這個條目顯示了2006年日本市町村合併的一覽。
1月
*1月1日
**青森縣南津軽郡尾上町+平賀町+碇関村=平川市（新設／市制）
**青森縣三戶郡名川町+南部町+福地村=三戶郡南部町（新設）
**岩手縣花卷市+稗貫郡大迫町+石鳥谷町+和賀郡東和町=花卷市（新設）
**岩手縣二戶市+二戶郡浄法寺町=二戶市（新設）
**岩手縣九戶郡種市町+大野村=九戶郡洋野町（新設）
**宮城縣遠田郡小牛田町+南鄉町=遠田郡美里町（新設）
**福島縣原町市+相馬郡鹿島町+小高町=南相馬市（新設）
**福島縣伊達郡伊達町+梁川町+保原町+霊山町+月舘町=伊達市（新設／市制）
**茨城縣下妻市+結城郡千代川村=下妻市（編入）
**茨城縣水海道市+結城郡石下町=常總市（編入／改称）
**栃木縣鹿沼市+上都賀郡粟野町=鹿沼市（編入）
**群馬縣藤岡市+多野郡鬼石町=藤岡市（編入）
**埼玉縣行田市+北埼玉郡南河原村=行田市（編入）
**埼玉縣深谷市+大里郡岡部町+川本町+花園町=深谷市（新設）
**埼玉縣兒玉郡神川町+神泉村=兒玉郡神川町（新設）
**新潟縣長岡市+栃尾市+三島郡与板町+和島村+寺泊町=長岡市（編入）
**新潟縣五泉市+中蒲原郡村松町=五泉市（新設）
**長野縣大町市+北安曇郡八坂村+美麻村=大町市（編入）
**長野縣下伊那郡阿智村+浪合村=下伊那郡阿智村（編入）
**岐阜縣岐阜市+羽島郡柳津町=岐阜市（編入）
**愛知縣岡崎市+額田郡額田町=岡崎市（編入）
**三重縣津市+久居市+安芸郡河芸町+芸濃町+美里村+安濃町+一志郡香良洲町+一志町+白山町+美杉村=津市（新設）
**三重縣多氣郡多氣町+勢和村=多氣郡多氣町（新設）
**滋賀縣東近江市+蒲生郡蒲生町+神崎郡能登川町=東近江市（編入）
**京都府福知山市+天田郡三和町+夜久野町+加佐郡大江町=福知山市（編入）
**京都府北桑田郡美山町+船井郡園部町+八木町+日吉町=南丹市（新設／市制）
**奈良縣宇陀郡大宇陀町+菟田野町+榛原町+室生村=宇陀市（新設／市制）
**和歌山縣海草郡野上町+美里町=海草郡紀美野町（新設）
**和歌山縣有田郡吉備町+金屋町+清水町=有田郡有田川町（新設）
**香川縣三豊郡高瀨町+山本町+三野町+豐中町+詫間町+仁尾町+財田町=三豐市（新設／市制）
**高知縣高岡郡中土佐町+大野見村=高岡郡中土佐町（新設）
**佐賀縣唐津市+東松浦郡七山村=唐津市（編入）
**佐賀縣藤津郡塩田町+嬉野町=嬉野市（新設／市制）
**長崎縣島原市+南高来郡有明町=島原市（編入）
**長崎縣松浦市+北松浦郡福島町+鷹島町=松浦市（新設）
**宮崎縣宮崎市+宮崎郡田野町+佐土原町+東諸縣郡高岡町=宮崎市（編入）
**宮崎縣都城市+北諸縣郡山之口町+高城町+山田町+高崎町=都城市（新設）
**宮崎縣東臼杵郡南鄉村+西鄉村+北鄉村=東臼杵郡美鄉町（新設／町制）
**鹿兒島縣鹿屋市+曾於郡輝北町+肝属郡串良町+吾平町=鹿屋市（新設）
**鹿兒島縣指宿市+揖宿郡山川町+開聞町=指宿市（新設）
**鹿兒島縣曾於郡松山町+志布志町+有明町=志布志市（新設／市制）
**沖繩縣島尻郡玉城村+知念村+佐敷町+大里村=南城市（新設／市制）
**沖縄縣島尻郡東風平町+具志頭村=島尻郡八重瀨町（新設）
*1月4日
**福島縣喜多方市+耶麻郡熱塩加納村+塩川町+山都町+高鄉村=喜多方市（新設）
**長崎縣長崎市+西彼杵郡琴海町=長崎市（編入）
*1月10日
**岩手縣盛岡市+岩手郡玉山村=盛岡市（編入）
**栃木縣河内郡南河内町+下都賀郡石橋町+国分寺町=下野市（新設／市制）
**埼玉縣本庄市+兒玉郡兒玉町=本庄市（新設）
**三重縣多氣郡大台町+宮川村=多氣郡大台町（新設）
**三重縣南牟婁郡紀宝町+鵜殿村=南牟婁郡紀宝町（新設）
**廣島縣尾道市+因島市+豊田郡瀬戸田町=尾道市（編入）
**香川縣高松市+木田郡牟礼町+庵治町+香川郡香川町+香南町+綾歌郡国分寺町=高松市（編入）
**福岡縣築上郡椎田町+築城町=築上郡築上町（新設）
*1月23日
**群馬縣高崎市+群馬郡倉渕村+箕鄉町+群馬町+多野郡新町=高崎市（編入）
**千葉縣八日市場市+匝瑳郡野栄町=匝瑳市（新設）
**岐阜縣多治見市+土岐郡笠原町=多治見市（編入）
2月
*2月1日
**北海道上磯郡上磯町+龜田郡大野町=北斗市（新設／市制）
**埼玉縣比企郡都幾川村+玉川村=比企郡都幾川町（新設／町制）
**石川縣輪島市+鳳珠郡門前町=輪島市（新設）
**福井縣福井市+足羽郡美山町+丹生郡越廼村+清水町=福井市（編入）
**愛知縣豐川市+宝飯郡一宮町=豊川市（編入）
*2月6日
**北海道廣尾郡忠類村+中川郡幕別町=中川郡幕別町（編入）
*2月11日
**兵庫縣洲本市+津名郡五色町=洲本市（新設）
**福岡縣鞍手郡宮田町+若宮町=宮若市（新設／市制）
*2月13日
**福井縣吉田郡松岡町+永平寺町+上志比村=吉田郡永平寺町（新設）
**滋賀縣長濱市+東浅井郡浅井町+枇杷町=長濱市（新設）
**滋賀縣愛知郡秦莊町+愛知川町=愛知郡愛莊町（新設）
*2月20日
**岩手縣水澤市+江刺市+胆澤郡前澤町+胆澤町+衣川村=奥州市（新設）
**茨城縣土浦市+新治郡新治村=土浦市（編入）
**群馬縣澀川市+勢多郡北橘村+赤城村+北群馬郡子持村+小野上村+伊香保町=涩川市（新設）
**山梨縣東八代郡豊富村+中巨摩郡玉穂町+田富町=中央市（新設／市制）
**宮崎縣延岡市+東臼杵郡北方町+北浦町=延岡市（編入）
*2月25日
**宮崎縣日向市+東臼杵郡東鄉町=日向市（編入）
*2月27日
**青森縣弘前市+中津軽郡岩木町+相馬村=弘前市（新設）
**熊本縣菊池郡合志町+西合志町=合志市（新設／市制）
3月
*3月1日
**北海道伊達市+有珠郡大瀧村=伊達市（編入）
**北海道沙流郡日高町+門別町=沙流郡日高町（新設）
**青森縣上北郡百石町+下田町=上北郡奥入濑町（新設）
**山梨縣甲府市+東八代郡中道町+西八代郡上九一色村（梯、古關地区）=甲府市（編入）
**山梨縣西八代郡上九一色村（富士嶺、本栖、精進地区）+南都留郡富士河口湖町=南都留郡富士河口湖町（編入）
**京都府与謝郡加悦町+岩瀧町+野田川町=与謝郡与謝野町（新設）
**和歌山縣橋本市+伊都郡高野口町=橋本市（新設）
**和歌山縣西牟婁郡白濱町+日置川町=西牟婁郡白濱町（新設）
**岡山縣和氣郡佐伯町+和氣町=和氣郡和氣町（新設）
**廣島縣福山市+深安郡神邊町=福山市（編入）
**德岛县三好郡三野町+池田町+山城町+井川町+東祖谷山村+西祖谷山村=三好市（新設／市制）
**徳島縣三好郡三好町+三加茂町=三好郡东三好町（新設）
**高知縣香美郡赤岡町+香我美町+野市町+夜須町+吉川村=香南市（新設／市制）
**高知縣香美郡土佐山田町+香北町+物部村=香美市（新設／市制）
**佐賀縣武雄市+杵島郡山内町+北方町=武雄市（新設）
**佐賀縣神埼郡三田川町+東脊振村=神埼郡吉野里町（新設）
**佐賀縣西松浦郡有田町+西有田町=西松浦郡有田町（新設）
**熊本縣玉名郡菊水町+三加和町=玉名郡和水町（新設）
*3月3日
**福井縣遠敷郡名田庄村+大飯郡大飯町=大飯郡大饭町（新設）
*3月5日
**北海道北見市+常呂郡端野町+留辺蘂町+常呂町=北見市（新設）
*3月6日
**岩手縣久慈市+九戸郡山形村=久慈市（新設）
**長野縣上田市+小縣郡丸子町+真田町+武石村=上田市（新設）
**福岡縣田川郡金田町+赤池町+方城町=田川郡福智町（新設）
*3月13日
**鹿兒島縣出水市+出水郡野田町+高尾野町=出水市（新設）
*3月15日
**山梨縣北杜市+北巨摩郡小淵澤町=北杜市（編入）
*3月18日
**群馬縣安中市+碓氷郡松井田町=安中市（新設）
*3月19日
**茨城縣笠間市+西茨城郡友部町+岩間町=笠間市（新設）
*3月20日
**北海道枝幸郡枝幸町+歌登町=枝幸郡枝幸町（新設）
**秋田縣山本郡琴丘町+山本町+八龍町=山本郡三種町（新設）
**福島縣南会津郡田島町+舘岩村+伊南村+南鄉村=南会津郡南会津町（新設）
**栃木縣日光市+今市市+上都賀郡足尾町+塩谷郡栗山村+藤原町=日光市（新設）
**千葉縣安房郡富浦町+富山町+三芳村+白濱町+千倉町+丸山町+和田町=南房總市（新設／市制）
**神奈川縣相模原市+津久井郡津久井町+相模湖町=相模原市（編入）
**新潟縣燕市+西蒲原郡分水町+吉田町=燕市（新設）
**福井縣坂井郡三国町+丸岡町+春江町+坂井町=坂井市（新設／市制）
**愛知縣西春日井郡師勝町+西春町=北名古屋市（新設／市制）
**滋賀縣大津市+滋賀郡志賀町=大津市（編入）
**兵庫縣加東郡社町+瀧野町+東条町=加東市（新設／市制）
**山口縣岩国市+玖珂郡由宇町+玖珂町+本鄉村+周東町+錦町+美川町+美和町=岩国市（新設）
**德岛县阿南市+那賀郡那賀川町+羽浦町=阿南市（編入）
**香川縣仲多度郡琴南町+滿濃町+仲南町=仲多度郡满浓町（新設）
**高知縣高岡郡窪川町+幡多郡大正町+十和村=高岡郡四万十町（新設）
**高知縣幡多郡佐賀町+大方町=幡多郡黑潮町（新設）
**福岡縣甘木市+朝倉郡杷木町+朝倉町=朝倉市（新設）
**福岡縣京都郡犀川町+勝山町+豊津町=京都郡京都町（新設）
**佐賀縣神埼郡神埼町+千代田町+脊振村=神埼市（新設／市制）
**宮崎縣小林市+西諸縣郡須木村=小林市（新設）
**鹿兒島縣名瀬市+大島郡住用村+笠利町=奄美市（新設）
**鹿兒島縣出水郡東町+長島町=出水郡長島町（新設）
*3月21日
**秋田縣能代市+山本郡二井町=能代市（新設）
**岡山縣浅口郡金光町+鴨方町+寄島町=浅口市（新設／市制）
**香川縣小豆郡内海町+池田町=小豆郡小豆島町（新設）
**香川縣綾歌郡綾上町+綾南町=綾歌郡綾川町（新設）
*3月26日
**福岡縣飯塚市+嘉穂郡筑穂町+穂波町+庄内町+頴田町=飯塚市（新設）
*3月27日
**北海道岩見澤市+空知郡北村+栗澤町=岩見澤市（編入）
**北海道名寄市+上川郡風連町=名寄市（新設）
**北海道虻田郡虻田町+洞爺村=虻田郡洞爺湖町（新設）
**北海道勇拂郡早来町+追分町=勇拂郡安平町（新設）
**北海道勇拂郡鵡川町+穂別町=勇拂郡鹉川町（新設）
**秋田縣山本郡八森町+峰濱村=山本郡八峰町（新設）
**茨城縣筑波郡伊奈町+谷和原村=筑波未来市（新設／市制）
**茨城縣東茨城郡小川町+美野里町+新治郡玉里村=小美玉市（新設／市制）
**群馬縣富岡市+甘樂郡妙義町=富岡市（新設）
**群馬縣勢多郡東村+新田郡笠懸町+山田郡大間間町=绿市（新設／市制）
**群馬縣吾妻郡東村+吾妻町=吾妻郡東吾妻町（新設）
**千葉縣成田市+香取郡下總町+大栄町=成田市（編入）
**千葉縣佐原市+香取郡小見川町+山田町+栗源町=香取市（新設）
**千葉縣山武郡成東町+山武町+蓮沼村+松尾町=山武市（新設／市制）
**千葉縣匝瑳郡光町+山武郡横芝町=山武郡横芝光町（新設）
**岐阜縣大垣市+養老郡上石津町+安八郡墨俣町=大垣市（編入）
**兵庫縣姫路市+飾磨郡家島町+夢前町+神崎郡香寺町+宍粟郡安富町=姫路市（編入）
**福岡縣山田市+嘉穂郡稲築町+碓井町+嘉穂町=嘉麻市（新設）
**熊本縣本渡市+牛深市+天草郡有明町+御所浦町+倉岳町+栖本町+新和町+五和町+天草町+河浦町=天草市（新設）
*3月31日
**北海道網走郡東藻琴村+女満別町=網走郡大空町（新設）
**北海道静内郡静内町+三石郡三石町=日高郡新日高町（新設）
**宮城縣氣仙沼市+本吉郡唐桑町=氣仙沼市（新設）
**宮城縣古川市+志田郡松山町+三本木町+鹿島台町+玉造郡岩出山町+鳴子町+遠田郡田尻町=大崎市（新設）
**富山縣黒部市+下新川郡宇奈月町=黑部市（新設）
**長野縣伊那市+上伊那郡高遠町+長谷村=伊那市（新設）
**静岡縣静岡市+庵原郡蒲原町=静岡市清水區（編入）
**德岛县海部郡由岐町+日和佐町=海部郡美波町（新設）
**徳島縣海部郡海南町+海部町+宍喰町=海部郡海陽町（新設）
**長崎縣佐世保市+北松浦郡宇久町+小佐佐町=佐世保市（編入）
**長崎縣南高来郡加津佐町+口之津町+南有馬町+北有馬町+西有家町+有家町+布津町+深江町=南島原市（新設／市制）
**大分縣東国東郡国見町+国東町+武藏町+安岐町=国東市（新設／市制）
4月
*4月1日
**愛知縣海部郡十四山村+弥富町=弥富市（編入／市制）
8月
*8月1日
**山梨縣笛吹市+東八代郡芦川村=笛吹市（編入）
10月
*10月1日
**群馬縣高崎市+群馬郡榛名町=高崎市（編入）
**福岡縣八女市+八女郡上陽町=八女市（編入）
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