蝙蝠冠狀病毒HKU3（BtCoV HKU3；Bat-SARS-CoV HKU3）屬嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV），為SARS-CoV相關病毒，在中華菊頭蝠樣本中發現，是第一個在蝙蝠中發現的SARS相關病毒，是首次在蝙蝠樣本中發現SARS相關病毒，此前僅知果子貍、貉與鼬獾帶有SARS病毒。
2010年，又有10個與此三個病毒株相近的新病毒株被發表，即為HKU3-4至HKU3-13，基因組長度介於29677nt至29716nt之間，這些病毒株來自2004年至2008年採集的中華菊頭蝠樣本，其中HKU3-7與HKU3-8來自廣東的個體，其他則來自香港的個體，香港的8個毒株彼此序列非常接近（相似度99.9%），和廣東的毒株相似度則為98.5%，這10個新病毒株與2005年發表的3個病毒株共同組成一個演化支。除HKU3-8外的9個病毒株的ORF8皆與果子狸SARS病毒、HKU3-1、3-2與3-3一樣是一個完整的長開放閱讀框，HKU3-8在此處則有一段長26nt的缺失（在人類SARS病毒29nt缺失的附近），將ORF8分為3個較小的開放閱讀框。
HKU3與許多蝙蝠SARSr-CoV一樣在刺突蛋白的受體結合結構域（receptor binding domain, RBD）有兩段分別長5和12個胺基酸的序列缺失（但不見於WIV1病毒與SHC014病毒）
演化樹
註腳
參考文獻
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