色球藻目（）是藍藻門藍藻綱的一個目，有害微生物銅綠微囊藻即屬於此目。當水中懸浮物高居不下、溫度上升、氧氣不足、氨氮濃度升高等因素使水質惡化時，這種藻類即會出現。
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色球藻目现有 35个属，250种。绝大多数淡水产。
色球藻目有以下几科：
生境
色球藻目分布极广，在各种生境中都能生存；水生的属种多数营浮游生活，或附着于水体中的物体上；亚气生及气生的属种，多数聚集成各式团块状，粘附在各种基质（如石块、墙壁、树干、藓类以及比较大形的其他藻类植物体或其胶质分泌物）上。
參見
*藍細菌
參考
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