蓝菌属
*'（学名：Cyanobium*）为聚球藻菌科的一属。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
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聚球藻菌属
聚球藻菌属（学名：）为聚球藻菌科的一属蓝藻。该属的模式种为细长聚球蓝细菌（Synechococcus elongatus）。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献 * LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
聚球藻菌科
聚球藻菌科（学名：）为聚球藻菌目的一科蓝藻。此科的模式属为聚球藻菌属(Synechococcus)。 下级分类 本科包括以下属： 参考文献 * LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
隐杆藻属
隐杆藻属（学名：Aphanothece）为聚球藻菌科的一属蓝藻。 下级分类 本属包括以下物种： 参考文献
集胞藻属
集胞藻属（学名：Synechocystis）为聚球藻科的一个属。 下级分类 本属包括以下物种： 参考文献
拟丝藻属
拟丝藻属（学名：Johannesbaptistia）为聚球藻科的一个属。 下级分类 本属包括以下物种： 参考文献
棒条藻属
*'（学名：Rhabdoderma*）是聚球藻菌科的一属蓝藻。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
棒胶藻属
*'（学名：Rhabdogloea*）是聚球藻菌科的一属蓝藻。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献