拟珠藻属
*'（学名：Nostochopsis*）是软管藻科的一属蓝藻。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
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软管藻科
软管藻科（学名：Hapalosiphonaceae）为念珠藻目的一科蓝藻。此科的模式属为(Hapalosiphon)。 下级分类 本科包括以下属： 参考文献
鞭鞘藻属
鞭鞘藻属（学名：Mastigocoleus）为软管藻科的一个属。本属的模式种为贝生鞭鞘藻（Mastigocoleus testarum）。 下级分类 本属包括以下物种： 参考文献 * LPSN — The List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
软管藻属
软管藻属（学名：Hapalosiphon）为软管藻科的一属细菌。 下级分类 本属包括以下物种： 参考文献
侧生藻属
*'（学名：Fischerella*）是软管藻科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
链孢藻属
*'（学名：Clastidium*）是软管藻科的一属蓝藻。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
鞭枝藻属
鞭枝藻属（学名：Mastigocladus）为软管藻科的一个属。该属仅层理鞭枝藻1种，是普生性的温泉蓝藻。生长在世界各地的30～70℃温泉中，少见于冷水中。原属于鞭枝藻科（Mastigocladaceae），鞭枝藻科现为软管藻科的异名。 下级分类 本属包括以下物种： 层理鞭枝藻 Mastigocladus laminosus* Cohn 参考文献