西側，在清末改署澎湖文官廳署，日治時期就原址興建成澎湖廳憲兵隊，二戰之後憲兵隊建築群被中華民國陸軍澎湖防衛指揮司令部沿用，用途幾經改變，2004年移轉予澎湖縣政府使用。2020年，改建成洪根深美術館，現已開放大眾參觀。]]
澎湖水師協為臺灣清領時期軍事組織，隸屬綠營福建水師的臺灣鎮，始於大清帝國將臺廈道建立的同一年（康熙23年，1684年），迄於光緒12年（1886年）調升為澎湖水師鎮，存在時間達202年。
澎湖水師協最高武官以副將（從二品）為首，其下設左、右兩營，兩營各置游擊一員、守備一員。兵員共2,000人，哨船共36艘，分為十三處汛守。士兵採班兵制度，即來自福建、廣東軍隊論調臺灣，三年一換。乾隆47年（1782年），員額裁減142人，降為1,858人；同治七年（1868年）改制，左、右營裁撤游擊、守備，改由都司統率。
背景
清代軍制
大清帝國版圖約略分為「藩部」與「關內十八省」，後者約同於明帝國舊有版圖，居民以漢族為主，清代沿用明制將漢地行政區分為十八省。而清代在漢地的軍事制度則是參考明代邊防的衛所兵制，另加改編，由於清代地方軍以「營」為基本單位，又以「綠旗」為幟，故泛稱「綠營」。
清廷將漢地十八省境內另劃出十一個軍區，一個軍區橫跨一到三個省不等，軍區的最軍政高長官為「總督」，但有些以省的長官「巡撫」來兼領，以上總督與巡撫皆為文官，不能直接率領綠營的軍隊作戰，一個軍區中綠營最高武官為「提督」，提督雖然能直接指揮綠營作戰，但平時受到文官總督、巡撫的箝制，此外提督也並非坐鎮軍隊的直接管理者。，係臺灣與福建間之橋梁、重要海防區域，是為兵家必爭之地。明万历年間，福建巡抚許孚遠建議在澎湖修建城池，增強防務。入清以後，澎湖海防之重要性並未改變，反而愈顯重要。在臺灣納入清帝國版圖的同一年（康熙23年，1684年），即設置澎湖水師協
班兵制度與歷代沿革
康熙23年（1684年）將原明鄭疆域收入清帝國版圖後，採納福建總督王國安奏議，不直接在臺廈道募兵，從福建綠營抽調兵丁來臺，以三年一期，更替輪換，確立班兵制度，但由於澎湖水域航道複雜，仍募不少當地區居民充員。康熙60年（1721年），臺灣當地爆發朱一貴事件，朝廷調整兵丁輪派政策，澎湖水師協左、右兩營均由內地水師營分兵抽調，三年一換，漸成定-{r|制}-。
乾隆朝
乾隆47年（1782年），澎湖水師協原有2,000名兵丁員額，奉裁142名，又將金門鎮標兵（計596名戰、守兵。
澎湖十三汛
《澎湖紀略》所載康熙朝定制，澎湖水師協左、右兩營配兵2,000名（戰兵、守兵通算），汛兵自兩營抽調而出，派駐澎湖各地汛防計十三處（媽宮新城拆成東汛、西汛）。汛兵為一處常駐兵力，每一汛不時有船隻駐港，船上另配有戰兵，含駕駛哨船人員舵工、繚手、斗手、碇手四項兵丁，按季需輪流巡哨、出海。
媽宮汛位於媽宮澳灣（今馬公港，含文澳地區），因澎湖水師本標、澎湖廳署、倉庫、錢糧以及火藥局皆位於媽宮澳灣，同時民居繁浩，亦為廈門、臺灣商船出入口岸，獨立設媽宮專汛；左營例派戰守兵250名、戰船8艘、專汛官1名（千總或把總），右營例派戰守兵320名、戰船9艘駐防、專汛官亦1名（千總或把總），按季赴往各汛輪流更替。
上表為《澎湖紀略》所述汛防編制，根據林豪《澎湖廳志》敘述，同治朝後推行「裁兵加餉」改革，澎湖各汛兵員額配置時時更易，兵冊亦屢屢改動，直到光緒13年（1887年）才較為穩固，但澎湖水師協已先於光緒12年（1886年）升為澎湖鎮，故不列。
定期巡哨
澎湖水師為熟悉環境、海域，並定期操兵演武，每年皆會安排巡哨，巡哨又分水巡與陸巡，舉凡路線、出巡時程皆有規定，凡參與遊巡的兵丁，出巡一日予一分五釐以為獎勵金。
巡哨日程
康熙朝
同治朝
同治朝因澎湖水師協撤廢游擊以及守備，改設都司，其領航日程也有所調整改變，將每年農曆正月至六月底編為「上班」、七月至十二月底為「下班」；「上班」由副將負責統巡，「下班」拆分成秋季與冬季，秋季由左營都司統巡、冬季則為右營都司統巡：
水巡路線
陸巡路線
相關條目
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注釋
參考資料
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