假單胞菌門
假單胞菌門（学名：Pseudomonadota）旧名變形菌門（学名：Proteobacteria）， 是革兰氏阴性細菌中主要的一門，包括很多病原菌，如大肠杆菌、克雷伯氏菌、沙门氏菌、志贺氏菌、绿脓杆菌、霍乱弧菌、鼠疫杆菌、脑膜炎双球菌、淋球菌、空肠弯曲菌、幽门螺杆菌等著名的属。也有自由生活（非寄生）的種類，包括很多可以進行固氮的細菌。 卡尔·乌斯於1987年建立這個群組，非正式的稱這是“紫細菌及其親屬”。假單胞菌門主要是由核糖體RNA序…
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擬桿菌門
擬桿菌門（学名：Bacteroidota，同义旧名：Bacteroidetes）包括三大類細菌，即擬桿菌綱、黃桿菌綱、鞘脂桿菌綱。它們的相似性體現在核糖體16SRNA。 很多擬桿菌綱的細菌種類生活在人或者動物的腸道中，有些時候成爲病原菌。在糞便中，以細胞數目計，擬桿菌屬是主要微生物種類。 黃桿菌綱主要存在於水生環境中，也會在食物中存在。多數黃桿菌綱細菌對人無害，但腦膜膿毒性金黃桿菌（Chryseobacterium meningosep…
芽孢桿菌門
芽孢杆菌门（学名：），前称为厚壁菌门（学名：），是细菌的一个门，大多数细菌为革兰氏阳性，具有细胞壁结构。 它们有圆形细胞，称为球菌（单数球菌），或棒状形式（杆菌）。一些芽孢杆菌，例如来自阴性球菌纲的巨球形菌属、梳状菌属、月形单胞菌属和嗜发酵菌属，具有多孔的伪外膜，使它们染成革兰氏阴性。许多芽孢杆菌会产生内孢子，这种内孢子耐干燥并能在极端条件下生存。它们存在于各种环境中，该组包括一些值得注意的病原体。属于同一科的阳光杆菌芽孢杆菌通过不产氧…
疣微菌門
疣微菌門（学名：Verrucomicrobiota）是一門被劃出不久的細菌，包括少數幾個被識別的種類，主要被發現於水生和土壤環境，或者人類糞便中。還有很多未被成功培養的種類是和真核宿主共生的，包括一些原生生物的外共生菌和線蟲動物配子中的内共生菌。 疣微菌門生物中的疣微菌屬（Verrucomicrobium）和突柄桿菌屬（Prosthecobacter）具有胞質突出形成的兩個到多個突起，因此得名。它們通過二分裂繁殖。它們的最近類群可能是衣…
熱脫硫桿菌門
{{Automatic taxobox | image = Dvulgaris micrograph.JPG | image_caption = （Nitratidesulfovibrio vulgaris） | taxon = Thermodesulfobacteriota | authority = Garrity & Holt 2021 | subdivision_ranks = 纲 | subdivision = “候选纲级 厌…
藍菌門
藍菌（学名：，）又称藍綠菌、蓝细菌，舊稱藍綠藻（）或蓝藻（），是细菌域藍菌門（学名：）屬下的格兰氏阴性菌，是一类能透過产氧光合作用将光能转化为化学能并生产有机物（如碳水化合物）的自营生物，但其中一些也退化失去了光合能力只依赖異營獲取生存所需的能量。其学名*'，源于其细胞内的感光色素在吸收日光中的红色和部分蓝色光谱后反射出蓝绿混合的青色；“蓝藻”的旧称则是因为其菌落的生物薄膜漂在水面时酷似浮游绿藻——然而作为原核生物，蓝绿菌沒有细胞核和有…
互养菌门
互养菌门（学名：Synergistota）是厌氧菌门，呈革兰氏阴性染色，细胞呈杆状/弧菌状。尽管互养菌门具有双皮层细胞膜，在互养菌门中尚未检测到参与脂多糖生物合成的各种蛋白质的基因，这表明它们可能具有非典型的外部细胞包膜。由于互养菌出现在与疾病相关的部位，因此被认为是机会性病原体，但它们也可以在健康个体的脐部和正常的阴道菌群中找到。该门内的物种也与牙周疾病、胃肠道感染和软组织感染有关。该门的其他物种已被确定为在厌氧消化器中降解污泥产生沼…
放線菌門
放线菌门（学名：Actinomycetota，旧名Actinobacteria）是一類革蘭氏陽性細菌，可棲息於水中或陸地上，雖然一開始被認定為土壤菌，但淡水中的种类可能比陸地上的更豐富，它們具有分支的纖維和孢子，依靠孢子繁殖，表面上和屬於真核生物的真菌類似。曾經由於放线菌的形態，人们認爲它们是介於細菌和黴菌之間的物种，因此原来它们被分類爲「放線菌目」（Actinomycetes）。但因爲放線菌沒有核膜，且細胞壁由肽聚糖組成，和其它細菌一…
支原体门
{{Automatic taxobox | name = 支原体门 | taxon = Mycoplasmatota | authority = Murray 2021 | subdivision_ranks = 纲 | subdivision_ref = 该门的其它名称有软壁菌门、无壁菌门。该门命名于1984年，典型的属包括支原体属（Mycoplasma）螺原体属（Spiroplasma），脲原体属（Ureaplasma）和候选属级植…
奇异球菌门
奇异球菌门（学名：Deinococcota），前称同义词为奇异球菌-栖热菌门（Deinococcus-Thermus），是一门细菌，其中只有唯一一个纲，即奇异球菌纲，对环境危害具有很强的抵抗力，也称为嗜极生物。 这些细菌具有厚的细胞壁，因此使其染色为革兰氏阳性，但它们包含第二层膜，因此在结构上更接近革兰氏阴性细菌。 本門唯一一个纲奇异球菌纲分爲兩個目： 奇异球菌目下级的模式属奇异球菌属（Deinococcus），包括幾個耐輻射的種，並且…
熱微菌門
热微菌门（学名： Thermomicrobiota），其下分级仅有唯一一个纲即热微菌纲（Thermomicrobia）。该纲是一类嗜热绿色非硫细菌。基于对玫瑰色热微菌（Thermomicrobium roseum）菌种（模式种）和嗜热球形杆菌（Sphaerobacter thermophilus）的研究，该细菌类群具有以下描述： 热微菌纲又细分为两个目，该目具有效发表的名称：热微菌目 Thermomicrobiales Garrity …
衣原體門
衣原體門（学名：，异名：Chlamydiae）是一門細菌。它們的生長完全在其它生物的細胞内進行，是專性寄生菌。衣原體原先多被歸入衣原體屬（Chlamydia），隨著分子生物學發展，目前根據系統發育樹分爲四個科。 衣原體門細菌比一般細菌小，有的比病毒小。衣原體門被歸類為革蘭氏陰性菌，具有類似於其他革蘭氏陰性菌的外膜和內膜；最開始，科學界普遍認為衣原體門的細胞壁不含肽聚醣，然而最近已有研究顯示其細胞壁上的確有肽聚醣存在，並成功辨認出幾種蛋白…
產水菌門
產水菌門（学名：Aquificota）包括了一些在多種嚴酷環境條件下生存的細菌，如在熱泉、硫磺池、海底熱泉口等等。其中產水菌屬（Aquifex）中的一些種類可以在85~95℃的環境中繁衍。產水菌門屬於真細菌，但卻是從16S rRNA演化樹中，細菌中最接近古菌和真核生物的一支，而古菌中也存在大量生活在超高溫環境下的種類。 目前產水菌門内部的分類尚無一致意見。 參見 * 細菌分類表
遥远杆状菌门
遥远杆状菌门（学名：Abditibacteriota）是一类广泛存在于地球的极端环境中的革兰氏阴性菌细菌，前称为候选门FBP。根据16S rRNA序列的系统发育分析，该门的成员与装甲菌门最接近。 发现 遥远杆状菌门的第一个16S rRNA序列是在南极洲麦克默多干谷，以地衣为主的隐生岩內生物群落中发现的。而该门的第一个描述物种是乌特斯泰嫩遥远杆状菌，分离于乌特斯泰嫩岭的花岗岩样本，并于2018年正式描述。 生态环境 遥远杆状菌门的序列已在…
硝化螺旋菌門
硝化螺旋菌門（学名：Nitrospirota）是一類革蘭氏陰性細菌。其中的硝化螺旋菌屬（Nitrospira）作爲硝化細菌（Nitrifier），可將亞硝酸鹽氧化成硝酸鹽。 下属分类 本门包括以下纲： 參見 * 細菌分類表