RaTG13病毒（BatCoV RaTG13），是乙型冠狀病毒屬一種感染蝙蝠的病毒，屬於嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV），於2013年在中國雲南墨江通關鎮礦坑中中菊頭蝠（学名：Rhinolophus affinis）的糞便樣本中被發現，最早發表於2016年，原稱RaBtCoV/4991病毒。
發現經過
2012年4月，四名雲南墨江哈尼族自治縣通關鎮的礦工在清理銅礦坑內的蝙蝠糞便後，出現嚴重的呼吸道症狀，他們被送至昆明醫科大學第一附屬醫院治療，醫護人員採集了他們的血液樣本，以PCR與抗體試驗檢測伊波拉病毒、立百病毒與蝙蝠嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒Rp3（SARSr-CoV Rp3），結果均為陰性。研究人員懷疑此四人是被一種未知的病毒感染，便在礦坑內部與周圍採集蝙蝠、鼠類與臭鼩的樣本，帶回實驗室分析後，發現其中含有一些甲型冠狀病毒與副黏液病毒。四人感染的病毒種類至今仍不明{{Notetag|1=2020年研究人員檢測四人的樣本中是否含有嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型（SARS-CoV-2），結果亦為陰性。
2012年至2015年間，中國科學院武漢病毒研究所石正麗的團隊每年均從該礦坑採集一次或兩次蝙蝠糞便樣本，共採得1322件樣本，內含293種冠狀病毒，經序列分析顯示其中284種為甲型冠狀病毒，剩餘9種為乙型冠狀病毒，且均屬嚴重急性呼吸系統綜合症相關冠狀病毒（SARSr-CoV），其中有一於2013年採集自中菊頭蝠糞便的病毒RaBtCoV/4991，於2016年首度發表於《中国病毒学》。2020年，研究人員以此病毒的宿主（中菊頭蝠）的学名、發現地點（通關鎮）的拼音缩写和發現時間（2013年），將RaBtCoV/4991病毒重新命名為RaTG13病毒，與2019年发现的穿山甲冠状病毒相似度为92%。而兩種病毒刺突蛋白的N末端结构域（N-terminal domain, NTD）均有三小段不見於其他SARS相關冠狀病毒（SARSr-CoV）刺突蛋白的插入序列，因此兩種病毒比其他SARSr-CoV病毒的刺突蛋白序列都长一点，且序列与其他SARSr-CoV病毒相似度較低，有細胞實驗結果顯示RaTG13病毒可使用ACE2為受體感染人類細胞，但效率比SARS-CoV-2病毒低。
另外RaTG13病毒也不具有SARS-CoV-2刺突蛋白中S1與S2間可以被弗林蛋白酶切割而增加感染效率的脯胺酸-精胺酸-精胺酸-丙胺酸（PRRA）序列。
演化樹
註腳
參考文獻
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