BLOSUM打分矩阵
BLOSUM打分矩阵是一种在生物信息学中用于序列对比的氨基酸替换打分矩阵。BLOSUM 是“blocks substitution matrix”的缩写。它是目前常用的一种氨基酸替换打分矩阵。BLOSUM打分矩阵最早由 Steven Henikoff. 和 J.G Henikoff在他们的论文中被提出。其中，他们从BLOCKS数据库中对那些在高度保守序列中的蛋白质家族进行观察测量进而整理出了氨基酸替换的概率。他们继续使用对数胜算来计算矩…
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共 8 篇文章
BLAST (生物資訊學)
生物信息学中，基本局部比对搜索工具（，缩写：BLAST）是一個用來比對生物序列的一級結構（如不同蛋白質的氨基酸序列或不同基因的DNA序列）的算法。 已知一個包含若干序列的資料庫，BLAST可以讓研究者在其中尋找與其感興趣的序列相同或類似的序列。 例如如果某種非人動物的一個以前未知的基因被發現，研究者一般會在人類基因組中做一個BLAST搜索來確認人類是否包含類似的基因（通過序列的相似性）。BLAST演算法以及實現它的程序由美國國家生物技術…
鲍姆-韦尔奇算法
在电气工程、计算机科学、统计计算和生物信息学中，鲍姆-韦尔奇算法是用于寻找隐马尔可夫模型未知参数的最大期望算法，它利用前向-后向算法来计算E-Step的统计信息。 历史 鲍姆-韦尔奇算法是以其发明者伦纳德·埃绍·鲍姆和劳埃德·理查德·韦尔奇的名字命名的。鲍姆-韦尔奇算法和隐马尔可夫模型在20世纪60年代末和70年代初由鲍姆和他的同事在国防分析研究所的一系列文章中首次描述。HMMs最初主要应用于语音处理领域。20世纪80年代，HMMs开始…
尼德曼-翁施算法
尼德曼-翁施算法（）是基于生物信息学的知识来匹配蛋白序列或者DNA序列的算法。这是将动态算法应用于生物序列的比较的最早期的几个实例之一。该算法是由 Saul B. Needlman和 Christian D. Wunsch 两位科学家于1970年发明的。本算法高效地解决了如何将一个庞大的数学问题分解为一系列小问题，并且从一系列小问题的解决方法重建大问题的解决方法的过程。该算法也被称为优化匹配算法和整体序列比较法。时至今日尼德曼-翁施算法…
Velvet拼接软件
Velvet是处理从头测序（de novo）基因组组装及短读长序列比對的一个算法包。这是使用通过消除错误和化简重复区域而来进行基因组序列组装。 Geneious、、等商业软件包的内部也实现了Velvet。 简介 第二代定序仪 （NGS）的开发增加了很短读长测序的成本效率。使用德布鲁因图来比对的方法符合实际需求，但进一步的开发需要解决错误和重复的问题。 这促使欧洲生物信息研究所的Daniel Zerbino和在英国开发了Velvet。 V…
UPGMA
UPGMA （unweighted pair group method with arithmetic mean）是一種相對簡單的層次聚類方法。這個方法存在另一種變體 WPGMA。這個方法的創始人被認為是Sokal和Michener 。 演算方法 UPGMA 演法構建出一棵有根樹（樹狀圖）表現相似矩陣或相異矩陣中的特徵與結構。在算法裡的每一步，距離最近的兩個集群（子樹）將被組合成一個更高級別的集群。任意兩個集群\mathcal{A}和\…
史密斯-沃特曼算法
）]] 史密斯-沃特曼算法（Smith-Waterman algorithm）是一种进行局部序列比对（相对于全局比对）的算法，用于找出两个核苷酸序列或蛋白质序列之间的相似区域。该算法的目的不是进行全序列的比对，而是找出两个序列中具有高相似度的片段。 该算法由坦普尔·史密斯和迈克尔·沃特曼于1981年提出。史密斯-沃特曼算法是尼德曼-翁施算法的一个变体，二者都是动态规划算法。这一算法的优势在于可以在给定的打分方法下找出两个序列的最优的局部…
邻接法
國立遺傳學研究所學者齋藤成也根據世界上18個人類族群的23種遺傳訊息，以邻接法估算而成的遺傳距離分支图。]] 邻接法（英文：neighbor-joining method；又称 NJ 法），生物信息学术语，是一種用於构建系統發生樹（演化树）的快速聚类方法，由日本遗传学家齋藤成也（平文式罗马字：Saitou Naruya）和日裔美国生物学家根井正利（Nei Masatoshi）二人在1987年創立。使用邻接法構建演化树時，通常需要基於 D…