孢囊杆菌属（学名：）为原囊黏菌科的一个属。该属的模式种为深褐孢囊杆菌（Cystobacter fuscus）。
下属物种
- Cystobacter armeniaca Reichenbach 2007
- Cystobacter badius Reichenbach 2007
- 锈色孢囊杆菌 Cystobacter ferrugineus (Krzemieniewska and Krzemieniewski 1927) McCurdy 1970
- 深褐孢囊杆菌 Cystobacter fuscus Schroeter 1886，深褐多囊菌
- Cystobacter gracilis Reichenbach 2013
- Cystobacter miniatus Reichenbach 2007
- 小孢囊杆菌 Cystobacter minus (Krzemieniewska and Krzemieniewski 1926) McCurdy 1970，异名
- Cystobacter velatus Reichenbach 2007
- 紫孢囊杆菌 Cystobacter violaceus (ex Kühlwein and Gallwitz 1958) Reichenbach 2007，异名
参考文献
- LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
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