根據聯合國人權事務高級專員辦事處的定義，間性人在出生時的性别特徵「不符合典型的男女身體二元觀念」。
間性人自出生起就可能面對着恥辱和歧視，對於間性特徵明顯的人士而言更是如此。一些國家的間性嬰兒會被殺、被遺棄或者被視為家庭的羞辱。在東非，人們甚至會指責涉事母親可能對其孩子施了巫術，孩子也可能被認為受到詛咒，並且這種治療可能會使人絕育。像精英女運動員般的成年人也受到了這樣的影響。聯合國、澳大利亞議會、德國和瑞士的生物倫理機構都發聲明表示這些是侵犯人權的行為。像第三屆間性人士論壇般的間性人組織也發表了聯合聲明反對這種做法。
很多國家在立法保護間性人方面進展緩慢。克里斯蒂安娜·福林在2011年贏得了第一起針對外科醫生非自願手術干預的成功案件，成為首位勝訴者。2015年，欧洲委员会首次承認間性人擁有不接受性別指定治療的權利。
其他人權議題有生存權、保障不受歧視的權利、能夠進入法律程序和獲得賠償的權利、資訊獲取權、法律上的承認，至今只有少數國家保證間性人受到公平待遇，而且人權機構也正對間性人的醫療實踐和歧視問題進行了大大小小的調查。在2013年首次對間性人進行了國際性试点研究，並以此寫成《》一著，當中提到間性人在全球受到歧視：
歐洲委員會強調了幾個關注領域：
- 沒有得到知情同意的過度治療和平等的生命權。
- 將間性人除病化，但他們可以在知情同意下接受治療。
- 在法律上平等對待間性人，包括在法規上把他們平等看待。
- 獲取信息、醫療記錄、夥伴支持及其他心理諮詢的權利。
- 透過及時獲得官方文件，來使之享有有關性別承認的自決權。
間性人與同性戀的關係
多个組織呼籲承認同性戀者、間性戀者和間性人的权利，但沒有解决对間性人儿童所進行的不必要「正常化」待遇。此一情況可稱為“粉紅裝飾”。2016年6月，声称澳大利亞政府的言論相互矛盾，認為其雖承认同性戀和間性人的尊嚴和權利，但這卻与容許對間性兒童所實施的醫療程序相矛盾。
2016年8月，描述了一種類型的粉紅裝飾——雖在立法上促進平等或民事狀況，但卻容許残害間性人的生殖器官。該組織曾表示，政府向政府向联合国条约机构提交的声明避重就轻，将間性人、变性人和男女同性恋、間性恋和变性人问题混为一谈，並將傷害嬰兒的行為省略過去。
間性人的身體完整性和身體自主性
間性別人士從出生起可能就面臨着被別人歧視。在一些國家，間性嬰兒可能會被殺害遺棄，使家族受到污名，這些行為在非洲和亞洲尤其常見。東非的母親可能被指對其子女施行巫術，兒童的出生亦可被視為受到詛咒。烏干達、肯尼亞、中國大陸都有遺棄和殺害間性嬰兒的事件。2015年，一名住在肯尼亞的間性青少年穆哈德·伊斯梅爾（Muhadh Ishmael）被肢解身亡。他曾被視為家人的詛咒之源。
根據探討間性人人權的調查，所有受到檢視的國家都進行了未經同意的醫療介入，以改變間性人的性別特徵和/或身體自主的權利。
- 此外，醫師為了讓間性孩童融入家庭和社會而進行的手術，可能為不符其最大利益：
該法受到廣泛民间社会组织支持。
智利規管
2016年1月，智利衛生部下令暫停對間性兒童進行不必要的正常化治療，包括不可逆轉的手術，直到他們達到能夠自己作出決定的年齡。2016年8月，智利衛生部以第二項規定取而代之。
印度泰米爾納德邦政府辦事處行政命令
2019年4月22日，（Madurai Bench）通過了一項具有里程碑意义的法律，並發出指示，表示根據的研究成果，禁止對間性嬰兒進行性別選擇手術。2019年8月13日，印度泰米爾納德邦政府公佈行政命令，禁止在擁有7780萬人口的泰米爾納德邦為嬰兒和兒童的性別特徵進行不必要的手術，除非維持現狀會危及其性命。。
美国加利福尼亚州
2020年1月，加利福尼亚州关于禁止对间性婴儿进行生殖器整形手术的法案SB 201投票未通过。根据CNN获取的公开州记录，反对该法案的游说集团给时任参议员（Steve Glazer）提供了5万美元捐款。最终投票结果是，4票反对、2票赞成、包括格雷泽在内的3票弃权。
生命權
胚胎植入前遺傳篩選，又名PGD或者PIGD，是胚胎特征分析的一種，當中醫師會為植入前的胚胎進行遺傳學測試。此一方法有時甚至會對受精前的卵母細胞進行分析。胚胎植入前遺傳篩選類近於產前診斷。当用于筛查某种特定的遗传病时，該方法將使嬰兒極有可能不會患有所考虑的遺傳疾病。因此，胚胎植入前遺傳篩選是一種輔助生殖技術，用於評估的卵母細胞或胚胎需要透過體外人工受精才能獲得。但是該技術被視為歧視那些具有間性特徵的人。
認為，這種歧視沒有認識到，許多具有間性別特徵的人過著充實而幸福的生活。強調，在一份名單中列出了眾多「严重」的「遗传病」， 當中包含好幾種可能會於之後除掉的間性变异——和便是兩例。這些變異曾於精英女運動員以及世界上第一個公開的間性人市長身上出現。澳大利亞跨性別組織呼籲禁止對間性人進行這樣的介入，並指出在「社會對性別和性別規範的理解，以及醫學和醫學社會學文獻中，間性人、性別認同和性取向紧密纠缠在一起」。
2015年，歐洲委員會發表了一份有關人權和間性人議題的文件，當中評論到：
{{quotation|間性人的生命權在歧視性的「性別選擇」和「胚胎植入前遺傳篩選、其他形式的检测、對於特定特征的选择過程」中可能受到侵犯。這種剔除性或選擇性人工流產不符合道德和人權標準，因為它們都在歧視間性人的性別特徵。澳大利亞是第一個將「間性」特徵獨立看待的國家。馬爾他率先通過立法，把「因社會和文化原因而修改未成年人的性徵」視為違法行為，黑塞哥維那和希臘也禁止因性徵而起的歧視和仇恨犯罪 。
教育
2016年的一項澳大利亞調查發現，在272名非典型性徵人士當中，18%未能完成中學學業，而澳大利亞整體則有2%未能完成之。該些人士退學的原因有醫療處置、欺淩等等。
就業
2015年，一項對澳大利亞出生時具有間性特徵的人所進行的調查發現，他們除了高中輟學率很高外，貧困程度也很高，此外殘疾率亦高於當地平均。澳大利亞組織「以多样性为荣」（Pride in Diversity）和出版的《間性人雇主指南》也提到一些就業歧視案件。
醫療
歧視保護包含保障間性人免受非自願和脅迫醫療。馬耳他规定了明确的保护措施，以阻止任何不必要且有害的兒童性徵修改。
運動
一份医学杂志在2013年披露，四名来自发展中国家的无名女精英运动员在接受睾酮檢測後，发现她们為間性人，於是她們便接受了性腺切除術（絕育）和陰蒂部分切除術。在卡斯特爾·塞曼亞事件後，一名南非跑手因她的外表和活力而被要求睾酮檢測。沒有證據表明精英女運動員與生俱來的激素令她們在體育運動中佔優。
補救和賠償要求
德國克里斯蒂安娜·福林案
2011年，德國的克里斯蒂安娜·福林在一次訴訟中取得了成功。2007年，亦即其生殖器官被摘除的30年后，她決定起訴為其摘除生殖器官的外科醫師，並於最終勝訴。法院裁定外科醫師需向她支付10萬歐元的賠償 。
智利本潔明馬里卡門案
本潔明的醫師在未告知其父母手術性質的情況下，為其切除男性性腺和生殖系統。於是其母親在2005年8月12日為此對提起訴訟。原告在塔爾卡第四法院提出了赔偿請求。最終這單案件一直上訴到。2012年11月14日，法院判定馬烏萊健康服務機構敗訴，並需因對本潔明造成的心理損害，而向其賠償1億披索給，其父母亦各獲賠500萬披索。
美國M.C.v.亞倫森案
在美國，M.C.v.亞倫森一案在間性青年倡導協會與南方貧困法律中心的推動下，於2013年提交法院審理。2015年，第四巡迴上訴法院駁回了該案，稱它並不意味著「貶低M.C.所宣称的严重伤害」——主要問題在於一位政府官員在沒有足夠警告的情況下，於2006年对16个月大的M.C.进行性別指定手術，「此舉侵犯了一项得到明确规定的宪法权利」。2017年7月，南卡羅來納州醫科大學以44萬美元與原告達成庭外和解，但未承認其干犯任何罪行。
德國邁克爾拉·拉布案
2015年，米夏拉·拉布因德國紐倫堡的醫師未能向她提供適當建議，而對之提起訴訟。醫師們表示，他們「只是按照當時的規範行事——這些規範旨在保護患者免受瞭解其染色體全部真相後的心理影響」。
資訊獲取權
隨著現代醫學在西方社會的興起，許多外生殖器模棱兩可的間性人已經對其生殖器進行了手術改造，令它更接近於女性或男性生殖器。外科醫生指出，間性嬰兒的出生是一種「社会应急事件」。為「確保正常身體和心理社會發展」，他們還會對此進行保密他們會告訴人們「從來未遇過這種情況的人」承認有必要改善提供資訊的方法及可獲得性，包括查閱病歷。
一些間性人組織聲稱，保密模式因臨床語言的轉變而得以延續。澳大利亞國際跨性別組織的摩根·卡本特引用了米蘭達·弗里克關於「不公正的解释方法」的研究，以此表示儘管當局出台了新的保護法，以防止間性人不因其身份而受到歧视，但礙於臨床語言和「没有词语来命名这种经验」，使得「有生活经验的人甚至无法理解自己的社会经验」。
法律承認
亞太國家人權機構論壇表示，很少有國家在法律上承認間性人。論壇指出，承認間性人的法律應包含以下元素。
性別認同
與其他人一樣，一些間性人可能作為男性或女性長大，但隨後在以後的生活中認同另一種性別；不過大多數間性人不會出現這種情況。與非間性人一樣，一些間性人可能並不認為自己是女性或男性。2012年的一項臨床審查表明，8.5-20%的間性人可能有性別不安 ，而澳大利亞社會學研究表明，19%的非典型性特徵出生者選擇了"X"或"其他"選項，而52%的人選擇女性，23%選擇男性，還有6%的人選擇不確定。
獲得身份證明文件
一些司法管轄區的間性人可能難以獲得出生證明。
2014年，在嬰兒"A"（通過她的母親E.A起訴）等人和訴總檢察長等人一案中，肯尼亞一家法院命令肯尼亞政府需向2009年出生的一名生殖器模糊兒童頒發出生證明。在肯尼亞，上學、獲得國民身份證和投票都需要出生證明。據瞭解，烏干達的許多間性人因在獲得身份證件方面面臨各種問題，而成為無國籍者，儘管出生登記法允許間性未成年人進行指定。
享有與其他男女相同的權利
亞太國家人權機構論壇指出：
{{quotation|在法律面前得到承认意味着拥有法律人格和由此产生的法律保护。对于間性人来说，这既不是也不仅仅是修改出生登记或其他官方文件的问题。首先，这关系到已获得男性或女性出生证的間性人能够享有与其他男性和女性相同的法律权利。。2013年，德國成為第一個允許同時擁有間性特徵的嬰兒在出生證明上登記為不確定性別的歐洲國家——這遭到間性人組織的反對和懷疑，他們指出，該法似乎不容許人選擇男女分類。欧洲委员会在2015年的一份议题文件中承认了这一做法，以及承认对第三分类和空白分类的担忧，并指出这些做法可能会导致「間性儿童的父母面临更大的压力，使他們不得不决定偏向一种性别」
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| 受醫療和社會報告約束
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| 可以分為男性、女性或間性人
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美洲
亞洲
大洋洲
參考文獻
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