9月1日
- 新北市林口區一處紙類鐵皮工廠發生大火。
9月2日
- 台中市政府警察局豐原分局陳姓男警員涉嫌非法利用個人資料，被依違反《個資法》等罪嫌起訴。
- 國慶籌備委員會公布國慶主視覺，依照主委韓國瑜訂立的主題創作，設計核心理念為「以筆為刃，刻劃歷史；以筆為翼，書寫未來」。
9月3日
- 民主進步黨與日本執政黨自由民主黨在台北舉行第6次「2加2會談」，主要議題包含防災、海巡、海底電纜、經濟、經貿、防災、人才培育等方面。
- 臺東地檢署搜索臺東縣警察局，並將涉嫌組織犯罪及洗錢數千萬元的黃姓警員帶回偵訊。
9月4日
- 中國國民黨籍新竹市副議長余邦彥因涉嫌貪污，被新竹地檢署帶回偵訊並聲請羈押。
- 台中火力發電廠發生火警，變電室設備冒煙。
- 臺北市政府警察局北投分局楊姓組長因涉嫌包庇賭博、涉犯貪污罪，被臺北地檢署搜索並通知到案。
- 演員江祖平在8月中及9月初指控三立電視臺員工龔益霆性侵女性演員，士林地檢署因而分案偵辦。三立電視臺資深副總經理龔美富聲明自己信任兒子；電視臺則表示會暫時將龔美富調離現職並配合調查。
9月5日
- 台中市北屯區張姓清潔隊員因涉嫌向清運業者收取賄賂並代為處理廢棄物，台中地檢署帶回11人偵辦，並依貪污等罪聲請羈押張姓隊員等2人獲准。
- 臺北地院裁定因京華城案被羈押的柯文哲和應曉薇分別以新臺幣7000萬元和3000萬元交保，柯文哲表示要再思考，而應曉薇在晚間離開法院。
- 新竹縣新豐掩埋場發生火災。
9月6日
- 新竹都城隍廟舉行竹塹中元城隍祭遶境賑孤活動。
9月7日
- 獲得世界少棒大賽總冠軍的臺北市萬華區東園國民小學少棒隊在臺北市舉行凱旋遊行。
- 臺灣代表隊在英國諾丁漢的世界室外拔河錦標賽女子500公斤組獲得冠軍，達成四連霸。
- 臺中市從傍晚開始降下大雨，造成多處淹水、泥流、圍牆及路樹倒塌、人孔蓋被污水沖開等災害。
9月8日
- 民進黨發言人吳崢及卓冠廷召開記者會表示，盧秀燕在2018年擔任台中市長後，否決林佳龍市府的焚化爐更新計畫，至今台中市大里掩埋場的垃圾量從大約7000公噸增加到34萬公噸，增加將近50倍，佔全台4成，卻沒有任何作為，要求盧秀燕出來面對。
- 因京華城案被羈押的柯文哲以新臺幣7000萬元交保。
- 海洋委員會海巡署在台灣國際造船基隆廠舉行「1000噸級巡防艦第4艘CG1006花蓮艦交船暨第5艘CG1007命名下水聯合典禮」，由副總統蕭美琴主持。
9月9日
- 國民體育日
- 羅一鈞接任衛生福利部疾病管制署署長。
- 海地共和國新任駐台大使潘恩（Roudy Stanley Penn）向總統賴清德呈遞到任國書。
- 「法國-非洲基金會」青年領袖代表團造訪臺灣並與外交部長林佳龍會面。
- 美台商業協會科技訪問團到訪，會見副總統蕭美琴。
- 興達發電廠發生火災，試運轉的新機組起火，不影響供電，無人受傷。
9月10日
- 2025國際半導體展在南港展覽館開展，有17個國家專區。捷克科研創新部長馬雷克·傑尼雪克主持捷克館開幕。德國薩克森邦經濟部長率團訪臺。
- 音樂家馬水龍逝世10週年紀念特展「看見音樂聽見畫」於國家圖書館開幕。
9月11日
- 中國國民黨籍立委顏寬恒被控貪污、偽造文書案二審維持一審判決，貪汙罪處7年10月有期徒刑，褫奪公權3年，沒收犯罪所得108萬餘元，可上訴；偽造文書罪處6月，可易科罰金，不可上訴。
- 花蓮縣光華垃圾掩埋場發生火災，火勢延燒11小時。
- 與英國簽署「台英半導體聯合培力計畫瞭解備忘錄」。
- 中央廣播電臺網站遭駭客入侵，頁面被更換為五星旗。
*台灣綜藝節目人物黃路梓茵宣布與陳漢典結婚。
9月12日
- 臺北高等法院撤銷柯文哲與應曉薇的交保裁定，發回臺北地院更裁，理由是證人尚未詰問完畢。
- 反拆除公館圓環的民眾集結抗議，呼籲臺北市政府停工，並與警方發生衝突。
9月13日
*位於台北市主要幹道基隆路和羅斯福路交岔路口公館圓環的拆除工程，以及其公車專用地下道的填平工程於0時正式展開。
- 美國在台協會表示：《開羅宣言》、《波茨坦公告》及《舊金山和約》皆未決定臺灣的最終政治地位，中國故意扭曲其內容，試圖將臺灣從國際社會中孤立。
9月14日
- 比利時佛拉蒙大區議會議員團訪臺。
9月15日
- 針對台灣地位未定論，美國國務院表達了和美國在台協會相同的立場。
9月16日
- 淡江大橋合龍。
- 以色列國會友台小組主席帶領訪問團來臺，會見總統賴清德、總統府秘書長潘孟安及外交部次長吳志中等人，並洽談雙邊合作。
- 日本台灣交流協會會長隅修三會見總統賴清德、副總統蕭美琴等人。
- 法國參議院友台小組正式代表團訪臺，會見副總統蕭美琴。
- 台中市沙鹿區一名17歲少年以31刀砍殺其女友致死。
9月17日
- 妻夫木聰續任日本地區臺灣觀光代言人。
9月18日
- 臺灣國際航太暨國防工業展於台北南港展覽館舉行，主題為「先進國防、永續飛行、韌性供應鏈、無人未來」，參展廠商超過400家，共來自14個國家。
9月19日
- 新竹縣新豐掩埋場發生火災，火勢延燒8小時。
- 新北市淡水區一名93歲婦人疑似遭棄屍在淡水紅樹林。
9月20日
- 中國國民黨主席選舉首場候選人電視辯論在中天電視舉行，6號候選人卓伯源因未獲邀參加而到場抗議。
- 彰化縣芳苑鄉一處養雞場出現H5N1亞型禽流感疫情，1萬3375隻蛋雞被撲殺。
9月21日
- 颱風樺加沙靠近，中央氣象署發布海上與陸上颱風警報。
9月22日
- 立委王義川召開記者會指控自己在2024年遭到來自凱思國際的人跟蹤9天，對方自稱媒體，卻不是把相關內容做成報導，而是提供給立委徐巧芯，要求徐巧芯說明，並質疑凱思國際和黃國昌的關係。
- 帛琉議長柯奈（Gibson Kanai）率團訪台。
9月23日
- 因應颱風樺加沙來襲，臺東縣、花蓮縣全縣以及高雄市、屏東縣、宜蘭縣部分行政區停止上班上課。臺鐵南迴線、北迴線和台東線18時以前停駛。陸上颱風警報於8時30分解除。
- 南投縣政府在中興新村舉行名間鄉焚化爐環評審查，名間鄉長陳翰立與反對者在場外集結抗議。
- 花蓮縣馬太鞍溪上游的堰塞湖溢流，洪水因而淹沒位於下游的光復鄉市區，沖毀台9線馬太鞍溪橋。截至9月24日17時，溢流致17人死亡、17人失聯、32受傷，光復鄉停水計4,378戶、停電計2,648戶。
9月24日
- 調查局新竹市調查站調查官余正煌因涉嫌勾結竹聯幫進行暴力討債，並利用公務系統查詢個資，被依違反《個人資料保護法》與恐嚇取財罪起訴，求刑3年6月。
- 台北幼兒園性侵案另案宣判，毛畯珅對40名未滿7歲的被害人侵犯及偷拍，一共犯下510罪，累積刑度達3552年，合併應執行30年，併科罰金新台幣5億元。
- 媒體人吳子嘉因涉嫌造謠前行政院長蘇貞昌、前衛福部長陳時中透過採購疫苗貪污，被台北地院判處誹謗罪6月、犯散布文字誹謗罪4月，合併應執行8月有期徒刑，得易科罰金，可上訴。
9月25日
- 台灣設計研究院公布2025金點設計獎年度最佳設計獎入圍名單。
9月26日
- 《鏡報新聞網》獨家報導黃國昌組織偷拍集團跟拍民主進步黨政治人物，被輿論比喻為台版水門案。
9月27日
- 2月爆發氣爆事故的新光三越百貨台中中港店經核准恢復營業。
9月29日
- 臺北市公館圓環完成拆除，改為正交路口。
- 聖克里斯多福及尼維斯、聖露西亞在第80屆聯合國大會總辯論呼籲讓臺灣參與聯合國體系。
9月30日
- 受到黃國昌組織偷拍集團一事影響，菱傳媒結束營運。
- 張淵翔盜用個資案一審宣判，前基隆市政府民政處長張淵翔及前中國國民黨基隆市黨部主委吳國勝等人被判有罪。
- 美國農業部貿易及對外農業事務次長造訪臺灣。
- 巴拉圭環境及永續發展部長巴雷多（Rolando De Barros Barreto）造訪臺灣，與環境部長彭啓明簽署碳權合作備忘錄。
- 奧地利跨黨派國會議員訪問團會見副總統蕭美琴。
參考資料
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