計學
生物統計學（，有时也称生物计量學）是统计学的原理和方法在生物学研究中的应用，是一门应用数学，最常见的是应用于医学。 目的 在生物学、医学、农学等的研究中，合理地进行调查或实验设计，科学地整理、分析收集得来的资料，是生物统计的根本任务。 方法 生物统计从下面这些领域获得定量方法： 统计学 运筹学 经济学 更一般的还有 数学 生物统计通过研究样本来了解总体，用样本的统计量来估计总体的参数。 应用 生物统计被应用到下面这些领域的研究问题中： …
合成生物学
合成生物學（）是將生物科學應用到日常生活中的一種嶄新方式。英國倫敦的皇家科學院（Royal Society）認為：合成生物學結合了其他領域的知識與工具，涉及的領域包括系統生物學、基因工程、機械工程、機電工程、資訊理論、物理學、納米技術及電腦模擬等等。 目前，合成生物學已在多個行業落實應用，例如農業、能源、製造業及醫學等等。 历史 合成生物學家試圖創造出一種以脱氧核醣核酸編寫的語言。為了達此目的，需要設計脱氧核醣核酸片段，而這些脱氧核醣核…
代谢物组学
，显示从DNA到表現型的信息流。 与每个阶段相关的是相应的系统生物学工具，从基因组学到代谢物组学。]] 代谢物组学（）是涉及代谢产物、小分子底物、中间体和细胞代谢产物的化学过程的科学研究。具体而言，代谢物组学是“对特定的细胞过程遗留下的特殊化学指纹的系统研究”，即对其它们的小分子代谢产物的整体研究。代谢物组(Metabolome)定义为在一个生物细胞，组织，器官或生物体中所有的代谢产物的集合，它们是细胞过程的最终产物。因此，当信使RNA…
随机上下文无关文法
随機上下文无关文法（）即在上下文无关文法中，为每一个产生式规则赋予一个概率，标示应用一个产生式规则的可能性。 参见 上下文有关文法 形式文法 * 分析表达式文法
生物识别技术
生物識別技術（，也稱生物測定學），是指用數理統計方法對生物進行分析，現在多指對生物體（一般特指人）本身的生物特徵來區分生物體個體的计算机科学。 研究領域主要包括声纹、臉、指紋、掌紋、虹膜、视网膜、体型、個人習慣（例如签名、敲擊键盘的力度和頻率、）等，相應的識別技術就有、臉部辨識、指纹识别、掌纹识别、虹膜檢測、、体形识别、、。 该技术已被广泛用于保安、支付等。 特點 生物特徵通常須具備以下的幾種特徵： 唯一性：獨一無二的特徵。 普遍性：大…
熱圖
生成的熱圖呈現出基因表現]] 热图（）在二维空间中以颜色的形式显示一个现象的绝对量，是一种数据可视化技术。颜色的变化可能是通过色调或明度，给读者提供明显的视觉提示，说明现象是如何在空间上聚集或变化的。热图有两种完全不同的类别：聚集热图和空间热图。在聚集热图中，幅度被排列成一个固定单元格大小的矩阵，其行和列是离散的现象和类别，行和列的排序是有意的，而且有些随意，目的是暗示聚集或描绘出通过统计分析发现的聚集。单元格的大小是任意的，但足够大，…
测序
序列。]] 测序（）又称-{zh-cn:定序;zh-tw:測序;}-，是对多聚体中单体排列顺序进行测定的技术，亦即测出目标分子一级结构的序列。例如：测定DNA、RNA、多肽、多糖链基本组成单位残基（核苷酸、氨基酸、单糖）的排列顺序。 测序意味着确定无分支的生物聚合物的一级结构（有时被误称为一级序列）。测序结果是一个符号化的线性描述，简明地总结了被测序的分子的大部分原子级结构的序列。 常见的测序有： DNA测序 RNA测序 桑格测序 蛋白…
代谢物组
、转录组、蛋白质组、和代谢物组（脂质组、糖组）之间关系的一般模式。]] 代谢物组（）是指在一个生物样品中发现的完整的一套小分子化学物质。所述生物样品可以是一个细胞，一个细胞器，一个器官，一个组织，一个组织提取物，一个生物流体或整个生物体。在给定的代谢物组发现的小分子的化学物质可能既包括内源性代谢物，它们是由生物体天然产生的（如氨基酸，有机酸，核酸，脂肪酸，胺，糖，维生素，辅因子，颜料，抗生素等），又包括外源化学物质（如药物，环境污染物，…
微RNA与微RNA靶数据库
小分子核糖核酸（microRNA，miRNA，微RNA）是一类由内源基因编码的长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA 分子,它们在动植物中参与转录后基因表达调控.。microRNA (微RNA)参与各种各样的生物学过程，包括凋亡、增殖、分化和细胞周期。此外，microRNA(微RNA)还与肿瘤和其他疾病的发生和发展相关。这里收集了目前比较流行的microRNA（微RNA）基因及其靶基因数据库，以便大家使用和查询. microRNA靶基因…
N50、L50和相关统计学
在计算生物学中，N50和L50是Contigs(重叠群)或脚手架长度的统计值。N50的计算方式类似于平均值或中位数，但是对长Contigs的权重更大。这种方法广泛运用于序列组装中，特别是在参考组装草稿内的Contigs长度中。这种度量常被用来描述基因组装配(有时还有其他装配)的“完整性”。但它的本质是告诉你一些关于Contigs长度分布的信息。 定义 N50 N50根据连续性定义装配质量。按照序列长度的顺序排列你的集合中的所有Conti…
Nexus
Nexus文件是一种生物信息学中常用的文件格式。很多软件使用或者识别这种格式，例如PAUP和MacClade。 语法 注解：使用“[]”。位于“[”和“]”之间的文字将被软件忽略，作为注解用。 文件采用“块”的方式来组织信息。每一个块的语法结构为： BEGIN 块的名称； END; 基本块结构 DATA 例如： begin data; dimensions ntax=5 nchar=600; format interleave data…
异源生物学
异源生物学（；簡稱XB）是合成生物学的一个分支，是合成和生物操纵生物学器件和系统的研究。异源生物学源于Xenos（希腊语）这个名词，意思是“陌生人，客人”。因而XB描述的是一种科学对其不熟悉或尚未熟悉、在自然界中也不存在的生物学形式。在实践中，它描述了新型的生命系统和生物化学，不同于经典的DNA-RNA‐20个氨基酸体系（见分子生物学中的经典中心法则）。例如， XB探索的不是DNA或RNA，而是作为信息载体，定名为异源核酸（XNA）的核…
蛋白質交互作用
抑制劑（馬蹄形）與核糖核酸酶蛋白的交互作用。其彼此間的連結經軟體著色。|250px]] 蛋白質交互作用（，縮寫：PPIs）是指兩種或以上的蛋白質結合的過程，通常旨在執行其生化功能。在細胞中，大量蛋白質元件組成分子機器，透過蛋白質交互作用執行細胞內多數重要的分子過程，如DNA複製。 蛋白質交互作用在絕大多數生化功能中扮演極重要的角色。例如，信號分子經由蛋白質交互作用，將細胞外部的信號傳入內部。這個過程稱為訊息傳遞，是許多生化功能的基礎，也…
FCS (文件格式)
.fcs文件格式全称为，是流式細胞術的通用文件檔案格式，由国际流式细胞学会（International Society for Advancement of Cytometry，ISAC）开发和维护，1984年公布第一版，2020年更新到3.2版。 参考文献 外部链接
BioJava
BioJava是在Java平台下的一个开源工程项目，它主要被用以处理生物学数据。它包括序列处理，文件解析，CORBA协同性，DAS，ACeDB的访问，动态程序，和一些简单的统计程序。 BioJava库在日常的生物信息学的自动化处理中很有用处，比如基于matures库，可以开发出用于免费或商务的软件包。 参见 [http://www.open-bio.org/ 开源生物信息学基金会]（Open Bioinformatics Foundat…
蛋白质测序
蛋白质测序是指通过实验方法对蛋白质的氨基酸序列以及其高级结构进行测定。虽然根据中心法则蛋白质的序列可以通过核酸序列进行推定，但对蛋白质进行测序可以对转录后修饰（PTM）进行更好的追踪。一般来说，如果是对较常见物种的蛋白质进行测序，只要确定出蛋白质的部分序列，就能通过与蛋白质序列数据库进行比对，就能倒推出相关序列来自哪一种蛋白。 最早的蛋白测序法是由弗雷德里克·桑格（Frederic Sanger）发明的。他于1953年对牛胰岛素进行了测…
PDB (文件格式)
PDB文件格式（PDB为蛋白质数据库英语名称“Protein Data Bank”缩写），顾名思义是一种由蛋白质数据库最先采纳，用于储存蛋白质三维结构的文件格式。这种文件格式详细记录了 蛋白质中每个原子的坐标信息、蛋白质二级结构信息，以及原子之间的相互作用等信息，同时附有简要的蛋白质的名称与生物学性质信息。 历史 1976年，研究人员认为应该有一种人类可直接阅读的保存蛋白数据文件，将这种文件上传到数据库中将会有利于研究人员相互交流不同蛋…
Geneious
Geneious 是一個跨平台的商業生物信息學軟件。 主要特點 Geneious結合了所有主要的生物信息學分析工具。 Geneious提供一個免費的學術使用的基本版本，一個提供更多功能的付費商業增強版本。 序列比對和序列觀看 Motif搜索和開放讀碼框（ORF） 進化樹建設UPGMA，NJ bootstrapping和consensus trees Contig assembly和色譜編輯 限制性內切酶分析 PCR引物設計 蛋白質結構的…