Peak calling
Peak calling是一种用于鉴定经染色质免疫沉淀-测序或MeDIP-测序实验后所得到的比对读段富集在基因组哪些区域中的一种计算方法。当免疫沉淀的蛋白质是一种转录因子时，那么DNA的富集区域就是这种它的转录因子结合位点（TFBS）。主流的Peak calling软件有MACS等。 Peak calling可应用于转录组/外显组测序，亦可用于对MeRIP-测序或m6A-测序的RNA表观基因组测序数据进行分析；利用如exomePeak等…
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TBST
在分子生物学中， TBST (或 TTBS)是一种Tris缓冲液和（亦称为Tween-20）的混合物。 这是一种用于在Western印迹法中清洗硝酸纤维素膜和在ELISA实验中清洗微孔板的缓冲溶液。 TBST的配方 以下是一种TBST配方实例： 20 mM 三羟甲基氨基甲烷 150 mM 氯化钠 * 0.1% 用盐酸调整其pH值至7.4–7.6 最简单的配制TBST溶液的方法是使用TBST片。 直接将它们溶解到500 mL去离子水中即可…
单细胞测序
单细胞测序（）采取优化的下一代DNA測序技术（NGS）检测单细胞的序列，可以获得特定微环境下的细胞序列差异以方便研究其功能差异等。对个体细胞的DNA测序可以帮助我们了解例如在癌症中的小范围细胞的变异；对其进行RNA测序可以帮助我们了解和鉴别不同的细胞类型與其表現的基因，对研究发育生物学等有较大裨益。 需要考虑的问题 分离单细胞 在全基因组扩增和测序前，有很多方法可以分离细胞个体，其中流式細胞術（FACS）较为常用。个体细胞可以用显微操作…
TA克隆
TA克隆（TA cloning）是一種免用限制酶的亞克隆手段，其操作不僅比傳統的亞克隆簡單，而且耗時也較短。TA克隆的關鍵在於載體和目的基因末端的腺嘌呤（A）和胸腺嘧啶（T）的互補配對。載體和目的基因進行上述配對之後，用DNA連接酶即可實現它們之間的共價連接。 過程 製造目的基因 一般用PCR來製造目的基因。PCR中所用的Taq酶無3'-5'端外切活性，容易在3'端額外加上一個腺嘌呤（A）。因而PCR產物兩條鏈3'端一般都多出一個腺嘌呤…
DNA測序
DNA测序（）又稱DNA-{zh-cn:定序;zh-tw:測序;}-，是指分析特定DNA片段的碱基序列，也就是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）與鳥嘌呤（G）的排列方式。快速的DNA测序方法的出现极大地推动了生物学和医学的研究和发现。 在基础生物学研究中，和在众多的应用领域，如诊断，生物技术，法医生物学，生物系统学中，DNA序列知识已成为不可缺少的知识。具有现代的DNA测序技术的快速测序速度已经有助于达到测序完整的DNA序列，或…
ATAC-seq
用测序检测转座酶可及的染色质（ATAC-seq，英文全称为Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）是用于检测基因组染色质可及性的分子生物学手段 。此方法使用高活性突变型Tn5转座酶将扩增引物插入开放的染色质，之后对这些区域进行扩增，以知道哪些区域是开放（可及）的。此方法是MNase-seq、FAIRE-Seq和DNase-Seq的替代方法，于2013年发表。…
DNA微陣列
DNA微陣列（DNA microarray）又稱DNA陣列或DNA芯片，比較常用的名字是基因芯片（gene chip）。是一塊帶有DNA微阵列（microarray）的特殊玻璃片或矽晶圓片，在數平方公分之面積上佈放數千或數萬個核酸探針；檢體中的DNA、cDNA、RNA等與探針結合後，藉由-{zh-cn:荧光;zh-tw:螢光}-或電流等方式偵測。經由一次測驗，即可提供大量基因序列相關資訊。它是基因组学和遗传学研究的工具。研究人員應用基因…
马克萨姆-吉尔伯特测序
马克萨姆-吉尔伯特测序（）是一项由阿伦·马克萨姆与沃尔特·吉尔伯特于1976～1977年间开发的DNA测序方法。此项方法基于：对核鹼基特异性地进行局部化学改性，接下来在改性核苷酸毗邻的位点处DNA骨架发生断裂。马克萨姆-吉尔伯特测序与桑格双脱氧法一起是首批被广泛采用的DNA测序方法，代表了第一代DNA测序方法。马克萨姆-吉尔伯特测序不再广泛使用，而被下一代测序方法取而代之。 历史 尽管弗雷德里克·桑格与阿兰·科尔森发表他们的加减测序法两…
非洲爪蟾卵母细胞表达技术
非洲爪蟾卵母细胞表达系统（）是一种被广泛应用的异源蛋白表达平台，用于研究离子通道蛋白、受体蛋白、转运蛋白等的功能。这项技术通过显微注射法将目的基因的mRNA或cRNA注射进非洲爪蟾（Xenopus laevis）雌性个体的卵母细胞中。非洲爪蟾细胞具有体积大（直径约1~1.3 mm）、稳定性好、易于进行注射操作，以及其背景离子通道较少等特点，非常适合进行电生理和功能研究。 爪蟾卵母细胞除了具有以上提及的特点外，还拥有方便制取、存活时间长等…
聚合酶链式反应
聚合酶連鎖反應（polymerase chain reaction，PCR）又稱聚合酶链反应、多聚酶链反應，是一项利用DNA双链复制的原理，在生物体外复制特定DNA片段的核酸合成技术。透过这項技术，可在短时间内大量扩增目的基因（標的基因），而不必依賴大腸桿菌或酵母菌等生物體。DNA 体外扩增的实现首先基于DNA半保留复制原理，还有碱基互补配对原则，即复制的过程中双链DNA会解链，由双链变成单链，温度一般为95℃；之后温度降下来，引物会结…
核酸酶保护分析
核酸酶保护分析（，亦称为核糖核酸酶保护测定）是一项用于生物化学与遗传学的实验室技术，可用以从细胞中提取出来混杂的RNA样本中鉴定出单独的RNA。此技术可以在即使总浓度很低的情况下鉴定一种或多种已知序列的RNA分子。被提取出来的RNA首先与反义RNA或DNA探针相混合，探针是与被研究的序列相互补的，接下来互补链相互杂交以形成双股RNA（或DNA-RNA杂交分子）。此混合物接下来接触核糖核酸酶，这种酶特异性地切割仅为单股的RNA，但对双股R…
测序
序列。]] 测序（）又称-{zh-cn:定序;zh-tw:測序;}-，是对多聚体中单体排列顺序进行测定的技术，亦即测出目标分子一级结构的序列。例如：测定DNA、RNA、多肽、多糖链基本组成单位残基（核苷酸、氨基酸、单糖）的排列顺序。 测序意味着确定无分支的生物聚合物的一级结构（有时被误称为一级序列）。测序结果是一个符号化的线性描述，简明地总结了被测序的分子的大部分原子级结构的序列。 常见的测序有： DNA测序 RNA测序 桑格测序 蛋白…
報告基因
、綠色區域爲報告基因綠色螢光蛋白（GFP），受到啓動子的調控。最開始細胞能表達GFP。隨後，在啓動子區域引入一些點突變，當引入某些突變後，細胞就不再表達GFP基因，可以說明突變的這些位點對啓動子的功能十分重要。]] 報告基因（，又稱報導基因）是一個分子生物學概念，它是指一類在細胞、組織/器官或個體處於特定情況下會表達並使得他們產生易於檢測、且實驗材料原本不會產生的性狀的基因。較常用的報告基因有綠色螢光蛋白基因（GFP）、β-半乳糖苷酶基…
IPTG
IPTG是一种分子生物学试剂，全称异丙基-β-D-硫代半乳糖苷（），是異乳糖的结构类似物，能与乳糖抑制子结合，高效启动乳糖操縱子（lac operon）的转录，来表达操縱子中的目的基因。 参考文献 外部链接 * [http://www.ebi.ac.uk/pdbe-srv/PDBeXplore/ligand/?ligand=IPT IPTG bound to proteins] in the PDB
染色质免疫沉淀-测序
染色质免疫沉淀-测序（，简称为ChIP-seq）被用于分析蛋白质与DNA的交互作用。该技术将染色质免疫沉淀（ChIP）与大规模并行DNA测序结合起来以鉴定与DNA相关蛋白的结合部位。其可被用于精确绘制任意目的蛋白在全基因组上的结合位点。在此之前，ChIP-on-chip是研究这些蛋白-DNA联系的最常用的技术。 ChIP-seq的应用 ChIP-seq主要用于确定转录因子和其他染色质相关蛋白质如何影响表型影响机制。确定蛋白质如何与DNA…
四環素轉錄調控系統
（小干擾RNA）的表達，以達到定時敲低（knock-down）基因表達等目的]] 四環素轉錄調控系統（Tetracycline-Controlled Transcriptional Activation）是一種能夠定時調控（開啓或關閉）特定基因表達的轉錄調控系統。該系統由一個順式作用元件和一個活性受四環素調控的特殊轉錄調控蛋白（反式作用因子）構成。當四環素或多西環素（Doxy）等四環素衍生物存在時，處於該系統調控下的基因表達會開啓或關閉…
南方墨點法
萨瑟恩印迹法，或南方墨點法（），是由英國生物學家埃德温·萨瑟恩於1975年發明，並因此得名，是一種普及的分子生物學實驗技術。目的是偵測經由膠體電泳分離的樣品中，含有特定序列的去氧核糖核酸片段。 通常，先利用膠體電泳分離去氧核糖核酸（DNA）樣本中各種不同大小的分子。不同大小的分子在膠體電泳之後，會分離而散佈在膠體上不同的位置。接著，這些DNA分子可以利用虹吸作用，轉染到一個薄膜上，經由DNA變性使它們的雙股分開。因為雙股DNA已經固定在…
西方墨點法
蛋白.]] 西方墨點法（）或稱「蛋白質轉漬法」、「免疫墨點法」（）或「西式吸印雜交」，是在分子生物学、生物化学和免疫遗传学中常用的一种实验方法，也是HIV檢測的方法之一。 利用特定抗體能夠專一結合其抗原蛋白質的原理來對樣品進行着色，通过分析着色的位置和着色深度获得特定蛋白质在所分析的细胞或组织中的表达情况的信息，來分析檢測特定蛋白質的生物學檢測技術。 发明者一般认为是美国斯坦福大学的乔治·斯塔克（George Stark）。在尼尔·伯奈…
北方墨點法
北方墨點法（），又称 RNA 印迹法，是分子生物学、生物化学中常用的实验方法，通過探測樣品中的RNA（或隔离的mRNA）来研究基因表达。 利用探針偵測由凝膠電泳分離出來的RNA片段，尋找含有特定序列的RNA片段。與南方墨點法相似，RNA樣品經過凝膠電泳後會按照大小分離，然後將樣品從凝膠轉印到膜上，並用與目標序列互補的標記的探針來探測。實驗結果可以根據所用探針的不同，以多種方式來觀察，但大多數都顯示的是樣品中被探測的RNA條帶的相對位置，…
桑格测序
双脱氧链终止法（），又称桑格法（），为一种常用的核酸测序技术，用于DNA分析，由英国生物化学家弗雷德里克·桑格于1977年发明。双脱氧链终止法与化学降解法以及其衍生方法统称为第一代DNA测序技术，为人类基因组计划所使用主要测序方法。 原理 双脱氧链终止法采用DNA复制原理。 Sanger測序反應體系中包括目標DNA片段、脫氧三磷酸核苷酸（dNTP）、雙脫氧三磷酸核苷酸（ddNTP）、測序引物及DNA聚合酶等。 測序反應的核心就是其使用的…