卡薩蒂鯨屬
卡薩蒂鯨（學名：）為已滅絕的鯨魚，來自於 5.1 - 4.5 百萬年前的上新世早期。本屬下目前僅有嗜熱卡薩蒂鯨（C. thermophila）一種，目前發現部分顱骨。卡薩蒂鯨的近親為一角鯨與白鯨，不過卡薩蒂鯨卻發現在較現存一角鯨科棲息區域還要南方的地區，這代表一角鯨科可能起源於較溫暖的海域，再逐漸向較寒冷的海域演化。 卡薩蒂鯨的化石發現於義大利，也是目前唯一發現於地中海盆地的一角鯨科物種。在化石發現地的附近也有發現現存低鰭真鯊與鼬鯊的化…
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怀佩什海豚科
懷佩什海豚科（學名：）為已滅絕的齒鯨小目海豚，生存於漸新世時期的太平洋，也可能包括歐洲及高加索地區。 分類學 懷佩什海豚科最初於1994年與懷佩什海豚屬由福代斯一同發表命名，且當時他認為、、可能也屬於懷佩什海豚科。此外，原先被認為屬於原鯊齒鯨屬的馬氏原鯊齒鯨（"Prosqualodon" marplesi），於2010年的研究中被認為實際上屬於懷佩什海豚科，並成立新屬且更名為。 本科包括以下属： 參考文獻
原鯊齒鯨屬
原鯊齒鯨（Prosqualodon）是已滅絕的鯨魚。 原鯊齒鯨的外觀像現今的齒鯨，且與齒鯨有關。牠長約2.3米，及像海豚。原鯊齒鯨有長的顎骨，牙齒像恆河鱷般向外伸出，就算不張開口也能看到牙齒。牠的口內像早期的鯨魚般有三角牙齒。原鯊齒鯨像現今的鯨魚般有氣孔。
科氏抹香鲸属
*'（学名：Cozzuoliphyseter*）是抹香鲸科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
玫巧豚属
*'（学名：Septemtriocetus*）是鼠海豚科下已滅絕的一个属，化石發現於比利時。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
梅赫林亚河豚
梅赫林亚河豚（學名：Meherrinia），又譯作美赫林豚，是淡水豚已滅絕的一個屬，其化石出土於美國北卡羅萊納州的中新世海相沈積，得名自出土地點的河床，於2012年首次發表。本屬為出土於北美洲的第二個亞河豚科類群，也是該科第一個被發現的海生類群。本屬目前僅有伊氏梅赫林亚河豚（M. isoni）一個種，其種小名來自化石的發現者羅納德·伊森（Ronald Ison）。 描述 梅赫林亚河豚的正模標本為一顱骨與吻突的基部，藏於馬里蘭州的，另外還…
中新鼠海豚属
*'（学名：Miophocaena*），是鼠海豚科下已滅絕的一個屬，化石發現於日本。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
球鯨屬
球鯨屬（），又稱球喙鯨屬，是已滅絕的喙鯨，生存於中新世時期的葡萄牙與西班牙。 球鯨屬的正模標本為收藏於葡萄牙的顱骨化石。球鯨屬最顯著的特徵在於其於吻突上具有一個巨大呈球狀的骨質突出。 參考文獻
匙吻鯨屬
霍克曼匙吻鯨（）是一種已滅絕的齒鯨，目前僅有發現一具標本（編號 NMR-9991-00005362），包含了部分的吻突、上頜骨、前上頜骨及犁骨。化石是於2008年由荷蘭漁民艾伯特·霍克曼在北海上撈捕到，並於2010年由克拉斯·波斯特（Klaas Post）及歐文·科姆潘吉（Erwin J.O. Kompanje）發表命名。匙吻鯨最顯著的特徵在於其吻突上具有膨大如氣球的構造，牠們生存於上新世中期至更新世早期。 參考文獻
托斯特喙鲸属
托斯特喙鲸属（Tusciziphius），是一种已绝种的喙鲸，生活于中新世晚期的葡萄牙和西班牙，以及上新世的意大利和美国。 在非洲也发现过不少其他的喙鲸化石，其中包括小型代表非洲小贝喙鲸（Microberardius africanus)、山达纳伊勒之喙鲸（Ihlengesi saldanhae)，中型代表本加拉翼手喙鲸（Pterocetus benguelae)、好望角中喙鲸（Mesoplodon slangkopi)，大型代表角非喙…
似独角博哈斯卡鲸
似独角博哈斯卡鲸（学名：）是一种生存于上新世早期的一角鯨科鯨魚。2012年发现于佛吉尼亚州和北卡罗来纳州。2012年，这一新物种被 vélez-Juarbe 和 Pyenson 命名，模式種為 Bohaskaia monodontoides。 參考文獻
羽幌鼠海豚属
*'（学名：Haborophocoena*），也称北海道鼠海豚属，是鼠海豚科下已滅絕的一個屬，化石發現於日本。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
扁舟小抹香鲸属
*'（学名：Platyscaphokogia*）是小抹香鲸科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
斯卡尔鲸属
斯卡尔鲸屬是一屬已灭绝的鲸目動物，該屬大部分種類在中新世的歐洲生活，但有少數化石於澳大利亞和紐西蘭發現。因为过去掠食性抹香鲸的化石记录相对匮乏，许多很可能并不相关的牙齿化石都被归入该属，使该属的成为了一个垃圾箱类群，也可能在一定程度上夸大了该属的地理分布。 參考資料
路德海豚属
路德海豚属（学名：Rudicetus)是一种已灭绝的齒鯨，只包含R. squalodontoides一種物種，生存年代為距今1650萬-1800萬年前的中新世。本屬於2001年發表，其來自包含兩件發現於義大利薩蘭托的樣本，其頭骨接近對稱。在肯氏海豚科中，本屬形態與最接近，但體形較小。本屬樣本的發現，確認了肯式海豚亞科（Kentriodontinae）在中新世除了北美洲與日本外，亦分布於地中海地區。 詞源 本屬學名中的Rudiae-來自義…
祖鲸属
祖鯨屬（学名：Patriocetus)，是一种已灭绝的齒鯨，它们生存于渐新世的歐洲。祖鯨第一件化石樣本為1865年於奧地利林茨附近發現的一件P. ehrlichii的部分頭骨，第二件標本為較完整的頭骨，亦發現於林茨，第三件樣本則於1960年發現於哈薩克斯坦西部的曼格斯拉克半島，為接近完整的頭骨，與P. ehrlichii的型態、大小與牙齒數目均不同，被命名為P. kazakhstanicus。 參考資料
巨海豚屬
巨海豚（學名：）為已經滅絕的齒鯨，發現於漸新世晚期（恰特期）的美國加利福尼亞州的海洋沉積層。目前對巨海豚的研究來自於晚漸新世時期美國南加利福尼亞州克恩縣出土的一具破碎顱骨。 生態學 巨海豚為體型大小類似於現存虎鯨的齒鯨，與劍吻古豚為近親，同樣具有類似劍旗魚的劍狀上吻。根據其體型與牙齒大小來判斷，巨海豚可能為當時的頂級掠食者。 參考文獻
劍吻古豚屬
]] 劍吻古豚（Eurhinodelphis）是已滅絕的中新世鯨魚，其化石分佈在法國、比利時及美國加利福尼亞州。 劍吻古豚長約2米，與現今的鼠海豚科有關，可能以回聲定位來獵食。劍吻古豚的上顎延長成尖吻，很像劍魚、旗魚及魚龍的真鼻龍，很可能是用來捕捉獵物。牠們有長及鋒利的牙齒。 劍吻古豚是巨海豚的近親。