竹黄菌科
竹黄菌科（学名：）为格孢菌目的一科真菌。 下属分类 Hypocrella Rubroshiraia * Rubroshiraia bambusae D.Q. Dai & K.D. Hyde 竹黄菌属 Shiraia * 竹黄 Shiraia bambusicola* P. Henn. 参考文献
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龟囊壳科
龟囊壳科（学名：）为格孢菌目的一科真菌。 下属分类 Angustospora Halotestudina Lepidosphaeria Marchaliella Muritestudina Neotestudina Pseudophaeotrichum 龟囊壳属 Testudina Ulospora* 参考文献
曾氏菌科
曾氏菌科（學名：Tzeananiaceae）是子囊菌門座囊菌綱格孢菌目的一個科，為一單型的分類單元，其下僅包含曾氏菌屬（Tzeanania）一個屬，該屬也僅有臺灣曾氏菌（Tzeanania taiwanensis）一個物種，生長在蟲生真菌的子實體上，外形與同目的莖點霉屬真菌類似。2018年分子種系發生學研究將曾氏菌科發表為新科，目前僅知分布於臺灣，為臺灣特有種，模式產地為臺灣南投縣仁愛鄉翠峰，正模標本保存於國立臺灣大學植物病理與微生物學…
高座囊壳科
高座囊壳科（学名：Hypsostromataceae），是格孢菌目下的一个科。 下属分类 高座囊壳属 Hypsostroma Hypsostroma caimitalense Huhndorf Hypsostroma saxicola* Huhndorf 参考資料
黑环壳科
黑环壳科（学名：Halotthiaceae），是格孢菌目下的一个科。 下属分类 黑环壳属 Halotthia Mauritiana Phaeoseptum Pontoporeia Sulcosporium* 参考資料
哈罗鸠勒菌科
哈罗鸠勒菌科（学名：Halojulellaceae），是格孢菌目下的一个科。哈罗鸠勒菌科有哈罗鸠勒菌属唯一一个属。 下属分类 哈罗鸠勒菌属 Halojulella Halojulella avicenniae* (Borse) Suetrong, K.D. Hyde & E.B.G. Jones 参考資料
隐裂壳菌科
隐裂壳菌科（学名：Delitschiaceae），是格孢菌目下的一个属。 下属分类 隐裂壳菌属 Delitschia Ohleriella Pachyspora Semidelitschia 参考資料 * LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
星核衣科
星核衣科（学名：Arthopyreniaceae），是格孢菌目下的一个科。 下属分类 星核衣属 Arthopyrenia Giacominia Jattaeomyces Leiophloea Mycoarthopyrenia Mycociferria 参考資料