庄文颖氏菌属
*'（学名：Wenyingzhuangia*）为黄杆菌科的一个属。本属以中国科学院院士、中国科学院微生物研究院研究员庄文颖的名字命名。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
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黄胞菌属
*'（学名：Flavicella）是黄杆菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 海洋黄胞菌 Flavicella marina Teramoto & Nishijima, 2015 沉积物黄胞菌 Flavicella sediminum*，沉积黄胞菌 参考文献
栖沉积物杆菌属
*'（学名：Sediminicola*）为黄杆菌科的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
华美菌属
*'（学名：Formosa）是黄杆菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 嗜琼脂华美菌 Formosa agariphila Nedashkovskaya et al., 2006 褐藻华美菌 Formosa algae Ivanova et al., 2004 南极华美菌 Formosa arctica Kwon et al., 2014 Formosa haliotis Tanaka et al., 2015 海境华美菌 F…
假黏着杆菌属
*'（学名：Pseudotenacibaculum）是黄杆菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 鲍假粘着杆菌 Pseudotenacibaculum haliotis Huang et al., 2016，分离自鲍鱼肠道。 参考文献
苏特氏菌属
*'（学名：Joostella）是黄杆菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 海苏特氏菌 Joostella marina Quan et al., 2008 参考文献
中度喜盐杆菌属
*'（学名：Mesohalobacter）是黄杆菌科下的一个属。本属惟一种耐盐中度喜盐杆菌 采集自海水盐田。 下属物种 本属包括以下物种： 耐盐中度喜盐杆菌 Mesohalobacter halotolerans 参考文献
副研站菌属
*'（学名：Paramesonia）是黄杆菌科下的一个属。本属惟一种海洋副研站菌分离自印度洋的深海海水中。 下属物种 本属包括以下物种： 海洋副研站菌 Paramesonia marina 参考文献
考诺尼亚菌属
考诺尼亚菌属（学名：）为黄杆菌科的一个属。革兰性阴性菌、无鞭毛、不运动的杆菌。该属的模式种为鸭考诺尼亚菌（Coenonia anatina）。 下属物种 鸭考诺尼亚菌 Coenonia anatina Vandamme et al. 1999 参考文献 LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature