果子貍SARS冠狀病毒（Civet SARS-CoV）是感染果子貍的嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV），與感染人類、造成2002年至2003年SARS事件的严重急性呼吸道综合征冠状病毒（SARS-CoV）高度相似，基因組序列相似度約99.8%。由於疫情初期染病的幾名病人都曾在市場中與果子貍接觸，果子貍可能是人類SARS冠狀病毒的直接來源；2003年底中國廣州又有四人染疫，經序列分析發現與果子貍的病毒相似度達99.9%，亦為SARS冠狀病毒由果子貍傳染給人的案例。
後續研究普查中國各地飼養的果子貍，除少數個案外均沒有發現SARS相關病毒，顯示果子貍可能並非SARS冠狀病毒的自然宿主，僅是促使病毒從自然宿主（蝙蝠）散播至人類的中間宿主，且對常接觸果子貍的市場工作人員進行的血清試驗結果發現他們帶有SARS抗體的比率高於一般人群，顯示果子貍可能是SARS冠狀病毒的直接來源。2003年5月，為控制疫情，廣東市場中的果子貍遭到撲殺，直到8月底禁令解除後才重新上架販賣。因疫情再起，廣州市場中的果子貍再次因防疫而遭到撲殺。隔年有研究普查了超過1000隻中國12個省份飼養的果子貍，另有研究調查香港的野生果子貍，皆沒有發現任何個體感染SARS冠狀病毒，前者調查的對象包括河南一處供貨給廣州市場的果子狸農場，在市場中果子貍檢測均為陽性，但河南農場中所有個體均為陰性，顯示果子貍應是在市場才被感染。果子貍作為SARS冠狀病毒的中間宿主，可能提供其逐漸變異的環境，大多數果子貍SARS冠狀病毒刺突蛋白的第479個胺基酸為離胺酸，人類SARS冠狀病毒的這個位點則為天門冬醯胺或絲胺酸，人類的ACE2無法與此位點的離胺酸結合，但果子貍的ACE2可結合離胺酸或天門冬醯胺，因此果子貍病毒可能是SARS從自然宿主傳播給人類的過程中重要的中間型態；另外刺突蛋白的第487個胺基酸在2002年至2003年的病例中均為蘇胺酸，在2003年底的病例以及絕大多數果子貍冠狀病毒中則為絲胺酸，後者與人類ACE2的結合力比前者低了約20倍，僅有一個果子貍病毒的序列在此位點為蘇胺酸，且該序列刺突蛋白的第479個胺基酸為天門冬醯胺，這種少見的胺基酸組合可能對適應人體環境、造成有效率的傳染相當重要。
ORF8
果子貍SARS冠狀病毒在編碼輔助蛋白的ORF8序列中有一段長29nt的插入序列體內的病毒具有此插入序列，絕大多數皆無。
來源
2005年起，許多研究陸續顯示中華菊頭蝠、馬鐵菊頭蝠等多種蝙蝠體內帶有SARS相關病毒，故蝙蝠可能才是SARS冠狀病毒的自然宿主，經由果子貍間接將病毒傳給人類，前者是迄今發現與人類/果子貍的SARS冠狀病毒基因組序列相似度最高的中華菊頭蝠病毒株，但在ORF8的相似度不高；後者則是ORF8與人類/果子貍SARS冠狀病毒高度相似（僅有10個鹼基不同）的馬鐵菊頭蝠病毒株。
演化樹
註腳
參考文獻
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