這個條目顯示了2004年日本市町村合併的一覽。
2月
*2月1日
**岐阜縣吉城郡古川町+河合村+宮川村+神岡町=飛驒市（新設／市制）
**岐阜縣本巢郡本巢町+真正町+糸貫町+根尾村=本巢市（新設／市制）
3月
*3月1日
**新潟縣兩津市+佐渡郡相川町+佐和田町+金井町+新穗村+畑野町+真野町+小木町+羽茂町+赤泊村=佐渡市（新設）
**石川縣河北郡高松町+七塚町+宇之氣町=河北市（新設／市制）
**福井縣坂井郡蘆原町+金津町=蘆原市（新設／市制）
**岐阜縣郡上郡八幡町+大和町+白鳥町+高鷲村+美並村+明寶村+和良村=郡上市（新設／市制）
**岐阜縣益田郡萩原町+小坂町+下呂町+金山町+馬瀨村=下呂市（新設／市制）
**廣島縣高田郡吉田町+八千代町+美土里町+高宮町+甲田町+向原町=安藝高田市（新設／市制）
**長崎縣下縣郡嚴原町+美津島町+豐玉町+上縣郡峰町+上縣町+上對馬町=對馬市（新設／市制）
**長崎縣壹岐郡鄉之浦町+勝本町+蘆邊町+石田町=壹岐市（新設／市制）
*3月31日
**熊本縣天草郡大矢野町+松島町+姫戶町+龍岳町=上天草市（新設／市制）
4月
*4月1日
**新潟縣北蒲原郡安田町+京瀨村+水原町+笹神村=阿賀野市（新設／市制）
**長野縣小縣郡東部町+北佐久郡北御牧村=東御市（新設／市制）
**靜岡縣田方郡修善寺町+土肥町+天城湯島町+中伊豆町=伊豆市（新設／市制）
**靜岡縣榛原郡御前崎町+小笠郡濱岡町=御前崎市（新設／市制）
**京都府中郡峰山町+大宮町+竹野郡網野町+丹後町+彌榮町+熊野郡久美濱町=京丹後市（新設／市制）
**兵庫縣養父郡八鹿町+養父町+大屋町+關宮町=養父市（新設／市制）
**廣島縣吳市+豐田郡川尻町=吳市（編入）
**廣島縣府中市+甲奴郡上下町=府中市（編入）
**廣島縣三次市+甲奴郡甲奴町+双三郡君田村+布野村+作木村+吉舍町+三良坂町+三和町=三次市（新設）
**愛媛縣川之江市+伊予三島市+宇摩郡新宮村+土居町=四國中央市（新設）
**愛媛縣西宇和郡三瓶町+東宇和郡明濱町+宇和町+野村町+城川町=西予市（新設／市制）
7月
*7月1日
**青森縣三戶郡五戶町+倉石村=三戶郡五戶町（編入）
8月
*8月1日
**愛媛縣上浮穴郡久萬町+面河村+美川村+柳谷村=上浮穴郡久萬高原町（新設）
**長崎縣福江市+南松浦郡富江町+玉之浦町+三井樂町+岐宿町+奈留町=五島市（新設）
**長崎縣南松浦郡若松町+上五島町+新魚目町+有川町+奈良尾町=南松浦郡新上五島町（新設）
9月
*9月1日
**山梨縣中巨摩郡龍王町+敷島町+北巨摩郡双葉町=甲斐市（新設／市制）
**鳥取縣東伯郡東伯町+赤碕町=東伯郡琴浦町（新設）
*9月13日
**山梨縣西八代郡下部町+南巨摩郡中富町+身延町=南巨摩郡身延町（新設）
*9月21日
**愛媛縣温泉郡重信町+川内町=東温市（新設／市制）
10月
*10月1日
**石川縣七尾市+鹿島郡田鶴濱町+中島町+能登島町=七尾市（新設）
**三重縣志摩郡濱島町+大王町+志摩町+阿兒町+磯部町=志摩市（新設／市制）
**滋賀縣甲賀郡水口町+土山町+甲賀町+甲南町+信樂町=甲賀市（新設／市制）
**滋賀縣野洲郡中主町+野洲町=野洲市（新設／市制）
**滋賀縣甲賀郡石部町+甲西町=湖南市（新設／市制）
**奈良縣北葛城郡新庄町+當麻町=葛城市（新設／市制）
**和歌山縣日高郡南部川村+南部町=日高郡南部町（新設）
**鳥取縣東伯郡羽合町+泊村+東鄉町=東伯郡湯梨濱町（新設）
**鳥取縣西伯郡西伯町+會見町=西伯郡南部町（新設）
**島根縣安來市+能義郡廣瀨町+伯太町=安來市（新設）
**島根縣江津市+邑智郡櫻江町=江津市（編入）
**島根縣邑智郡邑智町+大和村=邑智郡美鄉町（新設）
**島根縣邑智郡羽須美村+瑞穗町+石見町=邑智郡邑南町（新設）
**島根縣隠岐郡西鄉町+布施村+五箇村+都萬村=隱岐郡隱岐之島町（新設）
**岡山縣高梁市+上房郡有漢町+川上郡成羽町+川上町+備中町=高梁市（新設）
**岡山縣御津郡加茂川町+上房郡賀陽町=加賀郡吉備中央町（新設）
**廣島縣山縣郡加計町+筒賀村+戶河内町=山縣郡安藝太田町（新設）
**廣島縣世羅郡甲山町+世羅町+世羅西町=世羅郡世羅町（新設）
**山口縣大島郡久賀町+大島町+東和町+橘町=大島郡周防大島町（新設）
**德島縣麻植郡鴨島町+川島町+山川町+美鄉村=吉野川市（新設／市制）
**愛媛縣越智郡魚島村+弓削町+生名村+岩城村=越智郡上島町（新設）
**愛媛縣南宇和郡内海村+御莊町+城邊町+一本松町+西海町=南宇和郡愛南町（新設）
**高知縣土佐郡本川村+吾川郡伊野町+吾北村=吾川郡伊野町（新設）
*10月4日
**山口縣光市+熊毛郡大和町=光市（新設）
*10月12日
**山梨縣東山梨郡春日居町+東八代郡石和町+御坂町+一宮町+八代町+境川村=笛吹市（新設／市制）
**鹿兒島縣川内市+薩摩郡樋脇町+入來町+東鄉町+祁答院町+里村+上甑村+下甑村+鹿島村=薩摩川内市（新設）
*10月16日
**茨城縣東茨城郡御前山村+那珂郡大宮町+山方町+美和村+緒川村=常陸大宮市（編入／改称／市制）
*10月25日
**岐阜縣惠那市+惠那郡岩村町+山岡町+明智町+串原村+上矢作町=惠那市（新設）
11月
*11月1日
**秋田縣仙北郡六郷町+千畑町+仙南村=仙北郡美鄉町（新設）
**福島縣會津若松市+北會津郡北會津村=會津若松市（編入）
**茨城縣日立市+多賀郡十王町=日立市（編入）
**新潟縣北魚沼郡堀之内町+小出町+湯之谷村+廣神村+守門村+入廣瀨村=魚沼市（新設／市制）
**新潟縣南魚沼郡六日町+大和町=南魚沼市（新設／市制）
**富山縣礪波市+東礪波郡庄川町=礪波市（新設）
**富山縣東礪波郡城端町+平村+上平村+利賀村+井波町+井口村+福野町+西礪波郡福光町=南礪市（新設／市制）
**山梨縣北巨摩郡明野村+須玉町+高根町+長坂町+大泉村+白州町+武川村=北杜市（新設／市制）
**岐阜縣各務原市+羽島郡川島町=各務原市（編入）
**三重縣上野市+阿山郡伊賀町+島原村+阿山町+大山田村+名賀郡青山町=伊賀市（新設）
**兵庫縣冰上郡柏原町+冰上町+青垣町+春日町+山南町+市島町=丹波市（新設／市制）
**鳥取縣鳥取市+岩美郡國府町+福部村+八頭郡河原町+用瀨町+佐治村+氣高郡氣高町+鹿野町+青谷町=鳥取市（編入）
**島根縣益田市+美濃郡美都町+匹見町=益田市（編入）
**島根縣大原郡大東町+加茂町+木次町+飯石郡三刀屋町+吉田村+掛合町=雲南市（新設／市制）
**岡山縣邑久郡牛窓町+邑久町+長船町=瀨戶内市（新設／市制）
**廣島縣安藝郡江田島町+佐伯郡能美町+沖美町+大柿町=江田島市（新設／市制）
**山口縣宇部市+厚狹郡楠町=宇部市（編入）
**愛媛縣西條市+東予市+周桑郡小松町+丹原町=西條市（新設）
**熊本縣下益城郡中央町+砥用町=下益城郡美里町（新設）
**鹿兒島縣鹿兒島市+鹿兒島郡吉田町+櫻島町+揖宿郡喜入町+日置郡松元町+郡山町=鹿兒島市（編入）
*11月5日
**廣島縣神石郡油木町+神石町+豐松村+三和町=神石郡神石高原町（新設）
12月
*12月1日
**北海道函館市+龜田郡戶井町+惠山町+椴法華村+茅部郡南茅部町=函館市（編入）
**茨城縣常陸太田市+久慈郡金砂鄉町+水府村+里美村=常陸太田市（編入）
*12月5日
**群馬縣前橋市+勢多郡大胡町+宮城村+粕川村=前橋市（編入）
*12月6日
**三重縣桑名市+桑名郡多度町+長島町=桑名市（新設）
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