水盤菌科
水盤菌科（學名：Vibrisseaceae）是子囊菌門錘舌菌綱柔膜菌目的一個科，於1990年由美國真菌學家定義。截至2008年，本科包含五個屬，共59種物種。本科物種的子囊果呈盤狀或墊狀，囊盤被（exipulum）多為深色、無毛，子囊孢子呈絲狀、透明、且具有多個。多數物種在水中的腐木上行腐生生長，部分物種可能屬於，生長植物根部的細胞中。水盤菌科與柔膜菌目其他類群的親緣關係仍不清楚，但可能與柔膜菌科有關。 下属分类 本科包括以下属： 參考…
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星裂盘菌科
星裂盘菌科（學名：Phacidiaceae）是子囊菌門錘舌菌綱柔膜菌目的一個科。本科物種的子囊果為子囊盤（apothecia），有時隱沒於基質中，常生長於黑色的子座（stromata）之上，由子座中間的細胞發育、開裂而成。子囊孢子呈透明，通常不具，分生孢子為透明、呈圓柱狀、且常附有膠狀物質。本科物種多以針葉樹的葉為基質，行腐生生長，也有部分物種為樹木的病原菌。關於本科物種的分子研究仍少，不過本科有可能不是單系群。2008的一項統計顯示本…
貧盤菌科
貧盤菌科（學名：Hemiphacidiaceae），又譯作绿杯盘菌科、半星裂盤菌科，是子囊菌門錘舌菌綱柔膜菌目的一個科，於1962年由美國真菌學家定義。2008年統計本科共有26種物種，皆分佈於北半球的溫帶地區。本科物種大多沒有子座（stromata），子囊果為較小的子囊盤（apothecia），有時隱沒於基質中，頂部可能稍有膨大，子囊孢子多具有，顏色透明或棕色，營養方式多為腐生，也有少數為針葉樹的病原菌或。分子種系發生學的研究以rDN…
柔膜菌目
柔膜菌目（學名：Helotiales）是子囊菌門錘舌菌綱的一個目。截至2008年，柔膜菌目下有十個科，包含約500個屬，共約4000種物種。柔膜菌目物種的子實體多為盤狀或杯狀的子囊盤（apothecia），多數物種在土壤或腐木上行腐生生長。形成的真菌多屬於此目。另外此目也包含、等植物病原菌。 下属分类 本科包括以下属： ;科的地位未定的属： 參考資料
柔膜菌科
柔膜菌科（学名：Helotiaceae），是柔膜菌目下的一个科。 下属分类 本科包括以下属： 参考資料
胶盘菌科
**'（学名：Gelatinodiscaceae）是柔膜菌目下的一个科。 下属分类 本科包括以下属： 参考文献
晶杯菌科
晶杯菌科（學名：Hyaloscyphaceae）是子囊菌門錘舌菌綱柔膜菌目的一個科，於1932年由瑞典植物學家發表描述。截至2008年，本科包含74個屬，共933種物種，是柔膜菌目中最大的科，子囊盤的直徑多在1毫米以下，顏色鮮豔，且邊緣與下側常有各種形狀的毛。 下级分类 本科包括以下属： 參考資料
核盤菌科
核盤菌科（學名：Sclerotinaceae）是子囊菌門錘舌菌綱柔膜菌目的一科真菌，於1945年由美國真菌學家赫伯特·海斯·怀素定義。傳統上蠟盤菌科的類群也被歸在本科中。分子種系發生學的研究結果顯示柔膜菌目中，蠟盤菌科與核盤菌科、貧盤菌科的親緣關係最接近，前兩者組成一個單系群，三者亦共同組成一個單系群。 下级分类 本科包括以下属： 參考資料
胶陀螺菌科
**'（学名：）为柔膜菌目的一科真菌。 下属分类 本科包括以下属： 参考文献
展盤菌科
展盤菌科（學名：Ascocorticiaceae），又譯作栓皮子囊菌科，是子囊菌門錘舌菌綱柔膜菌目的一個科。於1893年由德國真菌學家描述。本科是一個單型的分類單元，只有展盤菌屬（Ascocorticium）一個屬。本科物種多生長於溫帶地區，在針葉樹的腐木上行腐生生長。 下属分类 本科包括以下属： 參考資料
暗色孢科
暗色孢科（學名：），又稱皮盤菌科，是子囊菌門錘舌菌綱柔膜菌目的一個科，主要都是杯狀的真菌。本科的物種大多數都是植物的病原體。 特征 暗色孢科的菌伞小，是平的或凹的，其子囊果大多数没有伞柄。一般子囊果的颜色是灰棕色或者黑色。一些暗色孢科菌的子囊果沉入在其它职务的组织内。有些菌的子囊果有特殊的开放装置，一般它们有分明柔软的边，有些也明显有毛。囊盤被由多少棕色、很薄，但是细胞壁很粗的等径的细胞组成。子囊之间的膜由简单的侧丝组成。子囊一般是圆柱…
地锤菌科
**'（学名：Cudoniaceae）为柔膜菌目的一科真菌。 下属分类 本科包括以下属： 参考文献
蠟盤菌科
蠟盤菌科（學名：Rutstroemiaceae）是子囊菌門錘舌菌綱柔膜菌目的一個科。本科物種多具有子座（stromata），子囊果為子囊盤（apothecia）、顏色為棕色或綠色、有柄。子囊孢子呈橢球形，多不具，顏色為透明或淺棕色。多分布於溫帶地區，營養方式為腐生。蠟盤菌科的類群傳統上被歸屬於核盤菌科。分子種系發生學的研究結果顯示柔膜菌目中，蠟盤菌科與核盤菌科、貧盤菌科的親緣關係最接近，三者共同組成一個單系群。 下属分类 本科包括以下属…
长孢盘菌科
**'（学名：Godroniaceae）为柔膜菌目的一个科。 下级分类 本科包括以下属： 参考文献
锤舌菌科
锤舌菌科 （学名：Leotiaceae）为柔膜菌目的一科细菌。此科的模式属为锤舌菌属(Leotia)。 下级分类 本科包括以下属： 參考文獻
软盘菌科
软盘菌科（学名：Mollisiaceae）为柔膜菌目的一个科。 下级分类 本科包括以下属： 参考文献
三枝孢属
*'（学名：Triposporium*）是柔膜菌目的一属。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
柱盘孢属
*'（学名：Cylindrosporium）是柔膜菌目下的一个属。柱盘孢属真菌主要危害薯蓣、果树、蔬菜、林木和花卉类植物，引起叶斑病，导致病叶早期脱落。在中国有经济重要性的菌种有：分布于中国13个省区市山药产区、引起山药褐斑病的薯蓣柱盘孢（Cylindrosporium dioscoreae Miyabe & S.Ito），分布普遍，危害严重，发病的叶片出现穿孔和枯死；引起卫矛叶斑病的寒荒柱盘孢（Cylindrosporium frig…
偏盘菌科
**'（学名：Drepanopezizaceae）是柔膜菌目下的一个科。 下属分类 本科包括以下属： 参考文献
假盘菌属
*'（学名：Pseudopeziza*）是柔膜菌目Ploettnerulaceae科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献