本表以原核生物标准命名列表（LPSN）的分類爲基礎（當前版本2024年1月13日），此分类代表原核生物分類的權威雜誌的分類系統，同时参考美国国家生物技术信息中心分类（NCBI Taxonomy）。但目前其它中文維基分類表可能依照其它標準，請注意其區別。

中文名稱採用慣例（包括網上搜索途徑）以及拉丁名直接意譯，部分參考《細菌名稱》第二版以及中国典型培养物保藏中心（CCTCC），拉丁文意譯參考[https://web.archive.org/web/20050903170150/http://www.bacterio.cict.fr/gender.html 原核生物名稱(英文)]網站。翻譯問題歡迎在原文中添加或者在討論頁中提出。一些分类单元已经更名，但是中文名称却没有更新，本表将沿用其旧名称直至有新名称发布。

本表仅列至科级。

遥远杆状菌门（Abditibacteriota）
遥远杆状菌纲（Abditibacteriia）
#遥远杆状菌目（Abditibacteriales）
##遥远杆状菌科（Abditibacteriaceae）

酸杆菌门（Acidobacteriota）
出芽小链菌纲（Blastocatellia）
#出芽小链菌目（Blastocatellales）
##沙质土微菌科（Arenimicrobiaceae）
##出芽小链菌科（Blastocatellaceae）
##栖火山单胞菌科（Pyrinomonadaceae）
#目未定
##科未定

全噬菌纲（Holophagae）

石鳖杆菌目（Acanthopleuribacterales）

石鳖杆菌科（Acanthopleuribacteraceae）

全噬菌目（Holophagales）

全噬菌科（Holophagaceae）

嗜热香肠状菌目（Thermotomaculales）

嗜热香肠状菌科（Thermotomaculaceae）

目未定

科未定

酸杆菌纲（Terriglobia）
#藓杆菌目（Bryobacterales）
##藓杆菌科（Bryobacteraceae）
#酸杆菌目（Terriglobales）
##酸杆菌科（Acidobacteriaceae）
##科未定

嗜热厌氧杆状菌纲（Thermoanaerobaculia）

嗜热厌氧杆状菌目（Thermoanaerobaculales）

嗜热厌氧杆状菌科（Thermoanaerobaculaceae）

目未定

嗜邻聚杆菌纲（Vicinamibacteria）
#嗜邻聚杆菌目（Vicinamibacterales）
##嗜邻聚杆菌科（Vicinamibacteraceae）

放线菌门（Actinobacteria）
酸微菌纲（Acidimicrobiia）
#酸微菌目（Acidimicrobiales）
##酸微菌科（Acidimicrobiaceae）
##东大应微所菌科（Iamiaceae）
##萤光杆菌科（Ilumatobacteraceae）
#目未定
放线菌纲（Actinomycetes）（高G+C革兰氏阳性菌）
#热酸菌目（Acidothermales）
##热酸菌科（Acidothermaceae）
#放线菌目（Actinomycetales）
##放线菌科（Actinomycetaceae）
##科未定
#双歧杆菌目（Bifidobacteriales）
##双歧杆菌科（Bifidobacteriaceae）
#细链孢菌目（Catenulisporales）
##丛生放线菌科（Actinospicaceae）
##细链孢菌科（Catenulisporaceae）
#隐孢囊菌目（Cryptosporangiales）
##隐孢囊菌科（Cryptosporangiaceae）
#弗兰克氏菌目（Frankiales）
##弗兰克氏菌科（Frankiaceae）
##Vallicoccaceae
#地嗜皮菌目（Geodermatophilales）
##天然洞穴球菌科（Antricoccaceae）
##地嗜皮菌科（Geodermatophilaceae）
#糖霉菌目（Glycomycetales）
##糖霉菌科（Glycomycetaceae）
#居麻疯树菌目（Jatrophihabitantales）
##居麻疯树菌科（Jatrophihabitantaceae）
#姜氏菌目（Jiangellales）
##姜氏菌科（Jiangellaceae）
#動孢菌目（Kineosporiales）
##動孢菌科（Kineosporiaceae）
#北里孢菌目（Kitasatosporales）
##链霉菌科（Streptomycetaceae）
#微球菌目（Micrococcales）
##获山氏菌科（Beutenbergiaceae）
##博戈里亞湖菌科（Bogoriellaceae）
##短杆菌科（Brevibacteriaceae）
##纤维单胞菌科（Cellulomonadaceae）
##去甲基醌菌科（Demequinaceae）
##皮杆菌科（Dermabacteraceae）
##皮生球菌科（Dermacoccaceae）
##嗜皮菌科（Dermatophilaceae）
##间孢囊菌科（Intrasporangiaceae）
##琼斯氏菌科（Jonesiaceae）
##皮球菌科（Kytococcaceae）
##微杆菌科（Microbacteriaceae）
##微球菌科（Micrococcaceae）
##鸟氨酸微菌科（Ornithinimicrobiaceae）
##原小单孢菌科（Promicromonosporaceae）
##稀有杆菌科（Rarobacteraceae）
##阮氏菌科（Ruaniaceae）
##科未定
#小单孢菌目（Micromonosporales）
##小单孢菌科（Micromonosporaceae）
#运动杆菌目（Motilibacterales）
##运动杆菌科（Motilibacteraceae）
#分枝杆菌目（Mycobacteriales）
##棒状杆菌科（Corynebacteriaceae）
##迪茨氏菌科（Dietziaceae）
##戈登氏菌科（Gordoniaceae）
##保罗劳森菌科（Lawsonellaceae）
##分枝杆菌科（Mycobacteriaceae）
##诺卡氏菌科（Nocardiaceae）
##慢反应脂肪酸菌科（Segniliparaceae）
##冢村氏菌科（Tsukamurellaceae）
#中村氏菌目（Nakamurellales）
##中村氏菌科（Nakamurellaceae）
#丙酸杆菌目（Propionibacteriales）
##放线多形菌科（Actinopolymorphaceae）
##克里布所菌科（Kribbellaceae）
##类诺卡氏菌科（Nocardioidaceae）
##丙酸杆菌科（Propionibacteriaceae）
#伪诺卡氏菌目（Pseudonocardiales）
##伪诺卡氏菌科（Pseudonocardiaceae）
#孢鱼菌目（Sporichthyales）
##孢鱼菌科（Sporichthyaceae）
#孢囊菌目（Streptosporangiales）
##拟诺卡氏菌科（Nocardiopsidaceae）
##孢囊菌科（Streptosporangiaceae）
##高温单孢菌科（Thermomonosporaceae）
##特热邦菌科（Treboniaceae）
##科未定

红蝽菌纲（Coriobacteriia）
#Anaerosomatales
##Anaerosomataceae
#红蝽菌目（Coriobacteriales）
##奇异菌科（Atopobiaceae）
##红蝽菌科（Coriobacteriaceae）
##科未定
#伊格尔兹氏菌目（Eggerthellales）
##伊格尔兹氏菌科（Eggerthellaceae）

腈基降解菌纲（Nitriliruptoria）
#生地所杆菌目（Egibacterales）
##生地所杆菌科（Egibacteraceae）
#生地所球菌目（Egicoccales）
##生地所球菌科（Egicoccaceae）
#尤泽比氏菌目（Euzebyales）
##尤泽比氏菌科（Euzebyaceae）
#腈基降解菌目（Nitriliruptorales）
##腈基降解菌科（Nitriliruptoraceae）
#Salsipaludibacterales
##Salsipaludibacteraceae
红色杆菌纲（Rubrobacteria）
#红色杆菌目（Rubrobacterales）
##红色杆菌科（Rubrobacteraceae）

嗜热油菌纲（Thermoleophilia）
#盖亚女神菌目（Gaiellales）
##盖亚女神菌科（Gaiellaceae）
#Miltoncostaeales
##Miltoncostaeaceae
#土壤红杆菌目（Solirubrobacterales）
##长白山菌科（Baekduiaceae）
##Capillimicrobiaceae
##束缚菌科（Conexibacteraceae）
##副束缚菌科（Paraconexibacteraceae）
##小土壤杆菌科（Parviterribacteraceae）
##扩展杆菌科（Patulibacteraceae）
##土壤红杆菌科（Solirubrobacteraceae）
#嗜热油菌目（Thermoleophilales）
##嗜热油菌科（Thermoleophilaceae）

纲未定

目未定

科未定

产水菌门（Aquificota）
产水菌纲（Aquificia）
#产水菌目（Aquificales）
##产水菌科（Aquificaceae）
##热产水菌科（Hydrogenothermaceae）
#硫还原小杆菌目（Desulfurobacteriales）
##硫还原小杆菌科（Desulfurobacteriaceae）

装甲菌门（Armatimonadota）
装甲菌纲（Armatimonadia）
#装甲菌目（Armatimonadales）
##装甲菌科（Armatimonadaceae）
#荚膜单胞菌目（Capsulimonadales）
##荚膜单胞菌科（Capsulimonadaceae）

土地单胞菌纲（Chthonomonadia）
#土地单胞菌目（Chthonomonadales）
##土地单胞菌科（Chthonomonadaceae）

伞单胞菌纲（Fimbriimonadia）
#伞单胞菌目（Fimbriimonadales）
##伞单胞菌科（Fimbriimonadaceae）

纲未定

目未定

科未定

暗黑菌门（Atribacterota）
暗黑菌纲（Atribacteria）
#暗黑菌目（Atribacterales）
##暗黑菌科（Atribacteraceae）

芽孢杆菌门（Bacillota）
芽孢杆菌纲（Bacilli）
#核衣细菌目（Caryophanales）
##脂环酸芽孢杆菌科（Alicyclobacillaceae）
##芽孢杆菌科（Bacillaceae）
##核衣细菌科（Caryophanaceae）
##脱硫芽胞杆菌科（Desulfuribacillaceae）
##李斯特菌科（Listeriaceae）
##类芽孢杆菌科（Paenibacillaceae）
##巴斯德氏菌科（Pasteuriaceae）
##芽孢乳杆菌科（Sporolactobacillaceae）
##葡萄球菌科（Staphylococcaceae）
##热放线菌科（Thermoactinomycetaceae）
##科未定
#乳杆菌目（Lactobacillales）
##气球菌科（Aerococcaceae）
##肉杆菌科（Carnobacteriaceae）
##肠球菌科（Enterococcaceae）
##乳杆菌科（Lactobacillaceae）
##链球菌科（Streptococcaceae）
#目未定
##科未定

梭菌纲（Clostridia）
#真细菌目（Eubacteriales）
##Aristaeellaceae
##热粪杆菌科（Caldicoprobacteraceae）
##克里斯滕森氏菌科（Christensenellaceae）
##梭菌科（Clostridiaceae）
##废水杆菌科（Defluviitaleaceae）
##脱亚硫酸菌科（Desulfitobacteriaceae）
##真细菌科（Eubacteriaceae）
##纤细杆菌科（Gracilibacteraceae）
##太阳杆菌科（Heliobacteriaceae）
##毛螺菌科（Lachnospiraceae）
##颤螺菌科（Oscillospiraceae）
##消化球菌科（Peptococcaceae）
##嗜胨菌科（Peptoniphilaceae）
##消化链球菌科（Peptostreptococcaceae）
##噬蛋白质菌科（Proteinivoracaceae）
##共生小杆菌科（Symbiobacteriaceae）
##互营单胞菌科（Syntrophomonadaceae）
##溪谷杆菌科（Vallitaleaceae）
##解木聚糖杆状菌科（Xylanivirgaceae）
##科未定
#盐厌氧菌目（Halanaerobiales）
##盐厌氧菌科（Halanaerobiaceae）
##盐拟杆菌科（Halobacteroidaceae）
##科未定
#Koleobacterales
##Koleobacteraceae
#盐碱厌氧菌目（Natranaerobiales）
##盐碱厌氧菌科（Natranaerobiaceae）
##Natranaerofabaceae
#热厌氧菌目（Thermoanaerobacterales）
##热厌氧菌科（Thermoanaerobacteraceae）
##热脱硫菌科（Thermodesulfobiaceae）
##赵一章菌科（Zhaonellaceae）
##科未定
#热沉积物菌目（Thermosediminibacterales）
##温暖厌氧杆菌科（Tepidanaerobacteraceae）
##热沉积物菌科（Thermosediminibacteraceae）
#蒂西耶氏菌目（Tissierellales）
##Acidilutibacteraceae
##戈特沙尔克氏菌科（Gottschalkiaceae）
##蒂西耶氏菌科（Tissierellaceae）
#目未定
##科未定

吸血蠓杆菌纲（Culicoidibacteria）
#吸血蠓杆菌目（Culicoidibacterales）
##吸血蠓杆菌科（Culicoidibacteraceae）

丹毒丝菌纲（Erysipelotrichia）
#丹毒丝菌目（Erysipelotrichales）
##粪杆菌科（Coprobacillaceae）
##丹毒丝菌科（Erysipelotrichaceae）
##苏黎世杆菌科（Turicibacteraceae）

湖线菌纲（Limnochordia）
#湖线菌目（Limnochordales）
##湖线菌科（Limnochordaceae）

厚壁菌纲（Negativicutes）
#氨基酸球菌目（Acidaminococcales）
##氨基酸球菌科（Acidaminococcaceae）
#月形单孢菌目（Selenomonadales）
##月形单孢菌科（Selenomonadaceae）
##香蕉孢菌科（Sporomusaceae）
#韦荣氏菌目（Veillonellales）
##韦荣氏菌科（Veillonellaceae）

热石杆菌纲（Thermolithobacteria）
#热石杆菌目（Thermolithobacterales）
##热石杆菌科（Thermolithobacteraceae）

纲未定

目未定

科未定

拟杆菌门（Bacteroidota）
拟杆菌纲（Bacteroidia）
#拟杆菌目（Bacteroidales）
##拟杆菌科（Bacteroidaceae）
##浴室胞菌科（Balneicellaceae）
##巴恩斯氏菌科（Barnesiellaceae）
##营发酵单胞菌科（Dysgonomonadaceae）
##慢生微菌科（Lentimicrobiaceae）
##海丝菌科（Marinifilaceae）
##海滑菌科（Marinilabiliaceae）
##鼠杆状菌科（Muribaculaceae）
##臭气杆菌科（Odoribacteraceae）
##栖泥沼杆菌科（Paludibacteraceae）
##紫单胞菌科（Porphyromonadaceae）
##普雷沃氏菌科（Prevotellaceae）
##伸长杆菌科（Prolixibacteraceae）
##理研菌科（Rikenellaceae）
##盐分枝菌科（Salinivirgaceae）
##坦纳氏菌科（Tannerellaceae）
##Tenuifilaceae
##威廉惠特曼菌科（Williamwhitmaniaceae）
##科未定

噬几丁质菌纲（Chitinophagia）
#噬几丁质菌目（Chitinophagales）
##噬几丁质菌科（Chitinophagaceae）

噬纤维菌纲（Cytophagia）
#噬纤维菌目（Cytophagales）
##贝尔纳代氏菌科（Bernardetiaceae）
##卡特琳娜岛单胞菌科（Catalinimonadaceae）
##印科工杆菌科（Cesiribacteraceae）
##圆杆菌科（Cyclobacteriaceae）
##噬纤维菌科（Cytophagaceae）
##火色杆菌科（Flammeovirgaceae）
##屈挠杆菌科（Flexibacteraceae）
##黄褐杆菌科（Fulvivirgaceae）
##薄层杆菌科（Hymenobacteraceae）
##Mangrovivirgaceae
##居海杆状菌科（Marivirgaceae）
##微颤菌科（Microscillaceae）
##戈登摩尔基金菌科（Mooreiaceae）
##桃色杆菌科（Persicobacteraceae）
##雷尼氏菌科（Raineyaceae）
##赖兴巴赫氏菌科（Reichenbachiellaceae）
##粉红杆状菌科（Roseivirgaceae）
##Shiellaceae
##螺状菌科（Spirosomataceae）
##热屈挠杆菌科（Thermoflexibacteraceae）
##栖热线菌（Thermonemataceae）
##科未定

黄杆菌纲（Flavobacteriia）
#黄杆菌目（Flavobacteriales）
##蟑螂杆状体科（Blattabacteriaceae）
##藏红花黄色线菌科（Crocinitomicaceae）
##冷形菌科（Cryomorphaceae）
##黄杆菌科（Flavobacteriaceae）
##鱼杆菌科（Ichthyobacteriaceae）
##Parvicellaceae
##施莱费尔氏菌科（Schleiferiaceae）
##威克斯氏菌科（Weeksellaceae）
##科未定
#目未定
##科未定

腐败螺旋菌纲（Saprospiria）
#腐败螺旋菌目（Saprospirales）
##赖文氏菌科（Lewinellaceae）
##腐败螺旋菌科（Saprospiraceae）

鞘氨醇杆菌纲（Sphingobacteriia）
#鞘氨醇杆菌目（Sphingobacteriales）
##Aurantibacillaceae
##线杆状菌科（Filobacteriaceae）
##鞘氨醇杆菌科（Sphingobacteriaceae）
##科未定

纲未定

目未定

科未定

巴纽尔斯菌门（Balneolota）
巴纽尔斯菌纲（Balneolia）
#巴纽尔斯菌目（Balneolales）
##巴纽尔斯菌科（Balneolaceae）
##Cyclonatronaceae
##苏尔特菌科（Soortiaceae）

暖丝菌门（Caldisericota）
暖丝菌纲（Caldisericia）
#暖丝菌目（Caldisericales）
##暖丝菌科（Caldisericaceae）

暖发菌门（Calditrichota）
暖发菌纲（Calditrichia）
#暖发菌目（Calditrichales）
##暖发菌科（Calditrichaceae）

纲未定

目未定

科未定

衣原体门（Chlamydiota）
衣原体纲（Chlamydiia）
#衣原体目（Chlamydiales）
##衣原体目（Chlamydiaceae）
##副衣原体科（Parachlamydiaceae）
##芯卡体科（Simkaniaceae）
##华诊体科（Waddliaceae）
##科未定

绿菌门（Chlorobiota）
绿菌纲（Chlorobiia）
#绿菌目（Chlorobiales）
##绿菌科（Chlorobiaceae）

懒杆菌纲（Ignavibacteria）
#懒杆菌目（Ignavibacteriales）
##懒杆菌科（Ignavibacteriaceae）
##超杆菌科（Melioribacteraceae）

绿弯菌门（Chloroflexota）
厌氧绳菌纲（Anaerolineae）
#聚集线菌目（Aggregatilineales）
##聚集线菌科（Aggregatilineaceae）
#厌氧绳菌目（Anaerolineales）
##厌氧绳菌科（Anaerolineaceae）
##科未定
#目未定
##科未定

热链菌纲（Ardenticatenia）
#热链菌目（Ardenticatenales）
##热链菌科（Ardenticatenaceae）

暖绳菌纲（Caldilineae）
#暖绳菌目（Caldilineales）
##暖绳菌科（Caldilineaceae）

绿弯菌纲（Chloroflexia）
#绿弯菌目（Chloroflexales）
##绿弯菌科（Chloroflexaceae）
##颤绿菌科（Oscillochloridaceae）
##红弯曲菌科（Roseiflexaceae）
##科未定
#爬管菌目（Herpetosiphonales）
##爬管菌科（Herpetosiphonaceae）
#细美菌目（Kallotenuales）
##细美菌科（Kallotenuaceae）

脱卤球菌纲（Dehalococcoidia）
#脱卤球菌目（Dehalococcoidales）
##脱卤球菌科（Dehalococcoidaceae）
##科未定

纤线杆菌纲（Ktedonobacteria）
#纤线杆菌目（Ktedonobacterales）
##网状杆菌科（Dictyobacteraceae）
##纤线杆菌科（Ktedonobacteraceae）
##细枝产孢菌科（Ktedonosporobacteraceae）
##Reticulibacteraceae
##热孢丝菌科（Thermosporotrichaceae）
#嗜热芽殖孢菌目（Thermogemmatisporales）
##嗜热芽殖孢菌科（Thermogemmatisporaceae）

温美人菌纲（Tepidiformia）
#温美人菌目（Tepidiformales）
##温美人菌科（Tepidiformaceae）

热弯菌纲（Thermoflexia）
#热弯菌目（Thermoflexales）
##热弯菌科（Thermoflexaceae）

纲未定

目未定

科未定

产金菌门（Chrysiogenota）
产金菌纲（Chrysiogenia）
#产金菌目（Chrysiogenales）
##产金菌科（Chrysiogenaceae）

栖热粪杆菌门（Coprothermobacterota）
栖热粪杆菌纲（Coprothermobacteria）
#栖热粪杆菌目（Coprothermobacterales）
##栖热粪杆菌科（Coprothermobacteraceae）

蓝菌门（Cyanobacteriota）
漢語“藻”字可指多種水生光合產氧生物，包括多枝互不相關的原生生物甚至高等水生植物。但此處仍按照“藻”翻譯此門的細菌，也可依據個人理念將名稱定爲“某菌”或“某藍菌”，但應注意避免與其餘細菌重名。

蓝菌纲（Cyanophyceae）
#Acaryochloridales
##Acaryochloridaceae
##嗜热聚球藻菌科（Thermosynechococcaceae）
#色球藻目（Chroococcales）
##隐杆藻科（Aphanothecaceae）
##色球藻科（Chroococcaceae）
##石囊藻科（Entophysalidaceae）
##双囊藻科（Geminocystaceae）
##真囊球藻科（Gomphosphaeriaceae）
##微囊藻科（Microcystaceae）
##Skujapeltaceae
##科未定
#拟色球藻目（Chroococcidiopsidales）
##拟色球藻科（Chroococcidiopsidaceae）
##科未定
#束鞘藻目（Coleofasciculales）
##束鞘藻科（Coleofasciculaceae）
##威氏藻科（Wilmottiaceae）
#沙丝藻目（Desertifilales）
##沙丝藻科（Desertifilaceae）
#盖丝藻目Geitlerinematales
##盖丝藻科Geitlerinemataceae
#Gloeomargaritales
##Gloeomargaritaceae
#戈芒藻目（Gomontiellales）
##戈芒藻科（Gomontiellaceae）
##Konicacronemataceae
#细鞘丝藻目（Leptolyngbyales）
##细鞘丝藻科（Leptolyngbyaceae）
##新聚球藻菌科（Neosynechococcaceae）
##Trichocoleaceae
#节线藻目（Nodosilineales）
##Cymatolegaceae
##节线藻科（Nodosilineaceae）
#念珠藻目（Nostocales）
##双线藻科（Borzinemataceae）
##眉藻科（Calotrichaceae）
##蒴链藻科（Capsosiraceae）
##绿胶蓝菌科（Chlorogloeopsidaceae）
##Dapisostemonaceae
##Godleyaceae
##软管藻科（Hapalosiphonaceae）
##Heteroscytonemataceae
##节球藻科（Nodulariaceae）
##念珠藻科（Nostocaceae）
##Rhizonemataceae
##胶须藻科（Rivulariaceae）
##伪枝藻科（Scytonemataceae）
##真枝藻科（Stigonemataceae）
##单歧藻科（Tolypotrichaceae）
##科未定
#Oculatellales
##Oculatellaceae
#颤藻目（Oscillatoriales）
##气丝藻科（Aerosakkonemataceae）
##博氏藻科（Borziaceae）
##蓝藻科（Cyanothecaceae）
##葛万藻科（Girvanellaceae）
##须藻科（Homoeotrichaceae）
##Laspinemataceae
##微鞘藻科（Microcoleaceae）
##颤藻科（Oscillatoriaceae）
##席藻科（Phormidiaceae）
##Sirenicapillariaceae
##Vermifilaceae
##科未定
#泥线菌目（Pelonematales）
##泥线菌科（Pelonemataceae）
#宽球藻目（Pleurocapsales）
##水球藻科（Hydrococcaceae）
##蓝枝藻科（Hyellaceae）
##Leuconemataceae
##宽球藻科（Pleurocapsaceae）
##异球藻科（Xenococcaceae）
##科未定
#螺旋藻目（Spirulinales）
##Lusitaniellaceae
##螺旋藻科（Spirulinaceae）
#Thermostichales
##Thermostichaceae
#目未定
##Alternantiaceae
##Camptotrichaceae
##附枝藻科（Epiphytaceae）
##科未定
脱铁杆菌门（Deferribacterota）
脱铁杆菌纲（Deferribacteres）
#脱铁杆菌目（Deferribacterales）
##脱铁杆菌科（Deferribacteraceae）
##Deferrivibrionaceae
##地弧菌科（Geovibrionaceae）

異常球菌門（Deinococcota）
异常球菌纲（Deinococci）
#异常球菌目（Deinococcales）
##异常球菌科（Deinococcaceae）
#栖热菌目（Thermales）
##栖热菌科（Thermaceae）
#特吕珀菌目（Trueperales）
##特吕珀菌科（Trueperaceae）
#目未定
##科未定

网团菌门（Dictyoglomerota）
网团菌纲（Dictyoglomeria）
#网团菌目（Dictyoglomerales）
##网球菌科（Dictyoglomeraceae）

迷踪菌门（Elusimicrobiota）
迷踪菌纲（Elusimicrobia）
#迷踪菌目（Elusimicrobiales）
##迷踪菌科（Elusimicrobiaceae）
#目未定
##科未定

内生微菌纲（Endomicrobiia）
#内生微菌目（Endomicrobiales）
##内生微菌科（Endomicrobiaceae）
##科未定

纤维杆菌门（Fibrobacterota）
几丁质螺菌纲（Chitinispirillia）
#几丁质螺菌目（Chitinispirillales）
##几丁质螺菌科（Chitinispirillaceae）

几丁质弧菌纲（Chitinivibrionia）
#几丁质弧菌目（Chitinivibrionales）
##几丁质弧菌科（Chitinivibrionaceae）

纤维杆菌纲（Fibrobacteria）
#纤维杆菌目（Fibrobacterales）
##纤维杆菌科（Fibrobacteraceae）

梭杆菌门（Fusobacteriota）
梭杆菌纲（Fusobacteriia）
#梭杆菌目（Fusobacteriales）
##梭杆菌科（Fusobacteriaceae）
##Haliovirgaceae
##纤毛菌科（Leptotrichiaceae）

芽单胞菌门（Gemmatimonadota）
芽单胞菌纲（Gemmatimonadia）
#芽单胞菌目（Gemmatimonadales）
##芽单胞菌科（Gemmatimonadaceae）

长微菌纲（Longimicrobiia）
#长微菌目（Longimicrobiales）
##长微菌科（Longimicrobiaceae）

圣诞岛盐菌门（Kiritimatiellota）
圣诞岛盐菌（Kiritimatiellia）
#圣诞岛盐菌（Kiritimatiellales）
##圣诞岛盐菌（Kiritimatiellaceae）
##黑海菌科（Pontiellaceae）
#目未定
##科未定

童第周菌纲（Tichowtungiia）
#童第周菌目（Tichowtungiales）
##童第周菌科（Tichowtungiaceae）

黏胶球形菌门（Lentisphaerota）
黏胶球形菌纲（Lentisphaeria）
#黏胶球形菌目（Lentisphaerales）
##黏胶球形菌科（Lentisphaeraceae）
#食物谷菌目（Victivallales）
##食物谷菌科（Victivallaceae）
#目未定

寡球形菌纲（Oligosphaeria）
#寡球形菌目（Oligosphaerales）
##寡球形菌科（Oligosphaeraceae）

支原体门（Mycoplasmatota）
柔膜菌纲（Mollicutes）
#无胆甾原体目（Acholeplasmatales）
##无胆甾原体科（Acholeplasmataceae）
#厌氧原体目（Anaeroplasmatales）
##厌氧原体科（Anaeroplasmataceae）
#盐浆体目（Haloplasmatales）
##盐浆体科（Haloplasmataceae）
#支原体目（Mycoplasmatales）
##支原体科（Mycoplasmataceae）
##螺原体科（Spiroplasmataceae）
#拟支原体目（Mycoplasmoidales）
##类支原体科（Metamycoplasmataceae）
##拟支原体科（Mycoplasmoidaceae）
#目未定
##科未定

硝化刺菌门（Nitrospinota）
硝化刺菌纲（Nitrospinia）
#硝化刺菌目（Nitrospinales）
##硝化刺菌科（Nitrospinaceae）

纲未定

目未定

科未定

硝化螺旋菌门（Nitrospirota）
硝化螺旋菌纲Nitrospiria
#硝化螺旋菌目Nitrospirales
##硝化螺旋菌科Nitrospiraceae
##科未定

热脱硫弧菌纲（Thermodesulfovibrionia）
#热脱硫弧菌目（Thermodesulfovibrionales）
##Dissulfurispiraceae
##热脱硫弧菌科（Thermodesulfovibrionaceae）

纲未定

目未定

科未定

浮霉菌门（Planctomycetota）
海藻球形菌纲（Phycisphaerae）
#海藻球形菌目（Phycisphaerales）
##海藻球形菌科（Phycisphaeraceae）
#沉积物球形菌目（Sedimentisphaerales）
##厌氧嗜盐球菌科（Anaerohalosphaeraceae）
##沉积物球形菌科（Sedimentisphaeraceae）
#中高温球形菌目（Tepidisphaerales）
##中高温球形菌科（Tepidisphaeraceae）
##科未定

浮霉菌纲（Planctomycetia）
#出芽菌目（Gemmatales）
##出芽菌科（Gemmataceae）
##科未定
#等球菌目（Isosphaerales）
##等球菌科（Isosphaeraceae）
#小梨形菌目（Pirellulales）
##栖湖小梨形菌科（Lacipirellulaceae）
##小梨形菌科（Pirellulaceae）
##嗜热液口滴状菌科（Thermoguttaceae）
#浮霉菌目（Planctomycetales）
##浮霉菌科（Planctomycetaceae）
##科未定

纲未定

目未定

科未定

变形菌门（Pseudomonadota）
酸硫杆状菌纲（Acidithiobacillia）
#酸硫杆状菌目（Acidithiobacillales）
##酸硫杆状菌科（Acidithiobacillaceae）
##热硫杆状菌科（Thermithiobacillaceae）

α-变形菌纲（Alphaproteobacteria）
#柄杆菌目（Caulobacterales）
##柄杆菌科（Caulobacteraceae）
##生丝单胞菌科（Hyphomonadaceae）
##海茎状菌科（Maricaulaceae）
##科未定
#海洋菌保杆菌目（Emcibacterales）
##海洋菌保杆菌科（Emcibacteraceae）
#全孢螺菌目（Holosporales）
##全孢螺菌科（Holosporaceae）
#生丝微菌目（Hyphomicrobiales）
##河口短杆菌科（Aestuariivirgaceae）
##阿菲夫氏菌科（Afifellaceae）
##阿伦斯氏菌科（Ahrensiaceae）
##林杆菌科（Alsobacteraceae）
##无形杆菌科（Amorphaceae）
##臂微菌科（Ancalomicrobiaceae）
##橙单胞菌科（Aurantimonadaceae）
##巴通体科（Bartonellaceae）
##拜叶林克氏菌科（Beijerinckiaceae）
##芽生绿菌科（Blastochloridaceae）
##博斯氏菌科（Boseaceae）
##布罗汉菌科（Breoghaniaceae）
##布鲁氏菌科（Brucellaceae）
##螯合球菌科（Chelatococcaceae）
##黏着杆菌科（Cohaesibacteraceae）
##德沃斯氏菌科（Devosiaceae）
##生丝微菌科（Hyphomicrobiaceae）
##凯斯特亚菌科（Kaistiaceae）
##地衣杆菌科（Lichenibacteriaceae）
##栖地衣菌科（Lichenihabitantaceae）
##甲基杆菌科（Methylobacteriaceae）
##甲基孢囊菌科（Methylocystaceae）
##硝化杆菌科（Nitrobacteraceae）
##背尖贝杆菌科（Notoacmeibacteraceae）
##细小棒菌科（Parvibaculaceae）
##水箱杆菌科（Phreatobacteraceae）
##叶杆菌科（Phyllobacteriaceae）
##多形单胞菌科（Pleomorphomonadaceae）
##假黄杆菌科（Pseudoxanthobacteraceae）
##好气杆菌科（Rhabdaerophilaceae）
##根瘤菌科（Rhizobiaceae）
##红菌科（Rhodobiaceae）
##粉色弓形菌科（Roseiarcaceae）
##盐矿单胞科（Salinarimonadaceae）
##慢生苍白杆菌科（Segnochrobactraceae）
##斯塔普氏菌科（Stappiaceae）
##温暖无形杆菌科（Tepidamorphaceae）
##黄色杆菌科（Xanthobacteraceae）
##科未定
#碘化物单胞菌目（Iodidimonadales）
##碘化物单胞菌科（Iodidimonadaceae）
#柯迪单胞菌目（Kordiimonadales）
##柯迪单胞菌科（Temperatibacteraceae）
#磁球菌目（Magnetococcales）
##磁球菌科（Magnetococcaceae）
#深海弯曲杆菌目（Mariprofundales）
##深海弯曲杆菌科（Mariprofundaceae）
##科未定
#微消化菌目（Micropepsales）
##微消化菌科（Micropepsaceae）
#吴敏菌目（Minwuiales）
##吴敏菌科（Minwuiaceae）
#红细菌目（Rhodobacterales）
##新巨大线菌科（Neomegalonemataceae）
##副球菌科（Paracoccaceae）
##玫瑰杆菌科（Roseobacteraceae）
#红螺菌目（Rhodospirillales）
##醋杆菌科（Acetobacteraceae）
##固氮螺菌科（Azospirillaceae）
##双生球菌科（Geminicoccaceae）
##基尔螺菌科（Kiloniellaceae）
##莱朗杆菌科（Reyranellaceae）
##红螺菌科（Rhodospirillaceae）
##红弧菌科（Rhodovibrionaceae）
##星状菌科（Stellaceae）
##寺崎氏菌科（Terasakiellaceae）
##深海杆状菌科（Thalassobaculaceae）
##海旋菌科（Thalassospiraceae）
##扎瓦尔津氏菌科（Zavarziniaceae）
##科未定
#红海菌目（Rhodothalassiales）
##红海菌科（Rhodothalassiaceae）
#立克次体目（Rickettsiales）
##埃里希氏体科（Ehrlichiaceae）
##立克次体科（Rickettsiaceae）
##科未定
#斯尼斯氏菌目（Sneathiellales）
##斯尼斯氏菌科（Sneathiellaceae）
#鞘脂单胞菌目（Sphingomonadales）
##赤杆菌科（Erythrobacteraceae）
##鞘脂单胞菌科（Sphingomonadaceae）
##鞘氨醇胞菌科（Sphingosinicellaceae）
##发酵单胞菌科（Zymomonadaceae）
##科未定
#目未定
##科未定

β-变形菌纲（Betaproteobacteria）
#伯克氏菌目（Burkholderiales）
##产碱菌科（Alcaligenaceae）
##伯克氏菌科（Burkholderiaceae）
##丛毛单胞菌科（Comamonadaceae）
##草酸杆菌科（Oxalobacteraceae）
##萨特氏菌科（Sutterellaceae）
##科未定
#奈瑟菌目（Neisseriales）
##色杆菌科（Chromobacteriaceae）
##奈瑟菌科（Neisseriaceae）
#亚硝化单胞菌目（Nitrosomonadales）
##嘉利翁氏菌科（Gallionellaceae）
##嗜甲基菌科（Methylophilaceae）
##亚硝化单胞菌科（Nitrosomonadaceae）
##螺菌科（Spirillaceae）
##甾醇杆菌科（Sterolibacteriaceae）
##硫胞菌科（Sulfuricellaceae）
##硫杆菌科（Thiobacillaceae）
##Usitatibacteraceae
#红环菌目（Rhodocyclales）
##固氮捲菌科（Azonexacea）
##河水杆菌科（Fluviibacteraceae）
##红环菌科（Rhodocyclaceae）
##动胶菌科（Zoogloeaceae）
#目未定
##中科院微菌科（Casimicrobiaceae）
##科未定

δ-变形菌纲（Deltaproteobacteria）
#慢生单胞菌目（Bradymonadales）
##慢生单胞菌科（Bradymonadaceae）
##Microvenatoraceae
#铁还原体目（Deferrisomatales）
##铁还原体科（Deferrisomataceae）
#脱硫盒菌目（Desulfarculales）
##脱硫盒菌科（Desulfarculaceae）
#脱硫杆菌目（Desulfobacterales）
##脱硫杆菌科（Desulfobacteraceae）
##脱硫葱状菌科（Desulfobulbaceae）
##Desulfosudaceae
##Thiovibrionaceae
##科未定
#脱硫弧菌目（Desulfovibrionales）
##脱硫盐菌科（Desulfohalobiaceae）
##脱硫微菌科（Desulfomicrobiaceae）
##脱硫盐碱杆菌科（Desulfonatronaceae）
##脱硫弧菌科（Desulfovibrionaceae）
#硫还原菌目（Desulfurellales）
##硫还原菌科（Desulfurellaceae）
#除硫单胞菌目（Desulfuromonadales）
##除硫单胞菌科（Desulfuromonadaceae）
##地杆菌科（Geobacteraceae）
##Syntrophotaleaceae
#硫歧化杆菌目（Dissulfuribacterales）
##硫歧化杆菌科（Dissulfuribacteraceae）
#黏球菌目（Myxococcales）
##厌氧黏杆菌科（Anaeromyxobacteraceae）
##原囊黏菌科（Archangiaceae）
##克夫勒氏菌科（Kofleriaceae）
##黏球菌科（Myxococcaceae）
##侏囊菌科（Nannocystaceae）
##多囊菌科（Polyangiaceae）
##橙色菌科（Sandaracinaceae）
##流行杆菌科（Vulgatibacteraceae）
##科未定
#互营杆菌目（Syntrophobacterales）
##互营菌科（Syntrophaceae）
##互营杆菌科（Syntrophobacteraceae）
#互养棍状菌目（Syntrophorhabdales）
##互养棍状菌科（Syntrophorhabdaceae）
#目未定
##科未定

ε-变形菌（Epsilonproteobacteria）
#弯曲菌目（Campylobacterales）
##弓形菌科（Arcobacteraceae）
##弯曲菌科（Campylobacteraceae）
##螺杆菌科（Helicobacteraceae）
##氢单胞菌科（Hydrogenimonadaceae）
#鹦鹉螺菌目（Nautiliales）
##鹦鹉螺菌科（Nautiliaceae）
#目未定
##反硝化菌科（Nitratiruptoraceae）
##科未定

γ-变形菌纲（Gammaproteobacteria）
#嗜酸铁氧化杆菌目（Acidiferrobacterales）
##嗜酸铁氧化杆菌科（Acidiferrobacteraceae）
#气单胞菌目（Aeromonadales）
##气单胞菌科（Aeromonadaceae）
##琥珀酸弧菌科（Succinivibrionaceae）
#交替单胞菌目（Alteromonadales）
##交替单胞菌科（Alteromonadaceae）
##快泳动单胞菌科（Celerinatantimonadaceae）
##科尔韦氏菌科（Colwelliaceae）
##铁还原单胞菌科（Ferrimonadaceae）
##海源菌科（Idiomarinaceae）
##摩替亚氏菌科（Moritellaceae）
##假交替單胞菌科（Pseudoalteromonadaceae）
##冷单胞菌科（Psychromonadaceae）
##希瓦氏菌科（Shewanellaceae）
##科未定
#砂胞菌目（Arenicellales）
##砂胞菌科（Arenicellaceae）
##科未定
#贝日阿托氏菌目（Beggiatoales）
##无色菌科（Achromatiaceae）
##贝日阿托氏菌科（Beggiatoaceae）
##苛求杆菌科（Fastidiosibacteraceae）
##弗朗西斯菌科（Francisellaceae）
##亮发菌科（Leucotrichaceae）
##鱼立克次氏体科（Piscirickettsiaceae）
#心杆菌目（Cardiobacteriales）
##心杆菌科（Cardiobacteriaceae）
##依格纳季氏菌科（Ignatzschineriaceae）
##牡蛎杆菌科（Ostreibacteriaceae）
#纤维弧菌目（Cellvibrionales）
##纤维弧菌科（Cellvibrionaceae）
##海仙菌科（Halieaceae）
##微泡菌科（Microbulbiferaceae）
##港口球菌科（Porticoccaceae）
##海绵杆菌科（Spongiibacteraceae）
#着色菌目（Chromatiales）
##着色菌科（Chromatiaceae）
##外硫红螺旋菌科（Ectothiorhodospiraceae）
##颗粒状球菌科（Granulosicoccaceae）
##盐红螺旋菌科（Halorhodospiraceae）
##盐硫杆状菌科（Halothiobacillaceae）
##硫喜碱杆菌科（Thioalkalibacteraceae）
##硫碱螺旋菌科（Thioalkalispiraceae）
##深海硫氧化菌科（Thioprofundaceae）
##向文洲菌科（Wenzhouxiangellaceae）
##伍斯氏菌科（Woeseiaceae）
#肠杆菌目（Enterobacterales）
##布杰约维采菌科（Budviciaceae）
##肠杆菌科（Enterobacteriaceae）
##欧文氏菌科（Erwiniaceae）
##哈夫尼亚菌科（Hafniaceae）
##摩根氏菌科（Morganellaceae）
##溶果胶菌科（Pectobacteriaceae）
##耶尔森氏菌科（Yersiniaceae）
#不净土杆菌目（Immundisolibacterales）
##不净土杆菌科（Immundisolibacteraceae）
#军团菌目（Legionellales）
##柯克斯体科（Coxiellaceae）
##军团菌科（Legionellaceae）
##科未定
#溶杆菌目（Lysobacterales）
##溶杆菌科（Lysobacteraceae）
##罗丹诺杆菌科（Rhodanobacteraceae）
#甲基球菌目（Methylococcales）
##泉发菌科（Crenotrichaceae）
##甲基球菌科（Methylococcaceae）
##甲基热菌科（Methylothermaceae）
##科未定
#涅瓦菌目（Nevskiales）
##嗜藻菌科（Algiphilaceae）
##涅瓦菌科（Nevskiaceae）
##咸水球形菌科（Salinisphaeraceae）
##类固醇杆菌科（Steroidobacteraceae）
#海洋螺菌目（Oceanospirillales）
##泥沼杆菌科（Aestuariirhabdaceae）
##食烷菌科（Alcanivoracaceae）
##巴氏丝杆菌科（Balneatricaceae）
##动物内生单胞菌科（Endozoicomonadaceae）
##庆尚大学菌科（Gynuellaceae）
##霍氏菌科（Hahellaceae）
##盐单胞菌科（Halomonadaceae）
##康氏菌科（Kangiellaceae）
##Litorivicinaceae
##嗜苏打小螺菌科（Natronospirillaceae）
##海洋螺菌科（Oceanospirillaceae）
##嗜油菌科（Oleiphilaceae）
##糖螺菌科（Saccharospirillaceae）
##科未定
#孤菌目（Orbales）
##孤菌科（Orbaceae）
##科未定
#巴斯德氏菌目（Pasteurellales）
##巴斯德氏菌科（Pasteurellaceae）
##鹦鹉菌科（Psittacicellaceae）
#假单胞菌目（Pseudomonadales）
##莫拉氏菌科（Moraxellaceae）
##假单胞菌科（Pseudomonadaceae）
##多变单胞菌科（Ventosimonadaceae）
##科未定
#嗜盐硫杆菌目（Thiohalobacterales）
##嗜盐硫杆菌科（Thiohalobacteraceae）
#硫盐杆菌目（Thiohalorhabdales）
##硫盐杆菌科（Thiohalorhabdaceae）
#目未定
##托赛尔氏菌科（Thorselliaceae）
##科未定

嗜氢菌纲（Hydrogenophilia）
#嗜氢菌目（Hydrogenophilales）
##嗜氢菌科（Hydrogenophilaceae）
#目未定
##科未定

寡弯曲菌纲（Oligoflexia）
#贪食杆菌目（Bacteriovoracales）
##贪食杆菌科（Bacteriovoracaceae）
##盐贪食杆菌科（Halobacteriovoracaceae）
#蛭弧菌目（Bdellovibrionales）
##蛭弧菌科（Pseudobdellovibrionaceae）
#寡弯曲菌目（Oligoflexales）
##寡弯曲菌科（Oligoflexaceae）
##假贪食小杆菌科（Pseudobacteriovoracaceae）
#施瓦茨瓦尔德菌目（Silvanigrellales）
##施瓦茨瓦尔德菌目（Silvanigrellaceae）

红嗜热盐菌门（Rhodothermota）
红嗜热盐菌纲（Rhodothermia）
#红嗜热盐菌目（Rhodothermales）
##红嗜热盐菌科（Rhodothermaceae）
##淡红色球菌科（Rubricoccaceae）
##盐场杆菌科（Salinibacteraceae）
##盐刚毛菌科（Salisaetaceae）

螺旋体门（Spirochaetota）
螺旋体纲（Spirochaetia）
#短螺旋体目（Brachyspirales）
##短螺旋体科（Brachyspiraceae）
#Brevinematales
##Brevinemataceae
##Thermospiraceae
#钩端螺旋体目（Leptospirales）
##钩端螺旋体科（Leptospiraceae）
#螺旋体目（Spirochaetales）
##疏螺旋体科（Borreliaceae）
##Breznakiellaceae
##球形发丝菌科（Sphaerochaetaceae）
##螺旋体科（Spirochaetaceae）
##密螺旋体科（Treponemataceae）
#目未定
##科未定

纲未定

目未定

科未定

互养菌门（Synergistota）
互养菌纲（Synergistia）
#互养菌目（Synergistales）
##嗜胺菌科（Aminiphilaceae）
##Aminithiophilaceae
##脱硫代硫酸盐弧菌科（Dethiosulfovibrionaceae）
##互养菌科（Synergistaceae）

纲未定

目未定

Thermosynergistaceae

热脱硫杆菌门（Thermodesulfobacteriota）
热脱硫杆菌纲（Thermodesulfobacteria）
#热脱硫杆菌目（Thermodesulfobacteriales）
##热脱硫杆菌科（Thermodesulfobacteriaceae）

纲未定

目未定

科未定

热微菌门（Thermomicrobiota）
热微菌纲（Thermomicrobia）
#球形杆菌目（Sphaerobacterales）
##球形杆菌科（Sphaerobacteraceae）
#热微菌目（Thermomicrobiales）
##热微菌科（Thermomicrobiaceae）
#目未定
##科未定

热袍菌门（Thermotogota）
热袍菌纲（Thermotogae）
#广宇袍菌目（Kosmotogales）
##广宇袍菌科（Kosmotogaceae）
#中度嗜酸袍菌目（Mesoaciditogales）
##中度嗜酸袍菌科（Mesoaciditogaceae）
#石袍菌目（Petrotogales）
##石袍菌科（Petrotogaceae）
#热袍菌目（Thermotogales）
##高温杆菌科（Fervidobacteriaceae）
##热袍菌科（Thermotogaceae）

疣微菌门（Verrucomicrobiota）
丰祐菌纲（Opitutia）
#丰祐菌目（Opitutales）
##丰祐菌科（Opitutaceae）
##科未定
#紫红球菌目（Puniceicoccales）
##紫红球菌科（Puniceicoccaceae）
#目未定
##科未定

土生微菌纲（Terrimicrobiia）
#土生微菌目（Terrimicrobiales）
##土生微菌科（Terrimicrobiaceae）

疣微菌纲（Verrucomicrobiia）
#疣微菌目（Verrucomicrobiales）
##阿克曼氏菌科（Akkermansiaceae）
##海生红杆菌科（Rubritaleaceae）
##疣微菌科（Verrucomicrobiaceae）

纲未定

淤泥球菌目（Limisphaerales）

Fontisphaeraceae

淤泥球菌科（Limisphaeraceae）

目未定

科未定

註釋