“全物种活树”项目
“全物种活树”项目（，或译“全物种生命树枝”项目）是、数据库项目和LPSN等多个学术团体/机构之间的合作，旨在组建一个包含所有有效发表的细菌和古菌物种的16S rRNA序列数据库。 在某个阶段，还收集了23S序列， 但后来停止了。 目前，对齐的数据集中已包含超过10,950个物种，并且随着新物种的发现或数据库中未收录物种的测序，还会添加更多物种。后者最初占物种总数的7%。 类似（以及最近）的项目包括细菌和古菌基因组百科全书（，），该项目…
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共 43 篇文章
硝化细菌
硝化细菌（）是一群好氧的化能自營生物之統稱，细菌能通过食用无机氮化合物生长。硝化細菌以二氧化碳为碳源，通过代谢将氨或铵盐氧化成硝酸盐。硝化細菌可以用不含有机碳的培养基培养。许多品种的硝化细菌具有复杂的内部膜系统在关键位置为硝化酶：將氨氧化為羟胺 ，和將亞硝酸鹽氧化成硝酸盐。 生态 硝化细菌是生活在狭窄环境中的物种，并且被发现有大量氨的地方有相当大的数量的存在（具有大面积的的蛋白分解区，以及污水处理厂）。在自然界中硝化细菌在湖泊和河流中得…
胃肠道微生物群
（Escherichia coli）是人體腸道多個细菌物種的其中一種。]] 胃肠道菌群（，胃肠道菌相、肠道菌群），或称胃肠道微生物群系（，胃肠道微生物组）、胃肠道微生物群（），是指生活在动物消化道中的微生物，包括细菌、古菌、真菌和病毒。 肠道菌群 是定居于肠道中的细菌或真菌等正常菌群（normal flora）及其所生活的环境。肠道菌群通过影响食物消化吸收、调控机体免疫和维护肠黏膜屏障，参与维持人体功能和肠道内环境的稳定。 肠道菌群包括…
拟核
中的拟核]] 拟核（英语：nucleoid，意为“类似细胞核”），又称类核或核区，是细菌和古菌细胞内主要容纳并组织染色体DNA、但不由核膜包围的区域。拟核不是细胞核，也不是一种独立的膜性细胞器。 多数细菌通常具有一条环状双链DNA染色体，但也有具有线性染色体、多条染色体或多拷贝基因组的物种。一个细胞内的染色体拷贝数还会随物种、生长条件和细胞周期而变化。 拟核主要由染色体DNA及与之结合的RNA和蛋白质构成。细菌拟核的空间组织涉及DNA超…
细菌
“候选属级 艾吉里细菌属”"Ca. Aegiribacteria" “好氧球菌属” "Aerosphaera" "Anhaltia" “古颤藻菌属” Archaeoscillatoriopsis “蓝藻菌类属” Cyanotheca “细丝藻属” "Eoleptonema" “铁链菌属” "Ferrimonilis" “候选属级 铁层菌” "Ca. Ferristratum" "Hafniella" "Hygrocrocis" "Kou…
兰斯菲尔德分类法
兰斯菲尔德分类法（英语：Lancefield grouping），也叫兰斯菲尔德链球菌分类法，是一种球菌分类系统，它根据细胞壁上发现的细菌抗原的碳水化合物组成对过氧化氢酶阴性革兰氏阳性球菌进行分类。截至2018年，兰斯菲尔德名称仍经常用于传达医学微生物检测结果。 肠球菌，以前称为D组链球菌，直到1984年才被归类为链球菌属的成员，并被包括在最初的兰斯菲尔德分组中。许多（但不是所有）链球菌属的成员都是β溶血性的。 值得注意的是，肠球菌和牛…
假单胞菌界
{{Automatic taxobox | image = E. coli Bacteria (7316101966).jpg | image_caption = 放大25,000倍的大肠杆菌细胞 | taxon = Pseudomonadati | authority = (Gibbons & Murray 1978) Oren & Göker 2024 | type_genus = 假单胞菌属 Pseudomonas | type_…
候选门级辐射类群
候选门级辐射类群（，简称）是细菌的一个演化辐射分支，其中的物种大多数尚未被培养，只能从宏基因组和单细胞测序得知其存在。由于它们的体积只有纳米级，与其他细菌相比极为微小，因而也被称为“纳米细菌”（，纳米细菌也可以指一类曾被认为是细菌的纳米级大小的矿物，二者没有直接关系）或“超小细菌”（）。 在研究早期（2016年前后），候选门级辐射类群被认为可能含有70多个门，代表了细菌中15%的门级多样性，然而，根据基于相对演化分歧的基因组分类数据库（…
群体感应
群聚感應（）是一種與族群密度有相互關係的刺激和反應的系統。許多細菌會透過群聚感應，根據其族群規模來調節基因的表現。有些社會性昆蟲也會使用和群聚感應的相似方法，決定要在何處建立巢穴。群聚感應除了可以在生態系統當中發揮作用之外，在電腦運算或是機器人的發展上，亦是一項可以應用的技術。 群聚感應可以當作任何中的決策過程，只要獨立個體有(1)一種方法可評估他們所接觸到的個體的數量和 (2)一旦達到特定閾值的個體所被偵測之後的普遍反應 細菌 一些群…
皮肤菌群
和占主导地位的细菌]] 皮肤菌群（英语：Skin flora）也称为皮肤微生物群（英语：Skin microbiota），通常是指存在于人类皮肤上的微生物群落。 其中占大多数的是细菌，人体皮肤上约有1000种细菌，分别来自19个门。大多数存在于表皮的表层和毛囊的上部。 皮肤菌群通常是非致病性的，并且是偏利共生（对宿主无害）或互惠共生的（双方获益）。细菌可以提供的好处包括通过竞争营养、分泌化学物质或刺激皮肤的免疫系统以防止短暂的致病生物在…
糞便微生物移植
糞便微生物移植（），亦被稱為糞便移植，是一種醫學療法，透過轉移健康捐贈者的糞便細菌、真菌或噬菌體到病人身上來達到治病的目的。糞便轉移有助恢復腸道菌落的平衡。本療法可透過灌腸、胃喉或口服膠囊施行。有相當數量的研究證實糞便移植有助治療受艱難梭菌感染的病人。此類病人的嚴重程度可以由腹瀉到偽膜性結腸炎不等。隨著艰难梭菌感染肆虐北美洲和歐洲，醫學界日益關注糞便移植療法。有些專家更呼籲把本療法當作治療艰难梭菌感染的一線療法。2013年一項隨機對照臨…
非发酵菌
非发酵菌（nonfermenters）是指一群不利用或仅以氧化形式利用糖类的革兰阴性无芽胞杆菌。非发酵菌不能分解葡萄糖，因此不能发酵。假單胞菌屬、不動桿菌屬、窄食單胞菌、伯克霍爾德菌屬均屬於非發酵菌。 参考文献
原噬菌体
原噬菌体（）為一種原病毒基因，可被插入或是聚集在環狀病毒DNA染色體中，或是以染色體外的質體形式存在。這是一種潛在的病毒型態，在細菌中病毒以此種形態存在，但不會瓦解細菌細胞。 在偵測到宿主細胞的損傷——如UV光或是一些化學物质造成——時，細菌染色體中的原噬菌体便被激活，而此過程稱為prophage induction。 激活之後，病毒透過Lytic Cycle開始複製。在此裂解循環中，病毒霸佔了細胞的生殖位。細胞內會富含病毒，直到細胞裂…
精神益生菌
精神益生菌（）精神益生菌（英語：Psychobiotics）是指具有潛力透過調節腸道微生物群來影響大腦功能與心理健康的益生菌或益生質。其作用機制包括調控腸道–腦軸（gut–brain axis）、改變神經傳導物質（如多巴胺、血清素）水平、調節免疫反應與神經發炎、增強腸道屏障功能，以及調節下視丘–腦下垂體–腎上腺軸（HPA axis）等。 精神益生菌一詞最初由 Dinan 和 Cryan 等人在 2013 年提出，並迅速成為精神疾病與腸道…
新德里金属-β-内酰胺酶1
（Klebsiella pneumoniae）菌株中分离得到。]] 新德里金属-β-内酰胺酶1（ 1，簡稱NDM-1）是一种能催化水解多种β-内酰胺类抗生素（包括碳青霉烯类广谱抗生素等抗生素）的酶。新德里金属-β-内酰胺酶1使具有能编码该酶的基因的细菌對除替加环素與克痢黴素几种抗生素之外的抗生素都产生耐药性；部分患者甚至所有抗生素都對其沒有療效，因此携带这种基因的細菌在2010年發現當時的新闻报道中称为“超级细菌”。目前没有成功开发专门…
生物薄膜
生物膜，在留置导尿管中。]] 生物薄膜（）又称生物幕、生物被膜、生物膜、菌膜，是黏附于特定载体上，无恒定结构的膜样微生物群落（聚生体，集落复合体）；此薄膜厚度小于1mm，通常介于100~200μm。会形成生物薄膜的微生物可为：细菌、真菌、藻类、原生动物和后生动物，其依靠自身產生的吸附于外界环境表面（可为惰性表面或生物表面），并将其自身包绕其中，属一种微生物适应自然环境以利于生存的一种生命现象。 胞外聚合物（extracellular p…
陰道菌群
細胞]] 陰道菌群（）或陰道微生物（vaginal microbiota）是在阴道內生長的微生物，為人類微生物群系中的一部份，由德國婦科醫生在1892年發現。細菌的數量和種類可以反映女性的身體健康情形。健康女性陰道內主要的細菌是乳桿菌屬（例如），普遍認為這種細菌分泌的乳酸可以避免致病原的感染。 乳桿菌 健康女性陰道內主要的細菌是乳桿菌屬的細菌。而且乳桿菌屬會附著在陰道上皮細胞，因此可以避免其他致病菌的感染以及長期生長。 乳桿菌可以製造乳…
非典型细菌
非典型细菌，也称非典型微生物，是革兰氏染色不着色且保持无色的细菌，既不是革兰氏阳性也不是革兰氏阴性。这包括衣原体科、軍團菌屬和枝原体科（包括枝原体属和脲原体属）。立克次体科也常被认为是非典型细菌。螺旋体也被认为是非典型细菌。 革兰氏阳性菌的细胞壁有一层厚的肽聚糖层，在革兰氏染色过程中保留了结晶紫，导致呈紫色。革兰氏阴性菌有一层薄的肽聚糖层，不保留结晶紫，因此在此过程中添加番紅时，会染成红色。 支原体科缺乏肽聚糖层，因此不保留结晶紫或番红…
非結核分枝桿菌
非結核分枝桿菌（non-tuberculous mycobacterium，NTM）定義是指：不是結核分枝桿菌或痲瘋分枝桿菌的其他一群分枝桿菌屬細菌；至今已知有約 200 種菌株分型，其廣泛存在環境中，可在飲水、土壤、灰塵、植物、動物及食品上發現。 臨床醫學檢驗上，依 Runyon 分類法，分為四大類：光照產色型、黑暗產色型、非產色型及快速生長型；前三類屬於緩慢生長型。 此群細菌都屬於低病原性細菌，且分離出非結核分枝桿菌並不代表罹病，要…
轉導
轉導（）是指因病毒（即噬菌體）入侵而將一個細菌的DNA片段轉置到另一細菌中的過程 }}