中華民國與愛沙尼亞共和國於1937—1940年有官方外交關係，但因蘇聯併吞愛沙尼亞而中止。自1991年從蘇聯獨立以來，兩國沒有在對方首都互設具大使館功能的代表機構。目前對愛沙尼亞的相關事務由駐拉脫維亞臺北代表團兼轄。
政治
外交
，即《聯合國大會2758號決議》，愛沙尼亞當時是蘇聯的加盟共和國（愛沙尼亞蘇維埃社會主義共和國），由蘇聯作為主權國家參與投票。]]
1937年12月21日，愛沙尼亞與中華民國簽署《友好條約》，建立公使級的外交關係。
1940年8月6日，因蘇聯佔領愛沙尼亞而中止。
1991年11月8日，中華民國外交部次長章孝嚴訪問愛沙尼亞，與對外經濟關係部長簽署互設貿易代表團協定及經濟合作備忘錄。
1995年6月，中華民國經濟部長江丙坤率團赴瑞士參加蒙太納論壇，期間會見愛沙尼亞總統梅里，並就雙邊經貿關係交換意見。8月，愛沙尼亞前總理拉爾國會議員抵台訪問。
2014年7月15日，中華民國總統夫人周美青以「臺北愛樂管弦樂團」榮譽會長身份訪問愛沙尼亞第2大城塔爾圖。當晚「臺北愛樂管弦樂團」應當地城市「」主辦單位邀請在演出。
2014年7月，中華民國經濟部常務次長卓士昭訪問愛沙尼亞，會見該國經濟暨交通部常務次長Ahti Kuningas、歐盟暨國際合作司司長Martin Roger等人。
2019年4月，愛沙尼亞國會友台小組致函世界衛生組織（WHO）呼籲邀請台灣出席世界卫生大会（WHA）。
2020年1月，台北市長柯文哲訪問愛沙尼亞考察觀摩e化發展。
2021年4月2日，臺灣太魯閣號列車發生事故，造成重大傷亡，愛沙尼亞國防部長表示哀悼。
2023年5月23日，愛沙尼亞衛生部長在WHA表示，各國應促進包容，納入所有夥伴，包括台灣，有意義地參與將有益於全球健康福祉。這是愛沙尼亞首度在WHA聲援台灣。先前，愛沙尼亞國會友台小組以及分別致函WHO幹事長谭德塞，表達支持台灣參與WHA的立場。
2023年8月6日，波羅的海三國的國會外交委員會主席（愛沙尼亞的、立陶宛的帕季格、拉脫維亞的柯理和）共同組團訪台。10日，與總統蔡英文會面。同日，梅馬侃接受台灣中央通訊社採訪，表示返國後將提出雙方互設代表處。
2023年11月3日，愛沙尼亞同意台灣在首都塔林開設臺北經濟文化代表處，但目前仍在討論中。愛沙尼亞外交部長指出「如同許多其他歐洲聯盟國家，愛沙尼亞已準備好接受台北設立非外交的經濟或文化代表處，促進雙方關係。」但強調「愛沙尼亞未承認台灣是一個國家，基於一个中国政策框架，我們將不會與台灣發展政治關係。」薩克納並支持台灣參與涉及全球利益領域的國際事務，例如WHO。11月8日，中華民國外交部長吳釗燮訪問愛沙尼亞，對於設處表示相當樂見，但還須協商包括外交官頭銜、豁免權、職權等細節，並透露也邀請愛沙尼亞來台設處。
2024年1月13日，中華民國總統選舉結束後，波羅的海三國的國會外交委員會主席（愛沙尼亞的梅馬侃、立陶宛的帕季格、拉脫維亞的柯理和）發表聯合聲明，讚揚台灣的總統選舉再次展現民主制度的力量與韌性，堪為印太區域的典範與世界的良善力量。並感謝台灣對區域安全的貢獻，包括協助重建烏克蘭，且在中國未曾間歇的打壓下，仍致力捍衛台海的和平與穩定。
2025年5月19日，愛沙尼亞社會事務部長在WHA表示，全球合作至關重要，因此持續支持台灣參與WHO的活動與會議。
2025年10月，中華民國國防部軍政副部長柏鴻輝訪問愛沙尼亞，期間應「國際防禦及安全中心」（International Centre for Defence and Security）智庫邀請擔任專題演講人。
2025年11月3日，根據《日經亞洲》的報導，台灣在愛沙尼亞首都塔林設立代表處的計劃，因為代表處的名稱爭議而停滯了兩年。台灣希望效法立陶宛模式，使用「台灣代表處」的名稱，而愛沙尼亞則傾向於使用「台北」而非「台灣」，以避免激怒中國。5日，中華民國外交部長林佳龍澄清，愛沙尼亞國會4月16日才修法賦予相互設處的法源，因此是在半年前展開協商至今。
2026年2月1日，愛沙尼亞國會外交委員會主席梅馬侃訪台。
2026年5月19日，愛沙尼亞社會事務部長尤卡蔓在WHA表示，愛沙尼亞持續支持台灣有意義地參與WHO活動與會議。
經濟
貿易
近兩年出口至愛沙尼亞的項目詳見：
近兩年自愛沙尼亞進口的項目詳見：
投資
根據中華民國經濟部投資審議司統計，截至2024年1月，臺商前往愛沙尼亞的投資金額為1,000美元，計有1件；愛沙尼亞赴臺灣的投資金額為11.3萬美元，計有9件。
目前在愛沙尼亞尚無臺商或臺僑組織，亦無臺灣的金融機構。
會展
2011年11月，在臺北舉辦第1屆「臺愛經濟合作會議」。此後在塔林或臺北輪流舉辦，至2021年已舉辦第7屆（有鑑於2019冠状病毒病疫情影響，改為線上會議）。
2017年11月，工業技術研究院董事長李世光率領經濟部「2017年歐洲新創展會參訪及招商團」赴愛沙尼亞考察商機。
2025年5月，台灣卓越無人機海外商機聯盟（TEDIBOA）主席、國防產業發展協會理事長兼漢翔航空工業董事長胡開宏，率領台灣國防產業代表團訪問愛沙尼亞。與愛沙尼亞國防暨航太產業協會（Estonian Defence and Aerospace Industry Association）及愛沙尼亞航空產業聚落（Estonia Aviation Cluster）分別簽署合作備忘錄，開啟兩國在無人機、航太及周邊產業的合作。胡開宏表示，兩國在國防產業合作的契機始於2024年11月，並於2025年2月愛沙尼亞國會友台小組主席率團訪台後進一步深化。
交流
學術
爱沙尼亚学者钢和泰是一名汉学家和东方学家，在中国语言学和藏學等領域均有所研究，在中外文化和学术交流中亦扮演重要的角色。钢和泰在20世纪初發現了清朝宫廷御用的图像学著作《诸佛菩萨圣像赞》，又曾在北京大学和燕京大學執教，與胡適有交情，亦曾與陳寅恪交流切磋。1937年3月16日，於中國北平的德國醫院逝世。
中華民國教育部提供「臺灣獎學金」和「華語文獎學金」給予愛沙尼亞學生申請台灣的大學攻讀學位及學習華語文；中華民國外交部則提供「臺灣獎助金」給予愛沙尼亞學者赴台研究。
協定
簽證
的中華民國國民簽證要求分布圖：入境愛沙尼亞可以「申根區免簽證」。]]
的愛沙尼亞護照之愛沙尼亞國民簽證要求分布圖：入境中華民國可以免簽證。]]
歐洲申根區給予持有載明身分證字號的中華民國護照之中華民國國民可以申根區免簽證入境，停留日數與申根區合併計算，每6個月期間內總計可停留90天。經愛沙尼亞轉機至申根區亦可免簽證。
愛沙尼亞國民持有歐盟護照者也可以免簽證的方式入境中華民國，停留最多90天。
交通
航空
客運
兩國無直航班機，可經由（不計航點遠近，截至2025年9月29日）：
*臺北→伊斯坦堡、巴黎、慕尼黑、法蘭克福、米蘭、阿姆斯特丹、維也納（2026年3月30日復航愛國）、布拉格（季節性飛愛國），再轉機前往愛沙尼亞的塔林倫納特·梅里機場。
注釋
參考資料
參見
*中華民國駐外機構列表
*駐臺灣外交機構列表
*愛沙尼亞駐外機構列表
*
外部連結
*[https://www.mofa.gov.tw/CountryInfo.aspx?CASN=1&n=164&sms=33&s=193 中華民國外交部－愛沙尼亞共和國簡介]
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*[http://www.cieca.org.tw/style/frame/m9/faq.asp?lang=1&customer_id=2998&content_set=color_1&name_id=151617&Directory_ID=3223 中華民國國際經濟合作協會]
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