遗传距离
遗传距离（Genetic distance）是用来衡量物种之间或同一物种的群体之间的遗传分化的指标。对某一基因来说，两个群体有类似的等位基因，且频率相似，彼此的遗传距离较小，说明他们的共同起源比较近。 常用遗传距离 根井标准距离 1972年，日裔美国群体遗传学家根井正利（）提出了一种遗传距离的计算方法，后来被称为“根井标准距离”（）。这种方法假设遗传差异是突变和漂变两个因素造成的，适用于每年或每个世代的遗传变化速率稳定的情况。在这种情况…
标签：#系统发生学
共 40 篇文章
根井标准距离
根井标准距离（），在一些華文文獻裡更常被寫作Nei氏遗传距离，是由日裔美国群体遗传学家根井正利（）於1972年提出的一种计算遗传距离的方法。 根井标准距离假设了遗传差异是突变和漂变两个因素造成的，适用于每年或每个世代的遗传变化速率稳定的情况。在这种情况下，群体间的根井标准距离（D）与彼此分化的时间成正比，公式如下： :\begin{align} D=-\ln\frac{\sum \limits_\ell \sum \limits_{u}…
序列同源性
后，两个不同的子物种（人类和黑猩猩）中存在直系同源基因。下图：另一个单独物种（大肠杆菌）中，一个用灰色表示的基因（histone-like nucleoid-structuring protein）尽管有相似功能，但具有独立的进化起源，因此是一个类似物。]] 序列同源性（）是DNA、RNA或蛋白质序列之间由在演化历程中存在共同祖先导致的生物同源性。 两个DNA片段可由三种情况从共同的祖先DNA演化而来：物种形成事件（直系同源），片段重复…
不完全谱系分选
不完全谱系分选（或，常缩写为）也称为不完全谱系分类，指的是祖先基因多态性在后代中随机保留而导致的单个基因位点的系统发生关系与真实的进化历史不一致的现象，在快速的辐射适应中尤为常见。 在多起物种形成事件中长期持续存在的基因多态性可能导致不完全谱系分选，在物种形成事件之后，某些形式的等位基因可能会丢失，而其他的等位基因则会被保留并继续进化，这个丢失与保留的过程是随机的，不同的后代物种可能保留不同的等位基因。在右图的例子中，祖先物种中的基因H…
支序图
分支图（），也作支序图分支图使用线条来表达一组拥有最近共同祖先的生物，这些线条各自分离至不同的方向，最后形成不同的演化支。分支图可以有许多不同的形状，但它们都有树状图的结构，沿着每一条线都能走到它们与其他线条分离的地方。这些分离的节点代表一个假定存在的祖先（而非实体），这些假定存在的祖先会拥有其末端分類元所拥有的特性，能够暗示进化的过程。虽然传统上这些分支图依照生物的外形特征绘制，不过近年来科学界也在使用DNA和RNA序列数据、生成分支…
网络生命大百科
网络生命大百科（英文：Encyclopedia of Life，縮寫：EOL，或译为生命百科全书），是一部由世界各地的生物学家协作编辑的在线物种百科全书，旨在汇集地球上所有生物的科学知识，为每种生物构建一个“无限扩展”网页，包括视频、声音、图像、文本等。此外，EOL 还收录了的内容，该网站对世界上主要自然历史图书馆的数百万页印刷文献进行了数字化处理。 EOL 上线於2008年2月26日，前期得到了美国多个组织和机构累计5000万美元的-…
共同起源
-{zh-hans:序列分析重建出的地球生命演化树]];zh-tw:分析而重建出的地球生命演化樹，演化樹的根部代表其最近共同祖先]]}- 共同起源、共同祖先（）是指一群生物體擁有最近共同祖先的情況。所有地球上的生命都源於最後共同祖先或最後共同祖先基因池。 在演化生物學中，一群生物的某個共有的性狀如果來自共同起源，稱為同源，與之相反是趨同演化。 共同起源不等於最早的生物，共同起源之前可以有更多更古老的生物。 外部連結 [http://ww…
生命之树网络项目
生命之樹網络项目（ 或 ToL）是一个互联网项目，提供有关地球生物多样性和種系發生的信息。 }} 外部链接 *
單型
單型（英語：Monotypic）在生物分類學上，是指一個分類群中只含有唯一一個類型。而在植物分類學及動物分類學之間，對「單型」的用法又不甚相同： 在植物學中，「單型」指的是一個只含有單一物種的分類單元（taxon）。舉例而言，在不計入已滅絕史前物種的情況下，只有一個物種的銀杏屬（Ginkgo），就是一個單型屬；只有一個物種的銀杏科（Ginkgoaceae），則是一個單型科。由於物種以下還可再細分，因此「單型」在此例更為精確的說法是「單種…
演化網路
演化網路（）是以圖來表示生物的核酸序列、基因、染色體、基因組、和物種之间演化的關係。演化樹()的樹狀結構不足以表達生物演化關係中雜交、基因水平轉移、遺傳重組、和基因重複等事件，因此演化網路容許在圖上存在些混合节點來表達此類關係。演化樹是演化網路的一個子集。演化網路可以被推測和被軟件可視化例如以及最近的軟件，。 參見 演化論 生物分類總表 分類學 系統學 系統發生樹（Phylogenetic tree） 参考资料 Makarenkov, …
基因家族
基因家族（），是来源于同一个祖先，由一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因，它们在结构和功能上具有明显的相似性，编码相似的蛋白质产物。一个这样的家族是人类血红蛋白亚基的基因，10个基因在不同染色体上的两个簇中，称为α-珠蛋白和β-珠蛋白基因座。这两个基因簇被认为是由于前体基因在大约5亿年前被复制而产生的。 基因根据共享的核苷酸或蛋白质序列被分为家族。 系統發生技术可以用作更严格的测试。外显子在编码序列中的位置可用于推…
UPGMA
UPGMA （unweighted pair group method with arithmetic mean）是一種相對簡單的層次聚類方法。這個方法存在另一種變體 WPGMA。這個方法的創始人被認為是Sokal和Michener 。 演算方法 UPGMA 演法構建出一棵有根樹（樹狀圖）表現相似矩陣或相異矩陣中的特徵與結構。在算法裡的每一步，距離最近的兩個集群（子樹）將被組合成一個更高級別的集群。任意兩個集群\mathcal{A}和\…
同源
的前肢是同源構造的例子。]] 在生物学种系发生理论中，若两个或多个结构具有相同的祖先，则称它们同源（Homology）。这里相同的祖先既可以指演化意义上的祖先，即两个结构由一个共同的祖先演化而来（在这个意义上，蝙蝠的翅膀与人类的手臂是同源的），也可以指发育意义上的祖先，即两个结构由胚胎时期的同一组织发育而来（在这个意义上，人类女性的卵巢与男性的睾丸同源）。 同源这一概念需与相似区分开来。比如说，昆虫的翅膀、蝙蝠的翅膀和鸟类的翅膀是相似的…
生物物种名录
生物物种名录（Catalogue of Life）是一个，它為已知的动物、植物、真菌和微生物建立了索引。生物物种名录创建于2001年，是物种2000和美国整合分類學資訊系統的合作项目。物种总录的界面有12种语言。、生命条形码数据系统、网络生命大百科和全球生物多樣性資訊機構均有用到生物物种名录。生物物种名录目前匯集了来自168个經同行评审過的分类数据库的数据，这些数据库由世界各地的专业机构维护。截至2021年6月，物种总录列出了已知的22…
AH超类群
AH超类群是真核生物的一个类群, 它包括：原始色素体生物（泛植物 Archaeplastida），包括红藻、绿藻、陆生植物及少数合称为灰胞藻（Glaucophyta)的生物；和，包括定鞭藻门 (Haptophytina)，中阳虫门 (Centroheliozoa)，和隐藻演化支（Cryptista），包括 及隐藻门 (Cryptophyta)等。 系统发生学 参考文献
邻接法
國立遺傳學研究所學者齋藤成也根據世界上18個人類族群的23種遺傳訊息，以邻接法估算而成的遺傳距離分支图。]] 邻接法（英文：neighbor-joining method；又称 NJ 法），生物信息学术语，是一種用於构建系統發生樹（演化树）的快速聚类方法，由日本遗传学家齋藤成也（平文式罗马字：Saitou Naruya）和日裔美国生物学家根井正利（Nei Masatoshi）二人在1987年創立。使用邻接法構建演化树時，通常需要基於 D…
分子系统发生学
分子系统发生学（Molecular phylogenetics）是分析遗传分子差异（主要是DNA序列）的系统发生学的一个分支，以获得有机体进化关系的信息。分子系统发生学分析的结果在系统发生树(phylogenetic tree)中表达。分子系统发生学是分子系統分類學的一个方面，更广泛的术语还包括在生物分类学和生物地理学中使用分子数据。 分子系统发生学和分子演化相关。 分子进化是在生命树（进化）的各个分支中在分子水平（基因，蛋白质等）上选…
姐妹群
-{zh-cn:姐妹群或姊妹群; zh-tw:姊妹群或姐妹群;}-（英文：sister group），是系统发生学上的常用概念，指親緣-{}-關係最近的两个分類單元（分类群），这两个分类群共有一个不为第三者所有的祖先，亦即牠們是由同一祖先分化而来的两个支系。 如下图所示： 分類群 A 是分類群 B 的姐妹群，同时 B 也是 A 的姐妹群，两者从一个最近共同祖先演化而来，而关系较远的 C 就是牠們的外群。A 和 B 也可以组成一个更大的分…
多系群
上，假设蓝色和红色部分因具有相似的特徵而被归入一个类群，且该类群仅包含二者在内，那么它将成为一个多系群。原因是它无法聚为一支，即未能包含蓝色和红色部分的共同祖先（系統發生樹最下方的纵向线条），其内部形成了两支各自独立、互不相关的非同源类群。]] 多系（英文：polyphyly 或 polyphyletic）又称複系、多源或多元起源，是系统发生学上常用的概念，指某一生物类群未包含其所有成员的最近共同祖先，也即群内成员来源於不同的共同祖先。…
新壁總域
{{Automatic taxobox | colour=#e0e0e0 | fossil_range= | image = Eukaryota diversity 2.jpg | image_caption = 各种真核生物例子 | image2 = Halobacteria.jpg | image2_caption = Halobacterium，古菌的一属 | taxon = Neomura | authority=Cavalie…