2025年中国足球协会会员协会冠军联赛全国大区赛阶段从2025年4月2日开始至7月6日结束。本届赛事改为南北分区，北区四个赛区：银川、榆林、包头、日照，南区五个赛区：曲靖、兴义、吴川、三水、定南，共九个赛区进行比赛。每个赛区晋级组前两名通过附加赛决出16支球队参加全国总决赛。
参赛资格
根据2025中冠联赛规程，只有组织了8队单循环以上规模地方联赛的中国足协会员协会才能推荐联赛冠军或优胜球队至多4支参加报名，进入2024中冠联赛全国总决赛的球队可由会员协会直接推荐参赛。对于组织中冠联赛预赛特别优秀（联赛层级、联赛周期、参赛队伍、比赛场次、参与人数明显高于标准）的会员协会，可酌情增加1个推荐名额。
境外特邀球队直接准予参赛，其他报名参赛俱乐部由组委会进行评估打分。对于评分不达60分的俱乐部，不予参加2025年中冠联赛。
本赛季共70支球队完成全国大区赛正式报名。经公示和中国足协审查，全部70支球队参加本赛季中冠联赛。中国足协于2025年3月17日进行了70支参赛球队的大区赛分组抽签。3月31日，中国澳门U23队受邀参加中冠联赛。
;南区
{|class=wikitable style=text-align:center;
!style="width:15%" |赛区
比赛时间
!小组
!推荐足协
!俱乐部名称
!参赛资格
|-
| rowspan="8" |曲靖赛区
4月2日至
4月11日
|A1
|云南
|云南爨合
| align="left" |2024年中冠联赛全国总决赛第9名
|-
|A2
|贵州
|贵州开大
| align="left" |
|-
|A3
|四川
|成都顶耀锦城
| align="left" |
|-
|A4
|广西
|南宁东方聚鼎
| align="left" |2024年广西足球超级联赛第4名
|-
|B1
|厦门
|厦门鹭建天成
| align="left" |
|-
|B2
|广西
|广西联合
| align="left" |2024年广西足球超级联赛冠军
|-
|B3
|重庆
|重庆春蕾
| align="left" |
|-
|B4
|贵州
|黔东南苗岭
| align="left" |
|- style="background-color:#AAAAAA; line-height:5pt;"
| colspan="5" |
|-
|-
| rowspan="8" |兴义赛区
5月25日至
6月3日
|C1
|贵州
|黔西南栩烽棠
| align="left" |2024年中冠联赛全国总决赛第6名
|-
|C2
|成都
|四川青年竞技
| align="left" |
|-
|C3
|重庆
|重庆高新猛虎
| align="left" |
|-
|C4
|广州
|广州悦高
| align="left" |2024年广州市足球联赛亚军
|-
|D1
|深圳
|深圳吉祥
| align="left" |
|-
|D2
|重庆
|重庆瀚达
| align="left" |
|-
|D3
|贵州
|贵州飞鹰
| align="left" |
|-
|D4
|四川
|凉山鹫诺
| align="left" |2024年中冠联赛全国总决赛第10名
|-
|L2
|新疆
|新疆金盾
| align="left" |2025年中冠联赛新疆赛区预选赛第5名
|-
|L3
|陕西
|陕西陕安
| align="left" |
|-
|L4
|内蒙古
|呼市绿茵
| align="left" |2024年内蒙古足球超级联赛季军
|- style="background-color:#AAAAAA; line-height:5pt;"
| colspan="5" |
|-
| rowspan="8" |榆林赛区
5月11日至
5月20日
|M1
|陕西
|榆林矿工旅投
| align="left" |
|-
|M2
|新疆
|伊犁天山花海
| align="left" |
|-
|M3
|河北
|保定靴城竞技
| align="left" |2024年河北省足球联赛第4名
|-
|M4
|大连
|大连涵瑀
| align="left" |
|-
|N1
|陕西
|陕西西北青年人
| align="left" |2024年中冠联赛全国总决赛第14名
|-
|N2
|甘肃
|兰州海陆
| align="left" |
|-
|N3
|天津
|天津棣华
| align="left" |
|-
|N4
|河北
|石家庄商承
| align="left" |2024年河北省足球联赛冠军
|- style="background-color:#AAAAAA; line-height:5pt;"
| colspan="5" |
|-
| rowspan="8" |包头赛区
6月7日至
6月16日
|O1
|内蒙古
|内蒙古草上飞
| align="left" |
|-
|O2
|山西
|朔州体校翔宇
| align="left" |
|-
|O3
|山东
|济南泉盛联合
| align="left" |2024年山东省齐鲁足球超级联赛亚军
|-
|O4
|煤矿
|北京通州鹏瑞
| align="left" |
|-
|P1
|山西
|山西太理昌盛
| align="left" |2024年中冠联赛全国总决赛第16名
|-
|P2
|内蒙古
|镶黄旗青年
| align="left" |2025年内蒙古足球超级联赛冠军
|-
|P3
|北京
|北京灵动星空
| align="left" |
|-
|P4
|山东
|临沂红箭
| align="left" |2024年山东省齐鲁足球超级联赛第5名
|- style="background-color:#AAAAAA; line-height:5pt;"
| colspan="5" |
|-
| rowspan="8" |日照赛区
6月6日至
6月15日
|Q1
|山东
|山东球探
| align="left" |2024年山东省齐鲁足球超级联赛第3名
|-
|Q2
|大连
|大连可为
| align="left" |2025年中冠联赛大连赛区资格赛冠军
|-
|Q3
|延边
|延边体校
| align="left" |
|-
|Q4
|青岛
|青岛五月的风
| align="left" |
|-
|R1
|山东
|济南天盛
| align="left" |2024年山东省齐鲁足球超级联赛冠军
|-
|R2
|大连
|大连海青昌隆
| align="left" |
|-
|R3
|黑龙江
|黑龙江龙跃冰城
| align="left" |{{注释|黑龙江龙跃冰城使用了哈尔滨合联胜的资格参赛。
争议
;四川青年竞技“消极比赛”争议
2025年6月20日，中国足协发布通报，称收到相关队伍申诉，经过专家组调查，指6月3日中冠联赛四川青年竞技2比4负于重庆两江瀚达的比赛中，四川青年竞技存在传球次数、成功率上升时，射门次数减少的情形，且两名后卫一对一上抢次数过少；重庆两江瀚达传球数据、禁区内射门次数异常。中国足协因此认定四川青年竞技存在消极比赛行为，决定取消本场比赛结果，取消四川青年竞技比赛资格和中冠大区赛赛区名次，并对四川青年竞技足球俱乐部在中国足协主办比赛范围内禁赛2年、罚款5万元，四川青年竞技的两名官员也被禁止进入体育场12个月。
通报引发四川青年竞技和重庆瀚达两方不满。四川青年竞技声明反驳消极比赛认定，指中国足协“强权霸凌”，拒绝俱乐部申辩陈述、无视比赛阵容轮换需要、曲解数据达到片面认定比赛态度消极的结论。重庆两江瀚达声明称对该处罚决定“深感震惊”和“无法接受”，质疑中国足协仅依靠传球、射门等简单数据作为判断依据，且足协在确定重庆瀚达无违规行为的同时却取消了比赛结果，导致俱乐部位列赛区晋级组第3名，无法晋级下一阶段，有损公平竞赛原则。7月10日，在东亚锦标赛中国0比3负于韩国赛后，四川青年竞技再度发文，称按中国足协的非正常比赛判定标准，中国队也可能存在消极比赛行为。
注释
参考资料
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