尖甲藻科
**'（学名：Oxytoxaceae）是多甲藻目下的一个科。 下属分类 本科包括以下属： 参考文献
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拟多甲藻属
*'（学名：Peridiniopsis*）是拟多甲藻科的一属。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
多甲藻科
**'（学名：Peridiniaceae）是多甲藻目下的一个科。 下属分类 本科包括以下属： 参考文献
原多甲藻科
**'（学名：Protoperidiniaceae）是多甲藻目下的一个科。 下属分类 本科包括以下属： 参考文献
足甲藻科
足甲藻科（学名：）为多甲藻目的一个科。此科的模式属为足甲藻属(Podolampas)。 下级分类 本科包括以下属： 参考文献
螺沟藻属
*'（学名：Spiraulax）是多甲藻目下的一个属。科的地位未定。 下属物种 本属包括以下物种： Spiraulax jolliffei (G.Murray & F.Whitting) Kofoid 柯氏螺沟藻 Spiraulax kofoidii* Graham 参考文献
异帽藻科
*'（学名：Heterocapsaceae）是多甲藻目下的一个科。 下属分类 本科包括以下属： Andreedinium R.Below, 1987 Angustidinium Goodman & Evitt, 1981 异帽藻属 Heterocapsa Stein, 1883 Liasidium W.S.Drugg, 1978 Moesiodinium E.Antonescu, 1975 Ovalicysta T.Bjaerke, 1…