日本神祇列表包括了神道之神、民俗信仰之神及從外國引進融入本土文化之神等，日本人將自然界各種動物、植物、精靈、甚至英雄豪傑死後的靈魂視為神祇。此外日本神話也有所謂「八百萬神」的說法，可見其數目之多。
以下的分法只是簡單的分法，另外也有同一位神以各種不同的名稱記錄在下的情況。（）內的讀法只是一個例子，亦可能有其他念法。又像是命（…のみこと）、尊（…のみこと）、神（…かみ、…のかみ、しん、じん）、權現（ごんげん）、明神（みょうじん）等神號的一部分大致上會予以省略。另者，“柱”也是近代用來計數神佛的量詞。一神教中沒有數神的文化，多神教中也不常見。在《古事記》中可以找到作為量詞的“柱”，但在《日本書紀》中沒有用作量詞。
主要神祇（依漢語拼音排序）
記紀神話的神
（"記紀神話"指《日本書紀》與《古事記》的神話）
B
- 保食神
D
- 大己貴神
- 大物主神
S
- 少童命
T
- 天照大神
- 天目一箇神
Y
- 伊奘諾尊
- 伊奘冉尊
民俗信仰的神
C
- 犬神
D
- 大物忌神
- 稻荷神
H
- 惠比壽
W
- 王子
完整列表（記紀神話的神與民俗信仰的神）（依五十音排序）
（"記紀神話"指《日本書紀》與《古事記》的神話）
あ
い
う
え
お
か
き
く
け
こ
さ
し
す
せ
そ
た行
な行
は行
ま行
や行
ら行
わ行
主要的人神、現人神
日本人
- 青木昆陽
- 安倍晴明
- 在原業平
- 安德天皇：⇒水天宮
- 安閑天皇
- 神變大菩薩（役小角）
- 應神天皇：⇒八幡神
- 上杉謙信
- 大石良雄外
- 大江元就
- 織田信長：⇒第六天魔王波旬
- 弟橘媛
- 小野道風
- 小野篁
- 柿本人麻呂
- 桓武天皇
- 菊池武時
- 菊池武重
- 北畠親房
- 北畠顯家
- 楠木正成（大楠公）
- 楠木正行（小楠公）
- 栗林忠道及硫黃島守備隊
- 繼體天皇
- 坂上苅田麻呂（苅田比古）
- 坂上苅田麻呂之后（苅田比売）
- 坂上田村麻呂
- 高望王
- 西鄉從道
- 佐伯鞍職
- 坂本龍馬
- 佐倉惣五郎
- 三條實美
- 相馬師常
- 早良親王（祟道天皇）
- 聖德太子 聖德太子神社
- 大國豊知主命（島津義久）
- 精矛嚴健雄命（島津義弘）
- 島津齊彬
- 昭和天皇
- 神功皇后：⇒住吉神、八幡神
- 神武天皇
- 崇德天皇：⇒金刀比羅權現
- 天滿大自在天神（太政威德天、天滿神、天神、菅原道真）：⇒火雷大神
- 仙台四郎
- 大正天皇
- 平將門
- 高津姬
- 高杉晉作
- 武田晴信
- 橘周太
- 梅岳靈神（立花道雪）
- 松陰靈神（立花宗茂）
- 玉依姬
- 武振彥命（伊達政宗）
- 東鄉平八郎
- 東照大權現（德川家康）
- 高讓味道根之命（德川光圀）
- 豊國大明神（豊臣秀吉）
- 鍋島直正
- 新田義貞
- 二宮尊德
- 乃木希典
- 平田篤胤
- 廣瀨武夫
- 藤原鎌足
- 藤原秀郷
- 藤原時平
- 藤原師賢
- 前田利家
- 松平慶永
- 水戶光圀
- 多田大權現（源滿仲）
- 源義家
- 源賴光
- 白旗大明神（源賴朝）
- 明治天皇
- 毛利敬親
- 和氣清麿
- 和氣廣蟲
- 山内豊信
- 日本武尊
- 倭姬（やまとひめ）
- 結城宗宏
- 吉田松蔭
- 靖國神社所祭祀的以軍人・軍屬為主的246萬6532柱（2004年10月17日現在）的英靈
外國人
- 關羽
- 高麗若光
- 鄭成功
- 蔣中正（愛知縣幸田町中正神社）
- 媽祖
- 約翰·坎貝爾（靖國神社）；參見常陸丸事件
- 羅伯·柯霍（科霍・北里神社）
- 阿直岐
- 天日槍
- 耶穌
- 聖母瑪利亞
- 玉皇大帝
- 齊天大聖
- 二郎神
- 唐三藏
琉球的神明
- 天帝
- 阿摩美久（日文：あまみく、あまみきよ、しねりきよ、あーまんちゅ）
- 舜天
- 寄居蟹（日文：あーまん）
- 君真物（キンマモン）：琉球神話的最高神
- 彌勒
阿伊努人的神明（阿姆姆）
卡姆伊（）在愛奴語中是指擁有神格的高位之靈的意思。以下的譯名主要為直接音譯（希望有能人可以取更好的譯名）：
- 高坦卡拉卡姆伊（コタンカラカムイ）
- 高坦可羅卡姆伊 / 卡姆伊基卡普（コタンコロカムイ / カムイチカプ）
- 忽利（フリ）
- ：疫病之神
- ：火之女神
- 基姆卡姆伊（キムンカムイ）：山之神；一般是指棕熊。日文也可寫成「キンカムイ」。
- 威恩卡姆伊（ウェンカムイ）：惡之神；一般是指襲擊人類的棕熊。是基姆卡姆伊變成的。
- 雷普卡姆伊（レプンカムイ）：海洋之神；一般是指虎鯨。
- 阿伊努拉克爾（，又名オキクルミ、オキキリムイ）
新宗教／其他的神
- 教派神道系
** 天理王命（てんりおう）＝親神（おやがみ）- 天理教
** 天地金乃神（てんちかね）- 金光教
** 艮之金神（うしとらのこんじん）- 大本教
- 大光明主神（みろくおおみかみ）- 多數的世界救世教系諸教團
- 御親元主真光大御神（みおやもとすまひかりおおみかみ）- 真光系諸教團的大部分
参见
- 日本妖怪列表
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注释
参考文献
外部連結
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