本表列舉了2006年日本動畫，包含電視動畫、OVA及OAD，電視動畫分為1月（冬番）、4月（春番）、7月（夏番）和10月（秋番）。
1月－3月
4月－6月
- 龍之子Production
- XEBEC
格闘美神 武龍 REBIRTH - TMS Entertainment
牙-KIBA- - Madhouse
The Third ～蒼瞳的少女～ - XEBEC
蛙男劇場 - 蛙男商會
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- studio Kelmadick
- Office蒼
- 日本動畫公司
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RAY THE ANIMATION - OLM
7月－9月
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- 機神咆哮Demonbane - Viewworks
- 戀愛天使安琪莉可～心覺醒之時～ - SATELIGHT
- 親愛芳鄰 - 童夢
- 内閣権力犯罪強制取締官 財前丈太郎 - TRANS ARTS
- 暗夜第六感 - BEE MEDIA
- 戀之魔法波波糖/ - STUDIO COMET
10月－12月
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- - PictureMagic
- Oban Star-Racers - HAL FILM MAKER
- 銀河天使II - SATELIGHT
- 銀色的奧林西斯 - 東映動畫
- 獸爪- Madhouse
- - OLM Digital
- - NAS
- 太陽的默示錄 - Madhouse
- 工作狂人 - GALLOP
- HANOKA〜葉香〜 - RAMS
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- - 東映動畫
- - TOKYO KIDS
- Funny Pets 第2期
- - TMS Entertainment
- 獻上女神的祝福 - ZEXCS
- TOKYO TRIBE2 - Madhouse - [https://web.archive.org/web/20080925225720/http://www.tt2-anime.com/top.html 官方網站]
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Web
OVA、OAD
動畫電影
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