T-Coffee (中文直翻:茶與咖啡) (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) (以樹形基礎的一致性做多重序列比對) 是利用漸進似演算法來作多重序列比對的軟體 。 它利用兩兩序列比對所產生的資訊來進行多重序列比對。 在最新的版本 (3D-Coffee) 中，亦可結合結構的資訊來作多重序列比對。 此外，該軟體可以評估比對結果的品質及找出在比對中所出現特殊的模板 (Mocca)。 預設比對結果輸出的格式為 aln (Clustal), 但也可產生其他 PIR, MSF, FASTA ... 等格式。 常用的輸入格式多有支援 (FASTA, PIR)。
與其它方法的比較
T-Coffee 的一個特點是可以結合其他方法或是不同的資訊。 在最新的版本中，T-Coffee 在進行多重序列比對，可以加入結構資訊, RNA 結構資訊。 甚至，可以輸入其他序列比對方法或是結構比對方法的結果。 更詳細的資訊參見: [http://www.tcoffee.org/Resources/tclinkdb.txt tclinkdb.txt]
在 T-Coffee 中，還有一個相當完備的序列後處理的程式，名為 seq_reformat。 詳細資訊參考 [https://web.archive.org/web/20110720061559/http://www.tcoffee.org/Documentation/t_coffee/t_coffee_technical.htm t_coffee_technical.htm]，或是參見使用說明 [https://web.archive.org/web/20110720061711/http://www.tcoffee.org/Documentation/t_coffee/t_coffee_tutorial.htm t_coffee_tutorial.htm]
子方法
M-Coffee
M-Coffee 是 T-Coffee 中一個特別的方法，它可以結合許多常用的多重序列比對的軟體，例如：Muscle, ClustalW, Mafft, ProbCons ... 等。 所產生出來的結果將比個別方法來的好一些，然而更重要的一點是在 M-Coffee 將指出比對結果中各方法所同意的區段出來，各方法所同意的區段通常是可靠的比對結果。
Expresso 和 3D-Coffee
這兩種方法可以結合序列與結構資訊在比對當中。其中關於結構比對的部份利用常見方法，如: TMalign, Mustang和 sap。
R-Coffee
該方法為利用二級結構的資訊來比對 RNA 序列。
TM-Coffee
該方法特別針對跨膜蛋白,因此在進行多重序列比對之外,亦針對輸入的序列進行膜蛋白二級結構預測 。
參見
*List of sequence alignment software
*Clustal
*[http://www.mi.fu-berlin.de/w/LiSA/ LiSA Web] — a library of open source structural analysis algorithms.
*[https://web.archive.org/web/20081018180848/http://biwww2.informatik.uni-freiburg.de/Software/MARNA/index.html MARNA] — a server for multiple alignment of RNAs
書目
外部連結
*[http://www.tcoffee.org T-Coffee Home Page]
*[http://tcoffee.crg.cat T-Coffee Aligner Server]
*[http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html T-Coffee download page]
*[https://web.archive.org/web/20110720061559/http://www.tcoffee.org/Documentation/t_coffee/t_coffee_technical.htm Technical documentation]
*[https://web.archive.org/web/20110720061711/http://www.tcoffee.org/Documentation/t_coffee/t_coffee_tutorial.htm Tutorial]
*[http://www.tcoffee.org/Resources/tclinkdb.txt List of third party aligners supported by T-Coffee]
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