鞭枝藓属
鞭枝藓属（学名：Isocladiella）为锦藓科的一个属。 物种 本属包括以下物种： Isocladiella flagellifera (Sakurai) S.H.Lin 鞭枝藓 Isocladiella surcularis B.C.Tan & Mohamed, 1990 参考文献
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小水须藓属
小水须藓属（学名：Hydropogonella）为锦藓科的一个属。 物种 本属包括以下物种： Hydropogonella gymnostoma* Cardot, 1895 参考文献
水须藓属
水须藓属（学名：Hydropogon）为锦藓科的一个属。 物种 本属包括以下物种： 缺齿水须藓 Hydropogon gymnostomum* (Schimp.) Mitt. 参考文献
凹叶拟小锦藓属
凹叶拟小锦藓属（学名：Hageniella）为锦藓科的一个属。 物种 本属包括以下物种： 凹叶拟小锦藓 Hageniella micans Hageniella pacifica Broth. 1927 狭尖拟小锦藓 Hageniella sikkimensis* 参考文献
扁锦藓属
扁锦藓属（学名：Glossadelphus）为锦藓科的一个属。 物种 本属包括以下物种： Glossadelphus abortivapicus Hoe 1973 双齿扁锦藓 Glossadelphus bilobatus 锐齿扁锦藓 Glossadelphus glossoides 鼠尾扁锦藓 Glossadelphus julaceus 舌叶扁锦藓 Glossadelphus lingulatus 扁锦藓 Glossadelphus…
丝灰藓属
丝灰藓属（学名：Giraldiella）为锦藓科的一个属。 物种 本属包括以下物种： 丝灰藓 Giraldiella levieri C.Müller, 1898* 参考文献
厚角藓属
厚角藓属（学名：Gammiella）为锦藓科的一个属。 物种 本属包括以下物种： 小厚角藓 Gammiella ceylonensis 平边厚角藓 Gammiella panchienii 厚角藓 Gammiella pterogonioides 狭叶厚角藓 Gammiella tonkinensis 参考文献
疣胞藓属
疣胞藓属（学名：Clastobryum）为锦藓科的一个属。 物种 本属包括以下物种： Clastobryum brevifolium Dixon Clastobryum capillifolium (Dixon) Tixier Clastobryum caudatum Fleischer, 1923 Clastobryum conspicuum Fleischer, 1923 Clastobryum cuculligerum Tixie…
花锦藓属
花锦藓属（学名：Chionostomum）为锦藓科的一个属。 物种 本属包括以下物种： 海南花锦藓 Chionostomum hainanensis 花锦藓 Chionostomum rostratum 参考文献
单疣藓属
单疣藓属（学名：Acanthorrhynchium）为锦藓科的一个属。 物种 本属包括以下物种： Acanthorrhynchium altisetulum Fleischer, 1923 Acanthorrhynchium decolor (Besch.) M.Fleisch. Acanthorrhynchium grosso-papillatum Fleischer, 1923 Acanthorrhynchium loucouben…