Pfam

蛋白质家族数据库(,为Protein family〔蛋白质家族〕的混成词),是一個蛋白質家族資料庫。此資料庫會利用隱馬爾可夫模型進行多重序列比對以及加上蛋白腳註。目前Pfam資料庫內容透過IntroPro網站提供。
特色
Pfam 中所登錄的每一個蛋白質家族可以:

  • 查詢多重序列比對
  • 查看蛋白質主要結構
  • 檢視物種演化樹
  • 連結其他資料庫
  • 查看已知的蛋白質結構

Pfam內的蛋白質家族描述由維基百科使用者管理。

Pfam的最新版本為「Pfam 38.1」(2026年5月,共計27,481個家族)。

參見
*TrEMBL Database performing an automated protein sequence annotation

  • Integration of protein domain and protein family databases

*[http://dunbrack2.fccc.edu/protcid/pdbfam PDBfam] — thorough assignment of Pfam domains to sequences in the Protein Data Bank (PDB)

參考文獻
外部連結
*[https://web.archive.org/web/20140420020108/http://pfam.sanger.ac.uk/ Pfam] -英國Sanger Institute的蛋白質家族資料庫
*[https://pfam.janelia.org/ Pfam] -美國珍利亞農場研究園區的蛋白質家族資料庫
*[http://pfam.sbc.su.se/ Pfam] -瑞典的蛋白質家族資料庫
*[https://web.archive.org/web/20110107193546/http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/iPfam/ iPfam] - Interactions of Pfam domains in PDB
*[http://dunbrack2.fccc.edu/protcid/pdbfam/ PDBfam] - Assignments of Pfam domains to sequences in the PDB at USA

评论 (0)

  • 还没有评论,来抢沙发吧。