系統發生樹
系统发育樹（），有時簡稱為系統樹，又稱種系發生樹、親緣關係樹，或演化樹（），是一種表示生物类群、個體、基因或其他对象之間演化關係假说的樹狀圖。研究演化歷史及親緣關係，並發展相應推斷方法和模型的學科稱為系統發生學（）。在生物学中，系统发育学与系统分類學密切相关，其方法和成果广泛应用于流行病學、生態學等领域。 組成 根 系统发育树可分为“有根树”与“无根树”两类。 有根树（）包含一个明确的根；在该树所表示的范围内，根节点代表所有末端单元的最…
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多物种溯祖过程
多物种溯祖过程（；常简称为“MSC”）是一个演化生物学中的随机过程模型，用于描述多个物种间DNA序列样本的谱系关系。 它代表了在多物种情形中的应用。单个基因的演化关系（基因树）常常不同于物种整体的演化历史（物种树），因此该过程对于系统发育学的理论与实践 以及理解基因组演化具有重要意义。 基因树和物种树皆为假设演化过程呈二叉树状的示意图。基因树用于描述无重组基因座序列样本之间的演化关系，而物种树则描述物种之间的整体演化关系。不完全谱系分选…
冠群
物种構成的兩個冠群，S1 是由已滅絕的早期物種構成的幹群；冠群 C1 和幹群 S1 構成總群（也稱泛群）T1；T1 與 C2 互為姐妹群，二者共同組成一個更大的總群 T。]] 群（英文：crown group，或 crown assemblage）是種系發生學上的重要概念，指一個演化支中所有現存成員的最近共同祖先以及該祖先的所有後代。換言之，冠群包括一群現存物种和它們的最近共同祖先，以及由該祖先演化而來的所有已滅絕物種，是涵蓋了一個祖先…
並系群
上，蓝色和绿色部分被划为两个各自独立的类群，但实际上蓝色类群由绿色类群演化而来，牠们拥有一个最近共同祖先（绿色部分最下方的纵向线条），因此绿色类群在不包含蓝色类群（即缺少一支後代）的情况下，将成为一个並系群。]] 並系（英文：paraphyly 或 paraphyletic）又称並源，是系统发生学上常用的概念，指某一生物类群包含了一个共同祖先及其部分後代，但未包含其所有後代。这种由同一祖先演化而来的部分後代所组成的类群，被称为並系群（英…
SAR超类群
SAR超类群又名HAR生物亚界（學名：Harosa），是一个真核生物分類單元，包括不等鞭毛生物（Heterokonta，又名Stramenopiles)、囊泡虫（Alveolates）和有孔虫（Rhizaria），“SAR”即為這三個分類單元的拉丁名稱首字母組合。 它包括大部分原屬於囊泡藻界的生物，但不包括。 本類群的姊妹群;}-為（Telonemia），二者一同組成TSAR超类群。 定義 SAR超类群被定義為“包含了有孔虫類比奇洛藻（…
支序分類學
支序分類學（英文：cladistic taxonomy）又稱支序系統學、分支系統學、系統發育系統學（英文：phylogenetic systematics，也譯作系统发育分类学或系谱分類學），簡稱支序學（英文：cladistic），是一門基於系统发生的生物分類学科，主張通过对共有衍生性狀（共有衍徵）相似性的分析，推導出生物類群之間的分化關係，進而構建系統發生樹，以形成嚴格的單系分類系統。「支序」意为演化支的序列，或演化支的分化次序。「演…
深度同源性
、脊椎动物和头足纲软体动物的眼睛，是被工具組基因中的PAX6来控制的]] 在演化发育生物学中，深度同源性被用以形容生物体的和分化过程受控于一类同源基因机制的情况，这一类机制在不同物种之间具有高度保守性。 历史 的Hox基因在昆虫和脊椎动物等不同动物中控制胚胎发展，并因此形成成体的形态。这些基因经历了数百万年的进化，存在高度保守性。]] 1822年，法国动物学家艾蒂安·若弗鲁瓦·圣伊莱尔解剖了一只淡水龙虾，发现它的身体结构与脊椎动物相似，…
系统基因组学
系统基因组学（）泛指在系统发生学分析中运用基因组尺度的序列分析数据的研究方法。随着2010年代下半高通量测序平台的飞速发展以及简化测序策略的开发，在较短时间内获得成百上千的基因座数据已经成许多生物研究领域的常规，而相应的系统发生分析工具的开发使研究者可以比对不同个体的整个或部分基因组，无需拘囿于单个或少数基因，从而更为准确客观地推断不同分类元或群落层级的生物演化历史。 参考资料
系统发生学
系统-{}-发生学（）又称种系-{}-发生学、谱系发生学、亲缘关系学，简称谱系学或發生學，是研究及推理生物个体或群体（例如物种或种群）间演化史及关系的科学方法，属于系统分类学的一部分。 系统-{}-发生学的推理方法，通常在性状演变的特定模型下，评估可观察到的遗传性状（例如DNA序列或生物形态）来“假定”这些生物间的关系。这种分析推理方法的结果，就是系统发生（phylogeny）{{NoteTag|1=“系统-{}-发生”或“系统-{}-…
基群
基群（）是生物學親緣關係學中的術語，專指在一個單係群中，最早分离出去的大型演化支，並且通常會位於亲缘分支分类法最底層處，是其它後来才分化出去的演化支的共同姐妹群。許多生物學家（特別是支序分類學學者）更習慣使用「基群」而非「原始族群」，這是因为“原始”一詞中具有劣等、落后的意味，然而絕大多數的物種都是经过長時間的演化才能夠良好地適應其现有的棲息地，并无所谓优劣之别。 而不屬於單係群的外部姐妹群，則稱為外類群。 參見 冠群 分類學 演化支 …
最後共同祖先
序列。]] 最后共同祖先（，缩写：LUA；另称最后普适祖先、共通祖先〔〕、原生命〔〕），其全称为最后普适共同祖先（，缩写：LUCA），演化生物学推导出来的假设，指地球生物最原始的共同祖先，是地球上所有现存生命的共同起源，但这共通祖先未必是最早的生命。学者一般相信，最后共同祖先在古太古代出现，距今约35亿至38亿年。最后共同祖先分化出细菌与古菌，演化成各种生命。 历史背景 蕴含了所有生命都有共通的起源，在此图中此起源以（1）标明。；而查尔…
維基物種
维基物种（）是维基媒体基金会建立的一个开放、自由的物种目录。它涵盖了动物、植物、真菌、细菌、古菌、原生生物、病毒以及所有地球上的各种生命。 维基物种的口号是： 歷史 維基物種在2004年9月14日啟用，並在2007年5月20日達到100,000條物種條目。至2025年5月已有910,000條物種條目。 協調了有興趣參與項目的幾個人的努力，並在2004年初夏天聯繫了潛在的支持者。對數據庫進行了評估，並與管理人員進行了聯繫，其中一些人已經同…
長枝吸引效應
在系统发生学中，長枝吸引效應（），意指在分析物种演化历史或亲缘关系時，实际远缘的（即具有長枝者）被误分群在一起的現象。该效應形成的原因一般为某一谱系在历史上发生了大量遗传或形态层面的变化（在系统树上表现为较长的枝长），表面上与其它积累变化数较多的长枝相似，致使建树软件错误地仅以枝长为依据将谱系推断为关系较近。长枝往往倾向于聚类在系统树的基部，因为用于代表外群的谱系通常也具有较长的枝。 在各种系统发生推断方法中，由于最大简约法的原理是单凭…
拉撒路物種
曾于1898年被认为已经灭绝，但在1948年再次被发现。]] 在古生物学中，拉撒路物种（Lazarus taxon）意思是那些在化石纪录中突然消失又出现的物种。其中拉撒路一词来源于《新约圣经》中的《约翰福音》，他是耶稣的好友及门徒，在其病死之后被耶稣复活。 也指在被认定为绝灭之后又再次发现的物种。例如：南秧鸡。 解释 在一起生物集群灭绝事件发生之后，如二叠纪－三叠纪灭绝事件，产生了众多拉撒路物种，然而化石群的丰度与拉撒路物种比例并不存在…
系统发生独立对比
、相关分析、等模型均必须通过原点。]] 系统发生独立对比（，简称）是一种用于演化生物学与系统发育研究中的统计学分析方法。该方法由美国演化生物学家约瑟夫·费尔森斯坦于 1985 年正式发表，首次提供了一个能够处理任意拓扑与真实分支长度的通用方法，标志着现代系统发生比较方法的开端。 PIC 的提出源于研究中的一个根本方法学问题：不同物种常因共同祖先而共享部分性状相似性，而这些相似性并非由研究变量之间的独立作用所产生。因此，比较分析必须明确纳…
祖先状态重建
祖先性状重建（；也称祖征重建）是指在已知系统发生关系的前提下，依据对现存个体、群体或物种中性状的观测结果，推断其共同祖先在演化历史中所具有性状状态及其变化过程的一类分析方法，是系统发生学的重要衍生方法及应用之一。 在演化生物学研究中，祖征重建被广泛用于推测生活在遥远地质时期（数百万年前）的生物所具有的不同类型祖先性状，并以此为基础来理解性状演化轨迹、变化方向及速率，为生物功能、行为、生态等相关领域的科学假说提供背景，甚至识别由这些序列可…
最近共同祖先
最近共同祖先（，缩写：MRCA）或称最后共同祖先（），是演化生物学中表示一系列不同的物种拥有共同起源的那个最近的祖先。这一概念经常应用于人类的宗谱。 人类的最近共同祖先所处年代目前尚无定论，其必然晚于大约20万年前的人类父系最近共同祖先（Y染色體亞當）和母系最近共同祖先（粒線體夏娃），可能近至大约3000年前。 Y染色體亞當 Y染色體亞當是由人類Y染色體DNA單倍型類群推測出的人類父系的最近共同祖先，为6萬年前非洲的男人。 粒線體夏娃 …
单倍群
在分子演化的研究中，单倍群（Haplogroup）是一组类似的单倍型（Haplotype），它们有一个共同的单核苷酸多态性祖先。因为单倍群由相似的单倍型组成，所以可以从单倍型来预测单倍群。单核苷酸多态性试验被用来确认单倍型。单倍群以字母来标记，并且以数字和一些字母来做补充，例如O3e1. Y染色体和线粒体单倍群有不同的单倍群标记方法。单倍群可用来标记数千年前的祖先来源。 在中，最常被拿來研究的单倍群是Y染色体（Y-DNA）单倍群和线粒体…
植物系统发生海报
植物系统发生海报（英语：Plant Phylogeny Poster，简称PPP）是一个基于最新植物系统发生学研究成果而编制的国际性科教项目，以图文并茂的形式展示植物多样性及其演化关系。该项目自2007年创立以来，逐渐发展成为涵盖多语言、多植物类群的知识共享平台，被广泛应用于教学、科研及科普教育。 背景 传统上，公众和非专业人士获取高质量、普适性的植物多样性知识存在诸多障碍。现有的植物学资料，如植物志、学术专著和期刊论文等，通常专业性强…
間斷平衡
間斷平衡（）是一個演化生物學理論。此理論認為行有性生殖的物種可在某一段時間中，經歷相對傳統觀念而言較為快速的物種形成過程，之後又經歷一段長時間無太大變化的時期。 間斷平衡理論最早是由美國古生物學家尼爾斯·艾崔奇與史蒂芬·古爾德，基於恩斯特·麥爾的異域物種形成，以及其他一些遺傳理論所提出。 參見 災變論 演化論 生命演化歷程 延伸閱讀 Adler, J. and Carey, J. (1982) [http://www.stephenja…