本文主要讲述严重急性呼吸综合症冠状病毒2变异株及其发生的错义突变。
引发2019冠状病毒病的严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2冠状病毒)容易发生突变而产生變異株,关键病毒蛋白的突变即可能意味着其出现,目前已有多个变异株在世界各地形成并传播。由于病毒的核酸序列变异有可能导致抗原漂移,而使得病毒得以逃避宿主的免疫应答,并影响疫苗的效力,这种现象称为免疫逃避。
已有五种被世界卫生组织認定为值得关注的变异株,它們分別為Alpha變異株、Beta變異株、Gamma變異株、Delta變異株以及Omicron變異株。
變異株對照表
命名法
目前严重急性呼吸综合征冠状病毒2之變異株有三个常用的命名系统,分别由GISAID、和PANGO建立。。
支序演化树
命名系统的SARS-CoV-2谱系图]]
{{clade
|label1=SARS-CoV-2
|1={{clade
|label1=A.1–A.6
|1= WIV04/2019(参考基因组)
|label2=B.1
|2=
{{clade
|label1= B.1.1
|1= {{clade
|label1= B.1.1.1
|1=
|label4=
|4=
|label5=
|5= B.1.1.318 (AZ.1 - AZ.5)
|label6= Omicron變異株(B.1.1.529谱系)
|6= {{clade
|label1=
|1= BA.1
|2=
|label3=
|3=BA.3
|label5=BA.5
|5={{clade
|label1=
|1= BA.5.1
|label3=
|3= BA.5.3 (BQ.1, BA.5.3.1.1.1.1.1)
|6=
|label7=
|7=
|label8=
|8= Mu變異株(B.1.621譜系)
|label9=
|9= B.1.640 。
#()
#())是目前變異最多的嚴重特殊傳染性肺炎病毒。據媒體簡報會上發佈:這個變異株有超過50個突變,而單單在刺突蛋白的突變也有32種。
*於2021年11月,在非洲南部的波札那和南非發現。
*2021年11月24日,升級為「VUM」等級。
*2021年11月26日,再升級為「VOC」等級。
*目前變種分支亞型:BA.1(標準亞型)、BA.2、BA.3、BA.4、BA.5,總共超過千種以上的「次分支」、「子代」及「重組」變異株。
目前「VOC-VOI」等級(需要留意)變異株
*JN.1
目前「VOC-VUM」等級(監視)變異株
*KP.3.1.1
*NB.1.8.1
*XFG
*BA.3.2
過去的主流變異株
需要关注的变异株(Previous VOC)
Alpha(B.1.1.7谱系)
B.1.1.7谱系,WHO命名为“Alpha”,又称VOC 202012/01,並称501Y.V1变种。部分與「N501Y」突變有關。有23個病毒基因變異點。
*在2020年9月,首次从英国東南方的肯特郡(Kent)所發現采集的样本中发现。
*2020年12月18日,升級為「VOC」等級。
*2022年3月9日,降級為「Previous VOC」等級。
Beta(B.1.351谱系)
B.1.351谱系,WHO命名為「Beta」,又称501Y.V2变种。與「N501Y」、「K417N」、「E484K」突變有關,与先前的新冠病毒变种相比,501Y.V2变种的传染率增加约50%。有证据表明,501Y.V2变种的刺突蛋白突变E484K可能会影响一些多克隆抗体和单克隆抗体的中和作用。当前尚未有证据表明该变种影響嚴重特殊傳染性肺炎的嚴重程度。。
*2020年5月,在南非东开普省的纳尔逊·曼德拉湾发现。
*2020年12月18日,被南非科学家和卫生官员报道。
*2020年12月18日,升級為「VOC」等級。
*2022年3月9日,降級為「Previous VOC」等級。
Gamma(P.1谱系)
P.1谱系,WHO命名為「Gamma」,又称501Y.V3变种。包括三個相關突變:「N501Y」、「E484K」和「K417T」。
*2020年11月,在巴西发现。
*2021年1月2日,在东京国际机场从四名巴西飞抵日本的旅客发现,由日本国立感染症研究所报道
在该變異株约15个谱系定义突变中包括刺突蛋白突变D111D()、G142D、P681R、E484Q,其中后两个突变可能会影响恢复期血浆和单克隆抗体的中和作用。
于5月7日将B.1.617.2列为“”,命名为VOC-21APR-02。
5月10日WHO称,因为B.1.617较高的传染性,该变异正被列为全球范围内受关切变种。6月1日WHO将受关切变种限定为B.1.617谱系当中的B.1.617.2(Delta)变种。 稍后WHO將B.1.617.2命名為「Delta」。
5月21日,越南宣布发现一种传播性更高,由Delta變異株加上Alpha變異株上突变的病毒株。6月3日,WHO澄清该病毒株不符合新混合变种的定义,并将其列为带有突变的Delta变种。
据报道,Delta變異株基本传染数R0大约为6(有说法称其高达8或9),是嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型原始毒株基本传染数的2倍以上。
*2021年4月4日,為升級為「VOI」等級。
*2021年5月11日,為升級為「VOC」等級。
*2022年6月7日,降級為「Previous VOC」等級。
需要留意的变异株(Previous VOI)
Epsilon(B.1.427譜系、B.1.429譜系)
B.1.427譜系、B.1.429譜系,WHO命名為「Epsilon」,於2020年3月在美國加州首次發現。
*2021年3月5日,升級為「VOI」等級。
*2021年7月6日,降級為「Previous VOI」等級。
Zeta(P.2譜系)
P.2譜系,WHO命名為「Zeta」,於2020年4月在巴西里約熱內盧首次發現。
*2021年3月17日,升級為「VOI」等級。
*2021年7月6日,降級為「Previous VOI」等級。
Eta(B.1.525譜系)
B.1.525譜系,WHO命名為「Eta」,於2020年12月在奈及利亞首次發現。
*2021年3月17日,升級為「VOI」等級。
*2021年9月20日,降級為「Previous VOI」等級。
Iota(B.1.526譜系)
B.1.526譜系,WHO命名為「Iota」,於2020年11月在美國紐約首次發現。
*2021年3月20日,升級為「VOI」等級。
*2021年9月20日,降級為「Previous VOI」等級。
Theta(P.3譜系)
P.3譜系,WHO命名為「Theta」,於2021年1月在菲律賓首次發現。
*2021年3月24日,升級為「VOI」等級。
*2021年7月6日,降級為「Previous VOI」等級。
Kappa(B.1.617.1)
B.1.617譜系的三個子譜系之一當中的「B.1.617.1」,WHO命名為「Kappa」,於2020年10月在印度首次發現。
*2021年4月4日,升級為「VOI」等級。
*2021年9月20日,降級為「Previous VOI」等級。
Lambda(C.37谱系)
C.37譜系,WHO命名為「Lambda」,於2020年8月在秘魯首次發現。
*2021年6月14日,升級為「VOI」等級。
*2022年3月9日,降級為「Previous VOI」等級。
Mu(B.1.621譜系)
B.1.621譜系,WHO命名為「Mu」,於2021年1月在哥倫比亞首次發現。
*2021年8月30日,升級為「VOI」等級。
*2022年3月9日,降級為「Previous VOI」等級。
备注
参见
*严重急性呼吸综合征冠状病毒2
*变种
**突变#错义突变
参考文献
外部链接
- [https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ WHO: Tracking SARS-CoV-2 variants]
- [https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/science/science-briefs/scientific-brief-emerging-variants.html Science Brief: Emerging SARS-CoV-2 Variants (CDC)]
- [https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/cases-updates/variant-surveillance/variant-info.html SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions (CDC)]
- [https://www.gov.uk/government/publications/covid-19-variants-genomically-confirmed-case-numbers/variants-distribution-of-cases-data Variants of concern or under investigation: data up to 5 May 2021 (PHE)]
- [https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern SARS-CoV-2 variants of concern as of 11 May 2021 (ECDC)]
- [https://aci.health.nsw.gov.au/covid-19/critical-intelligence-unit/sars-cov-2-variants Living Evidence - SARS-CoV-2 variants]
- [https://www.nytimes.com/interactive/2021/health/coronavirus-variant-tracker.html Coronavirus Variants and Mutations]
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