马鞍菌科
**'（学名：）为盘菌目的一科真菌。 下级分类 本科包括以下属： 参考文献
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地菇科
*'（学名：）为盘菌目的一科真菌。为盘菌科（Pezizaceae*）的异名。 下属分类 本科包括以下属： 参考文献
肉盘菌科
**'（学名：）为盘菌目的一科真菌。 下属分类 本科包括以下属： 参考文献
粪盘菌科
**'（学名：Ascobolaceae）为盘菌目的一科真菌。 下属分类 本属包括以下物种： 参考文献
链盘菌科
**'（学名：Ascodesmidaceae）为盘菌目的一科真菌。 下属分类 本科包括以下属： 参考文献
火丝菌科
火丝菌科（学名：Pyronemataceae），是盘菌目下的一个属。 下属分类 本科包括以下属： 参考文献
肉杯菌科
肉杯菌科（学名：Sarcoscyphaceae），是盘菌目下的一个属。 下级分类 本科包括以下属： 参考文献
丽杯盘菌科
*'（学名：）为盘菌目的一科真菌。 下属分类 丽杯盘菌属 Caloscypha Kallistoskypha* 参考文献
煤盘菌科
*'（学名：）为盘菌目的一科真菌。 下属分类 煤盘菌属 Carbomyces Carbomyces emergens Gilkey Carbomyces gilbertsonii N.S. Weber & Trappe Carbomyces longii Gilkey 参考文献
裂杯菌科
*'（学名：）为盘菌目的一科真菌。 下属分类 裂杯菌属 Chorioactis Desmazierella Neournula Pseudosarcosoma Wolfina 参考文献
小窄洞菌科
*'（学名：）为盘菌目的一科真菌。 下属分类 小窄洞菌属 Karstenella Karstenella vernalis* Harmaja 参考文献
根盘菌科
*'（学名：）为盘菌目的一科真菌。 下属分类 Phymatotrichopsis 根盘菌属 Rhizina* 参考文献
平盘菌科
平盘菌科（学名：Discinaceae），是盘菌目下的一科真菌。本科的模式属为平盘菌属（Discina）。 属 平盘菌属 Discina Gymnohydnotrya Gyromitra 腔块菌属 Hydnotrya Pseudorhizina*