扫状菌属
*'（学名：Scopuloides*）是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
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针刺菌属
*'（学名：Mycorrhaphium*）是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
疏伏革菌属
*'（学名：Lyomyces*）是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
残孔菌属
*'（学名：Abortiporus*）是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
小囊孔菌属
*'（学名：Obba）是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 波宽瓶小囊孔菌 Obba rivulosa (Berk. & M.A.Curtis) Miettinen & Rajchenb. Obba valdiviana* (Rajchenb.) Miettinen & Rajchenb. 参考文献
射脉卧孔菌属
*'（学名：Phlebiporia）是皱孔菌科下的一个属。本属由陈佳佳、崔宝凯和戴玉成于2014年设立，目前只有浅黄射脉卧孔菌一种。 下属物种 本属包括以下物种： 浅黄射脉卧孔菌 Phlebiporia bubalina Jia J.Chen, B.K.Cui & Y.C.Dai 参考文献
小肉齿菌属
*'（学名：Sarcodontia*）是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 参考文献
齿孔属
*'（学名：Metuloidea）是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： Metuloidea cinnamomea (Iturr. & Ryvarden) Miettinen & Ryvarden 香味齿孔菌 Metuloidea fragrans (A.David & Tortic) Miettinen 穆氏齿孔菌 Metuloidea murashkinskyi (Burt) Miettinen & Spirin M…
裂齿菌属
*'（学名：Odontia）是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： Odontia chlorina (Cooke) Rick Odontia isabellina Rick Odontia leopoldensis Rick Odontia luteocinerea Rick Odontia matruchotioides Rick Odontia micheneri (Berk.) Rick Odontia sobol…
蜡伏革菌属
*'（学名：Cerocorticium）是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： Cerocorticium calongei Tellería Cerocorticium canariense Manjón & G.Moreno 莫尔蜡伏革菌 Cerocorticium molle (Berk. & M.A.Curtis) Jülich Cerocorticium pseudomucidum (Petch) Jülich …
纹枯状革菌属
*'（学名：Hypochnicium），也称纹革菌属，是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： Hypochnicium albostramineum (Bres.) Hallenb. Hypochnicium aotearoae B.C.Paulus, H.Nilsson & Hallenb. 华南纹革菌 Hypochnicium austrosinense W.M.Qin & L.W.Zhou Hypochnicium …
皱革菌属
*'（学名：Cladoderris）是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 皱革菌 Cladoderris dendritica Cladoderris lugubris Rick Cladoderris platensis Speg. 参考文献
毡被菌属
*'（学名：Spongipellis），也称绵皮孔菌属，是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 非洲毡被菌 Spongipellis africana Ipulet & Ryvarden Spongipellis caseosus (Pat.) Ryvarden Spongipellis chubutensis J.E.Wright & J.R.Deschamps 优美毡被菌 Spongipellis delectans …
柄杯菌属
*'（学名：Podoscypha）是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： Podoscypha aculeata (Berk. & M.A.Curtis) Boidin Podoscypha bolleana (Mont.) Boidin 巴西柄杯菌 Podoscypha brasiliensis D.A.Reid Podoscypha bubalina D.A.Reid 簇生柄杯菌 Podoscypha caespito…
杰氏孔菌属
*'（学名：Jacksonomyces），也称杰克革菌属，是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 粉状杰克革菌 Jacksonomyces furfurellus (Bres.) Sheng H.Wu & Z.C.Chen 假石灰杰氏孔菌 Jacksonomyces pseudocretaceus* Sheng H.Wu & Z.C.Chen 参考文献
拟圆柱菌属
*'（学名：Gyrophanopsis）是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 波兰拟圆柱菌 Gyrophanopsis polonensis (Bres.) Stalpers & P.K.Buchanan Gyrophanopsis zealandica* (G.Cunn.) Jülich 参考文献
刺无乳头菌属
*'（学名：Atheliachaete）是皱孔菌科下的一个属。 下属物种 本属包括以下物种： 乳白刺无乳头菌 Atheliachaete galactites (Bourdot & Galzin) Ţura, Zmitr., Wasser & Spirin 血红刺无乳头菌 Atheliachaete sanguinea* (Fr.) Spirin & Zmitr. 参考文献