遗传距离（Genetic distance）是用来衡量物种之间或同一物种的群体之间的遗传分化的指标。对某一基因来说，两个群体有类似的等位基因，且频率相似，彼此的遗传距离较小，说明他们的共同起源比较近。
常用遗传距离
根井标准距离
1972年，日裔美国群体遗传学家根井正利（）提出了一种遗传距离的计算方法，后来被称为“根井标准距离”（）。这种方法假设遗传差异是突变和漂变两个因素造成的，适用于每年或每个世代的遗传变化速率稳定的情况。在这种情况下，群体间的根井标准距离（D）与彼此分化的时间成正比，公式如下：
:\begin{align}
D=-\ln\frac{\sum \limits_l \sum \limits_{u} X_{u} Y_{u}}{\sqrt{(\sum \limits_{l} \sum \limits_{u} X_{u}^2)(\sum \limits_{l} \sum \limits_{u} Y_{u}^2)}}
\end{align}
卡瓦利-斯福扎距离
雷诺兹遗传距离
In 1983年，约翰·雷诺兹（John Reynolds）、B·S·维尔（B.S. Weir）和考克汉姆（C. Clark Cockerham）提出了一种后来得名“雷诺兹遗传距离”（Distance de Reynolds）的方法，假设群体的遗传分化中没有突变的作用，而完全是漂变导致的情况下，共祖参数（Coancestry coefficient） \Theta可以用于遗传距离的量度，计算为：
:\begin{align}
\Theta_w=\sqrt{\frac{\sum \limits_{l} \sum \limits_{u} (X_u-Y_u)^2}{2\sum \limits_{l} (1-\sum \limits_{u}X_uY_u)}}
\end{align}
参考文献
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